转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 101 / 164 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005698 Chr01 NC_080387.1:73242800-73242814promoter 内 2377-2391 bp + 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73244424-73246790(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTGAGTAGGTGGT
SmilChr03G002818 Chr03 NC_080389.1:44654964-44654978promoter 内 2317-2331 bp + 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44656648-44657969(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTCAAGTAGGTGAG
SmilChr07G001269 Chr07 NC_080393.1:9759649-9759663promoter 内 2220-2234 bp + 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9751036-9757882(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCTATCT
SmilChr08G002007 Chr08 NC_080394.1:17847679-17847693promoter 内 2189-2203 bp + 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17849491-17849949(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAAAAGTAGGTGAA
SmilChr02G005032 Chr02 NC_080388.1:72044009-72044023promoter 内 2148-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72038169-72042170(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGTTGTG
SmilChr07G000281 Chr07 NC_080393.1:1815495-1815509promoter 内 2094-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1817402-1819788(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTGTA
SmilChr08G001904 Chr08 NC_080394.1:16532742-16532756promoter 内 2060-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16528662-16530815(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCATAAA
SmilChr03G004043 Chr03 NC_080389.1:59429718-59429732promoter 内 2019-2033 bp + 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59424271-59427750(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACTATTT
SmilChr01G004952 Chr01 NC_080387.1:67597911-67597925promoter 内 2018-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 67594530-67595942(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTACCTACCATTCA
SmilChr01G004738 Chr01 NC_080387.1:65569268-65569282promoter 内 1976-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 65563100-65567257(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCAACAA
SmilChr01G001941 Chr01 NC_080387.1:34585977-34585991promoter 内 1901-1915 bp - 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34588077-34591403(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTCCTAA
SmilChr01G005305 Chr01 NC_080387.1:70315803-70315817promoter 内 1877-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 70313091-70313693(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTTATAT
SmilChr07G002749 Chr07 NC_080393.1:27009532-27009546promoter 内 1866-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27006486-27007411(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATTTGGTAGTTGAA
SmilChr08G000017 Chr08 NC_080394.1:136701-136715promoter 内 1842-1856 bp - 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 131600-134556(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGAAGGTAGGTCGG
SmilChr06G002458 Chr06 NC_080392.1:35372900-35372914promoter 内 1836-1850 bp + 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35375065-35376459(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTATGGTAGGTTTG
SmilChr07G002267 Chr07 NC_080393.1:20879574-20879588promoter 内 1720-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20881855-20885018(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAATCGGTAGGTGGC
SmilChr03G002817 Chr03 NC_080389.1:44654964-44654978promoter 内 1708-1722 bp + 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44650403-44652685(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTGAAT
SmilChr07G003566 Chr07 NC_080393.1:41653066-41653080promoter 内 1698-1712 bp + 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 41655369-41656204(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAAATGGTAGGTACA
SmilChr06G001809 Chr06 NC_080392.1:21274740-21274754promoter 内 1613-1627 bp + 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21271412-21272366(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGAACC
SmilChr05G000399 Chr05 NC_080391.1:2996777-2996791promoter 内 1498-1512 bp - 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2999280-3007173(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGCTCC
SmilChr01G004205 Chr01 NC_080387.1:60503787-60503801promoter 内 1482-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60497417-60501282(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCTTCTA
SmilChr07G001290 Chr07 NC_080393.1:9925235-9925249promoter 内 1482-1496 bp - 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9927754-9931858(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACTACTTT
SmilChr02G002926 Chr02 NC_080388.1:49663675-49663689promoter 内 1466-1480 bp - 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49666210-49667026(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGAACC
SmilChr04G004039 Chr04 NC_080390.1:55616689-55616703promoter 内 1409-1423 bp - 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55612476-55614111(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTATGGTAGGTAAC
SmilChr04G001286 Chr04 NC_080390.1:20503430-20503444promoter 内 1367-1381 bp + 2620 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20506064-20515359(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCCTGGTAGGTGTA
SmilChr03G001190 Chr03 NC_080389.1:13704607-13704621promoter 内 1342-1356 bp + 2645 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13699601-13701962(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTAAATT
SmilChr06G000095 Chr06 NC_080392.1:678073-678087promoter 内 1327-1341 bp - 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 673955-675413(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCTAGGTAGGTAAA
SmilChr02G001125 Chr02 NC_080388.1:20399867-20399881promoter 内 1322-1336 bp + 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20402546-20405128(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGCGGTAGGTAGC
SmilChr03G001189 Chr03 NC_080389.1:13693821-13693835promoter 内 1281-1295 bp + 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13688763-13691115(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTAAATT
SmilChr01G001441 Chr01 NC_080387.1:28088238-28088252promoter 内 1239-1253 bp - 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28075259-28085490(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATATGGTAGGTTGC
SmilChr03G001476 Chr03 NC_080389.1:17756913-17756927promoter 内 1238-1252 bp - 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17759676-17762201(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTAAATT
SmilChr02G003522 Chr02 NC_080388.1:56392780-56392794promoter 内 1202-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56395579-56397687(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTACCTACCATTCA
SmilChr03G003525 Chr03 NC_080389.1:53855240-53855254promoter 内 1153-1167 bp - 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53850877-53852406(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAGTGGTAGGTTTG
SmilChr01G004029 Chr01 NC_080387.1:58706845-58706859promoter 内 1067-1081 bp - 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58701536-58703925(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAGTGGTAGGTTTG
SmilChr05G000060 Chr05 NC_080391.1:278887-278901promoter 内 1056-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 281832-284801(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCGACCTACCAACCC
SmilChr03G000844 Chr03 NC_080389.1:9635554-9635568promoter 内 1051-1065 bp + 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9631854-9632618(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCTAATA
SmilChr06G002306 Chr06 NC_080392.1:33295063-33295077promoter 内 1019-1033 bp - 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33298045-33300441(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTAAATT
SmilChr07G004588 Chr07 NC_080393.1:58692100-58692114promoter 内 964-978 bp + 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58686737-58689077(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTAAATT
SmilChr06G001140 Chr06 NC_080392.1:11443697-11443711promoter 内 944-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11446754-11448502(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCATATG
SmilChr02G001292 Chr02 NC_080388.1:23748803-23748817promoter 内 915-929 bp + 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23739913-23745731(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTACCTACCATTCA
SmilChr05G001739 Chr05 NC_080391.1:16818288-16818302promoter 内 900-914 bp - 3087 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16810049-16815201(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACTTGGTAGTTGAA
SmilChr05G000144 Chr05 NC_080391.1:1185272-1185286promoter 内 874-888 bp + 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1181068-1182159(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCGACCTACCAACCC
SmilChr02G000085 Chr02 NC_080388.1:1119433-1119447promoter 内 873-887 bp - 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1122561-1123919(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTACCTACCATTCA
SmilChr01G000190 Chr01 NC_080387.1:3260541-3260555promoter 内 861-875 bp - 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3263681-3265926(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACCGATCT
SmilChr07G001882 Chr07 NC_080393.1:16274450-16274464promoter 内 794-808 bp + 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16268827-16271257(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTAAAAC
SmilChr01G005235 Chr01 NC_080387.1:69932082-69932096promoter 内 769-783 bp + 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 69928344-69928864(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTAGCTA
SmilChr08G001568 Chr08 NC_080394.1:12891318-12891332promoter 内 756-770 bp + 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 12894563-12895170(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGAATGGTAGGTACA
SmilChr06G000542 Chr06 NC_080392.1:4535055-4535069promoter 内 732-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4538324-4544715(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACCTAGTAGGTGGA
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SmilChr07G001291 Chr07 NC_080393.1:9925235-9925249promoter 内 662-676 bp - 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9928574-9930170(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACTACTTT