转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 100 / 129 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004922 Chr01 NC_080387.1:67301435-67301442promoter 内 1534-1541 bp + 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 67303902-67303973(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005245 Chr01 NC_080387.1:69964666-69964673promoter 内 1531-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 69967136-69969848(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G004472 Chr02 NC_080388.1:67104691-67104698promoter 内 1530-1537 bp + 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 67107162-67112851(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G001352 Chr02 NC_080388.1:25293699-25293706promoter 内 1519-1526 bp - 2475 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 25288281-25291224(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G000942 Chr02 NC_080388.1:16441866-16441873promoter 内 1518-1525 bp + 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16444349-16445508(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G001339 Chr01 NC_080387.1:26631658-26631665promoter 内 1517-1524 bp - 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 26626495-26629181(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005222 Chr01 NC_080387.1:69775008-69775015promoter 内 1513-1520 bp - 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 69769582-69772527(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005702 Chr01 NC_080387.1:73267963-73267970promoter 内 1513-1520 bp + 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 73262006-73265482(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G005481 Chr02 NC_080388.1:75027541-75027548promoter 内 1509-1516 bp + 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75023016-75025056(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G000783 Chr02 NC_080388.1:12871753-12871760promoter 内 1505-1512 bp - 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 12865618-12869264(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G001387 Chr02 NC_080388.1:26367007-26367014promoter 内 1505-1512 bp + 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 26364027-26364518(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G001290 Chr01 NC_080387.1:25691137-25691144promoter 内 1504-1511 bp - 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 25685523-25688647(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G004998 Chr02 NC_080388.1:71803191-71803198promoter 内 1501-1508 bp + 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 71805691-71809570(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G001446 Chr01 NC_080387.1:28156688-28156695promoter 内 1495-1502 bp + 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 28159194-28169998(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G003500 Chr02 NC_080388.1:56213300-56213307promoter 内 1495-1502 bp + 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 56206043-56210801(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G005527 Chr01 NC_080387.1:72144193-72144200promoter 内 1491-1498 bp - 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 72138861-72141690(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G005479 Chr02 NC_080388.1:75004711-75004718promoter 内 1491-1498 bp - 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75007221-75009530(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G002625 Chr01 NC_080387.1:44532399-44532406promoter 内 1485-1492 bp + 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 44534915-44543927(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G000390 Chr02 NC_080388.1:4821101-4821108promoter 内 1485-1492 bp - 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 4823617-4830268(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G003544 Chr02 NC_080388.1:56601124-56601131promoter 内 1476-1483 bp + 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 56603649-56603764(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G002738 Chr02 NC_080388.1:47317473-47317480promoter 内 1472-1479 bp + 2522 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 47313509-47314951(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G004242 Chr01 NC_080387.1:60726792-60726799promoter 内 1460-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 60723333-60724258(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G005158 Chr02 NC_080388.1:72933058-72933065promoter 内 1458-1465 bp + 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 72935601-72936998(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G003617 Chr02 NC_080388.1:57447689-57447696promoter 内 1450-1457 bp - 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 57441488-57445145(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G001659 Chr01 NC_080387.1:30678990-30678997promoter 内 1448-1455 bp + 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30673941-30676444(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G005549 Chr01 NC_080387.1:72290106-72290113promoter 内 1447-1454 bp + 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 72286389-72287559(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G001954 Chr01 NC_080387.1:34769700-34769707promoter 内 1444-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 34772257-34776753(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G003610 Chr01 NC_080387.1:54649862-54649869promoter 内 1444-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 54652419-54653295(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr02G005595 Chr02 NC_080388.1:75704560-75704567promoter 内 1442-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75694468-75702008(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G003388 Chr01 NC_080387.1:52570135-52570142promoter 内 1439-1446 bp - 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 52562027-52567580(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G004443 Chr01 NC_080387.1:62558617-62558624promoter 内 1438-1445 bp + 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 62554906-62556061(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G005422 Chr01 NC_080387.1:71416361-71416368promoter 内 1433-1440 bp - 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 71407830-71413800(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
SmilChr01G005897 Chr01 NC_080387.1:74888155-74888162promoter 内 1430-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 74881056-74885591(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G000909 Chr01 NC_080387.1:19159563-19159570promoter 内 1428-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 19162136-19163000(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr01G000910 Chr01 NC_080387.1:19170379-19170386promoter 内 1428-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 19172952-19173816(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 ACAACATA
SmilChr02G000786 Chr02 NC_080388.1:12920880-12920887promoter 内 1423-1430 bp - 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 12913989-12918309(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGT
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