靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00011004-RA_Salv |
SmilChr04G002953 |
ARF | XP_057809314.1 |
MP00033 |
TTTGTCGGC |
9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 100 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G000422 |
Chr04 | NC_080390.1:4490728-4490736promoter 内 1255-1263 bp |
- | 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 4481287-4487990(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr04G002273 |
Chr04 | NC_080390.1:36869170-36869178promoter 内 1252-1260 bp |
- | 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 36862516-36866429(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr02G000315 |
Chr02 | NC_080388.1:3970830-3970838promoter 内 1248-1256 bp |
- | 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 3973583-3976334(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr03G003116 |
Chr03 | NC_080389.1:48286655-48286663promoter 内 1244-1252 bp |
+ | 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 48289412-48291694(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr02G005495 |
Chr02 | NC_080388.1:75108690-75108698promoter 内 1226-1234 bp |
+ | 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 75104660-75105923(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr01G002484 |
Chr01 | NC_080387.1:42564451-42564459promoter 内 1203-1211 bp |
+ | 2790 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 42567249-42570302(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr02G005472 |
Chr02 | NC_080388.1:74978919-74978927promoter 内 1177-1185 bp |
+ | 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 74981743-74983403(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr01G002029 |
Chr01 | NC_080387.1:35868332-35868340promoter 内 1168-1176 bp |
- | 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 35864563-35865507(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr01G000942 |
Chr01 | NC_080387.1:19947749-19947757promoter 内 1126-1134 bp |
+ | 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 19950624-19953254(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr03G000869 |
Chr03 | NC_080389.1:9875665-9875673promoter 内 1086-1094 bp |
+ | 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 9870410-9872758(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr02G000457 |
Chr02 | NC_080388.1:6098325-6098333promoter 内 1047-1055 bp |
- | 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 6101279-6102811(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr04G000871 |
Chr04 | NC_080390.1:11026970-11026978promoter 内 956-964 bp |
- | 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 11022968-11023933(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr04G001660 |
Chr04 | NC_080390.1:27562203-27562211promoter 内 928-936 bp |
+ | 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 27565276-27583680(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr01G001932 |
Chr01 | NC_080387.1:34479396-34479404promoter 内 907-915 bp |
+ | 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 34482490-34484538(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr02G001262 |
Chr02 | NC_080388.1:23122856-23122864promoter 内 899-907 bp |
+ | 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 23125958-23126782(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr01G003573 |
Chr01 | NC_080387.1:54299365-54299373promoter 内 897-905 bp |
- | 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 54294405-54296269(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr02G004450 |
Chr02 | NC_080388.1:66860836-66860844promoter 内 894-902 bp |
+ | 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 66852740-66857737(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr02G005303 |
Chr02 | NC_080388.1:73975103-73975111promoter 内 889-897 bp |
+ | 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 73969792-73971999(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr01G003560 |
Chr01 | NC_080387.1:54210046-54210054promoter 内 834-842 bp |
+ | 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 54203024-54206887(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr02G004019 |
Chr02 | NC_080388.1:62503342-62503350promoter 内 751-759 bp |
- | 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 62498208-62500100(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr01G004159 |
Chr01 | NC_080387.1:60086103-60086111promoter 内 744-752 bp |
+ | 3249 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 60080427-60082854(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr01G001902 |
Chr01 | NC_080387.1:34126028-34126036promoter 内 743-751 bp |
+ | 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 34129286-34130890(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr01G004752 |
Chr01 | NC_080387.1:65695449-65695457promoter 内 698-706 bp |
+ | 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 65687230-65692154(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr04G002561 |
Chr04 | NC_080390.1:40919985-40919993promoter 内 695-703 bp |
+ | 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 40923291-40924443(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr02G001422 |
Chr02 | NC_080388.1:26823341-26823349promoter 内 689-697 bp |
+ | 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 26826653-26827854(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr02G000505 |
Chr02 | NC_080388.1:6963568-6963576promoter 内 672-680 bp |
+ | 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 6957928-6960247(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr02G001007 |
Chr02 | NC_080388.1:17751712-17751720promoter 内 659-667 bp |
- | 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 17755054-17762670(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr01G000097 |
Chr01 | NC_080387.1:1706935-1706943promoter 内 643-651 bp |
- | 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 1710293-1712140(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr02G004481 |
Chr02 | NC_080388.1:67275177-67275185promoter 内 604-612 bp |
+ | 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 67268535-67271788(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr01G001347 |
Chr01 | NC_080387.1:26740378-26740386promoter 内 598-606 bp |
- | 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 26733442-26736983(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr01G004602 |
Chr01 | NC_080387.1:64002559-64002567promoter 内 597-605 bp |
+ | 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 64005963-64007353(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr02G005056 |
Chr02 | NC_080388.1:72265464-72265472promoter 内 597-605 bp |
- | 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 72268868-72276167(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
ACCGACAAA |
SmilChr03G000546 |
Chr03 | NC_080389.1:5925479-5925487promoter 内 589-597 bp |
- | 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 5920385-5922075(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
SmilChr02G005582 |
Chr02 | NC_080388.1:75639976-75639984promoter 内 560-568 bp |
+ | 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 75643417-75647580(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
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SmilChr01G004013 |
Chr01 | NC_080387.1:58548286-58548294promoter 内 553-561 bp |
- | 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 58544466-58544846(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGT |
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Chr04 | NC_080390.1:41801229-41801237promoter 内 518-526 bp |
+ | 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 41804712-41806406(+) |
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MP00033 |
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- | 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 51929249-51930547(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
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+ | 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 26818107-26819855(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
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Chr01 | NC_080387.1:61177979-61177987promoter 内 498-506 bp |
+ | 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 61172693-61174484(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
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+ | 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 61492284-61497190(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
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- | 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 43632481-43634332(+) |
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- | 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 55461968-55465967(-) |
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+ | 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 33530858-33536214(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
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+ | 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.1/ 100 | 1 | 30530273-30532558(-) |
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