转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 103 / 167 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002993 Chr01 NC_080387.1:48848192-48848203promoter 内 675-686 bp + 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 48840887-48844877(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTTGCGTGTTA
SmilChr05G001374 Chr05 NC_080391.1:12262156-12262167promoter 内 665-676 bp + 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 12257720-12258831(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGGGT
SmilChr02G001951 Chr02 NC_080388.1:35216119-35216130promoter 内 657-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35211877-35212786(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGCAAAG
SmilChr07G004705 Chr07 NC_080393.1:59936652-59936663promoter 内 633-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59931458-59933295(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCCGGCGTGTGG
SmilChr07G002453 Chr07 NC_080393.1:23058531-23058542promoter 内 628-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 23051691-23055169(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACCCACGCCAAA
SmilChr05G002401 Chr05 NC_080391.1:26503279-26503290promoter 内 604-615 bp + 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 26506676-26509653(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTCACGCCAAA
SmilChr02G001594 Chr02 NC_080388.1:29706880-29706891promoter 内 499-510 bp - 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29710382-29711865(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGGGT
SmilChr04G000828 Chr04 NC_080390.1:10433423-10433434promoter 内 463-474 bp + 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10436961-10437734(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTCACGCCAAA
SmilChr06G002711 Chr06 NC_080392.1:39194588-39194599promoter 内 413-424 bp - 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 39189633-39191011(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGCAAAC
SmilChr04G000683 Chr04 NC_080390.1:7967173-7967184promoter 内 395-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7959403-7963578(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCCGGCGTGTGG
SmilChr02G001874 Chr02 NC_080388.1:34045068-34045079promoter 内 392-403 bp - 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34040423-34041470(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCACACGCCGGC
SmilChr01G001147 Chr01 NC_080387.1:23456418-23456429promoter 内 244-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 23437008-23452672(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGACACGCCGGC
SmilChr08G003774 Chr08 NC_080394.1:43225179-43225190promoter 内 224-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 43228956-43231760(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTTGCGTGTTA
SmilChr04G001138 Chr04 NC_080390.1:16753296-16753307promoter 内 212-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16736893-16749518(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGACACGCCCGC
SmilChr03G003880 Chr03 NC_080389.1:57902504-57902515promoter 内 167-178 bp + 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57894954-57898681(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCCGGCGTGTCG
SmilChr02G004730 Chr02 NC_080388.1:69534200-69534211promoter 内 80-91 bp + 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 69529517-69530290(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCGGGCGTGTGG
SmilChr04G000872 Chr04 NC_080390.1:11025076-11025087promoter 内 23-34 bp + 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 11029054-11030131(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGCAAAG
SmilChr03G003619 Chr03 NC_080389.1:54851884-54851895promoter 内 1852-1863 bp + 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 54854033-54855725(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAA
SmilChr03G002097 Chr03 NC_080389.1:32417609-32417620promoter 内 578-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 32421032-32421138(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGACT
SmilChr02G000742 Chr02 NC_080388.1:11995043-11995054promoter 内 572-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 11998472-11998578(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGACT
SmilChr06G003122 Chr06 NC_080392.1:44053338-44053349promoter 内 3898-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 44052824-44053246(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTCACGCCAGA
SmilChr04G001408 Chr04 NC_080390.1:22925947-22925958promoter 内 3855-3866 bp - 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 22924574-22925812(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAA
SmilChr02G002739 Chr02 NC_080388.1:47321453-47321464promoter 内 3461-3472 bp + 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 47321993-47324609(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAA
SmilChr04G002555 Chr04 NC_080390.1:40866325-40866336promoter 内 2973-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 40867353-40870508(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGGAT
SmilChr03G001783 Chr03 NC_080389.1:24392676-24392687promoter 内 2521-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 24388463-24391207(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATCCACGCCAGA
SmilChr07G003048 Chr07 NC_080393.1:31698983-31698994promoter 内 2338-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 31696348-31697331(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGCTAGC
SmilChr02G004427 Chr02 NC_080388.1:66598334-66598345promoter 内 2148-2159 bp - 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 66600187-66603106(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGAAC
SmilChr01G001321 Chr01 NC_080387.1:26229850-26229861promoter 内 1978-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 26231873-26232954(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAA
SmilChr01G002267 Chr01 NC_080387.1:39458638-39458649promoter 内 1931-1942 bp - 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 39454608-39456579(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAA
SmilChr02G002104 Chr02 NC_080388.1:37722375-37722386promoter 内 1407-1418 bp - 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 37724969-37727465(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTTGCGTGTTC
SmilChr06G001902 Chr06 NC_080392.1:22822796-22822807promoter 内 961-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 22825836-22828673(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTTGCGTGTTC
SmilChr06G002531 Chr06 NC_080392.1:36322212-36322223promoter 内 888-899 bp + 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 36316587-36319110(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGAAG
SmilChr05G002218 Chr05 NC_080391.1:23709401-23709412promoter 内 597-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 23712805-23713233(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTCACGCCAGT
SmilChr01G001085 Chr01 NC_080387.1:22289834-22289845promoter 内 3980-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22287740-22289824(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTCACGCCAGA
SmilChr03G004418 Chr03 NC_080389.1:62344469-62344480promoter 内 3969-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 62335748-62344448(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATCCACGCCAGA
SmilChr04G001181 Chr04 NC_080390.1:17914562-17914573promoter 内 3855-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 17914708-17915253(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAA
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