转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 1 / 135 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005535 Chr02 NC_080388.1:75400743-75400757promoter 内 2021-2035 bp + 1966 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 1 75395535-75398777(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGTTGTG
SmilChr01G005465 Chr01 NC_080387.1:71655239-71655253promoter 内 2817-2831 bp - 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 71651753-71654069(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAAACCTTATCCTC
SmilChr02G004304 Chr02 NC_080388.1:65422573-65422587promoter 内 2272-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 65424302-65430699(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTAACCTTATCCAC
SmilChr02G004663 Chr02 NC_080388.1:69021543-69021557promoter 内 2121-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 69016892-69019677(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGATGGG
SmilChr03G001320 Chr03 NC_080389.1:15458714-15458728promoter 内 1681-1695 bp + 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 4 15461034-15462749(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCATCCTTATCCAC
SmilChr03G001317 Chr03 NC_080389.1:15450961-15450975promoter 内 3842-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 3 15449509-15450816(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGATGGG
SmilChr02G000656 Chr02 NC_080388.1:9970112-9970126promoter 内 3176-3190 bp + 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 3 9968660-9969301(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGATGGG
SmilChr03G001204 Chr03 NC_080389.1:13874866-13874880promoter 内 477-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 13878390-13879761(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGATGGG
SmilChr02G003527 Chr02 NC_080388.1:56420187-56420201promoter 内 1939-1953 bp - 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 56422249-56426658(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGTTGGT
SmilChr02G003579 Chr02 NC_080388.1:56959940-56959954promoter 内 1728-1742 bp - 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 56962213-56966574(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGTTGGT
SmilChr01G002903 Chr01 NC_080387.1:47728040-47728054promoter 内 3893-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 3 47728148-47730258(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATCCTTATCCAC
SmilChr01G004100 Chr01 NC_080387.1:59461896-59461910promoter 内 3674-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 59462223-59463940(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTATCCTTATCCTC
SmilChr01G000320 Chr01 NC_080387.1:6289886-6289900promoter 内 861-875 bp + 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 6293026-6293592(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATCCTTATCCAC
SmilChr01G000321 Chr01 NC_080387.1:6294969-6294983promoter 内 860-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 6298110-6298676(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATCCTTATCCAC
SmilChr01G000586 Chr01 NC_080387.1:12669305-12669319promoter 内 2354-2368 bp + 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 12667289-12667672(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGTGAAG
SmilChr02G004345 Chr02 NC_080388.1:65733050-65733064promoter 内 1878-1892 bp + 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 65735173-65737350(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATCCTTATCCAC
SmilChr02G004344 Chr02 NC_080388.1:65733050-65733064promoter 内 1808-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 65730087-65730871(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGATAAT
SmilChr01G000777 Chr01 NC_080387.1:16888736-16888750promoter 内 3953-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 16887178-16888702(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGATAAA
SmilChr02G000331 Chr02 NC_080388.1:4209981-4209995promoter 内 3323-3337 bp + 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 4207634-4209317(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGATGAT
SmilChr02G000330 Chr02 NC_080388.1:4201993-4202007promoter 内 1280-1294 bp + 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 4204714-4205148(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCATCCTTATCCTC
SmilChr02G000333 Chr02 NC_080388.1:4209981-4209995promoter 内 1280-1294 bp + 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 4212702-4213136(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCATCCTTATCCTC
SmilChr01G004267 Chr01 NC_080387.1:60920077-60920091promoter 内 3925-3939 bp + 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 60920153-60921247(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAATCCTTATCCAC
SmilChr01G004268 Chr01 NC_080387.1:60920077-60920091promoter 内 1766-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 60922312-60923221(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAATCCTTATCCAC
SmilChr02G005003 Chr02 NC_080388.1:71830631-71830645promoter 内 2961-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 71828703-71829605(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAAACCTTATCCTC
SmilChr01G004214 Chr01 NC_080387.1:60549952-60549966promoter 内 3731-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 60548645-60549696(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGTGGGG
SmilChr02G004131 Chr02 NC_080388.1:63567633-63567647promoter 内 3710-3724 bp + 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 63564095-63567356(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGTTTGT
SmilChr01G004215 Chr01 NC_080387.1:60549952-60549966promoter 内 3596-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 60550357-60556955(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCCACCTTATCCTC
SmilChr02G005134 Chr02 NC_080388.1:72788051-72788065promoter 内 2883-2897 bp - 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 72781753-72786947(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAAACCTTATCCTC
SmilChr02G000148 Chr02 NC_080388.1:1979181-1979195promoter 内 2742-2756 bp - 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 1980440-1981591(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGTTTTT
SmilChr02G004132 Chr02 NC_080388.1:63567633-63567647promoter 内 2102-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 63569532-63571536(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAAACCTTATCCAC
SmilChr01G004212 Chr01 NC_080387.1:60549952-60549966promoter 内 1185-1199 bp + 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 60545745-60547150(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGTGGGG
SmilChr02G005135 Chr02 NC_080388.1:72788051-72788065promoter 内 467-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 72791585-72794428(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGTTTTT
SmilChr01G005198 Chr01 NC_080387.1:69669709-69669723promoter 内 964-978 bp - 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 69666107-69666686(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAAACCTTATCCAC
SmilChr02G000907 Chr02 NC_080388.1:15701374-15701388promoter 内 1593-1607 bp + 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 15703782-15707926(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCATCCTTATCCAC
SmilChr01G001611 Chr01 NC_080387.1:30259595-30259609promoter 内 1154-1168 bp + 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 30255606-30256762(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGATGTT
SmilChr01G002634 Chr01 NC_080387.1:44627785-44627799promoter 内 2696-2710 bp - 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 44621596-44626494(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACAACCTTATCTAC
SmilChr02G004973 Chr02 NC_080388.1:71621316-71621330promoter 内 2546-2560 bp + 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 71622771-71626876(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATAATCTTATCCAC
SmilChr03G001057 Chr03 NC_080389.1:12279847-12279861promoter 内 422-436 bp - 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 12283426-12284432(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGATGGC
SmilChr03G001484 Chr03 NC_080389.1:17906002-17906016promoter 内 2956-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 17891288-17904971(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGAAAGG
SmilChr01G000944 Chr01 NC_080387.1:19984763-19984777promoter 内 1191-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 19987573-20000390(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGATGTC
SmilChr02G002640 Chr02 NC_080388.1:45795661-45795675promoter 内 617-631 bp + 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 45799045-45801818(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAATCCTTATCCTC
SmilChr02G002595 Chr02 NC_080388.1:45097247-45097261promoter 内 586-600 bp + 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 45100662-45103349(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAATCCTTATCCTC
SmilChr02G004307 Chr02 NC_080388.1:65450010-65450024promoter 内 3939-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 65445620-65449962(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGATTGTG
SmilChr02G004250 Chr02 NC_080388.1:64694039-64694053promoter 内 3839-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 64694201-64695370(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGATAGG
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SmilChr01G000788 Chr01 NC_080387.1:17146797-17146811promoter 内 775-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 17141217-17143585(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACAATCTTATCCAC
SmilChr02G004290 Chr02 NC_080388.1:65225803-65225817promoter 内 2946-2960 bp + 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 65223581-65224762(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGAATAAG
SmilChr02G000558 Chr02 NC_080388.1:7862432-7862446promoter 内 2538-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 7863895-7865043(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTAACCTTATCCTT
SmilChr01G004887 Chr01 NC_080387.1:66930137-66930151promoter 内 1240-1254 bp + 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 66932898-66933727(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCAACCTTATCCAC
SmilChr03G002066 Chr03 NC_080389.1:31525365-31525379promoter 内 84-98 bp + 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 31529282-31530244(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCCTCCTTATCCTC