转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 103 / 151 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000618 Chr05 NC_080391.1:4666278-4666290promoter 内 1824-1836 bp + 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 4668455-4671248(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCATT
SmilChr03G001927 Chr03 NC_080389.1:27048716-27048728promoter 内 1810-1822 bp - 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 27050907-27053391(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATGATAGGTAAA
SmilChr02G002828 Chr02 NC_080388.1:48387853-48387865promoter 内 1762-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 48378626-48385626(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACGTACCTTT
SmilChr05G000174 Chr05 NC_080391.1:1377544-1377556promoter 内 493-505 bp + 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 1371204-1374048(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTAATTAGGTAAT
SmilChr04G002018 Chr04 NC_080390.1:32746568-32746580promoter 内 3980-3992 bp - 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 32744425-32746559(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACTAAT
SmilChr03G002344 Chr03 NC_080389.1:36978341-36978353promoter 内 3968-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 36977173-36978320(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGCAAC
SmilChr03G000954 Chr03 NC_080389.1:10796476-10796488promoter 内 3957-3969 bp + 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 10795517-10796444(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAGGGTAGGTATC
SmilChr04G002045 Chr04 NC_080390.1:33189992-33190004promoter 内 3938-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 33187317-33189941(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTATTTAGGTAAA
SmilChr01G003584 Chr01 NC_080387.1:54416204-54416216promoter 内 3881-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54416324-54421669(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAC
SmilChr02G005293 Chr02 NC_080388.1:73916088-73916100promoter 内 3854-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73915211-73915953(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGGGGAGGTAAA
SmilChr02G000936 Chr02 NC_080388.1:16340494-16340506promoter 内 3778-3790 bp + 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 16337052-16340283(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTATTTAGGTAAA
SmilChr01G003444 Chr01 NC_080387.1:53010437-53010449promoter 内 3756-3768 bp + 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53010682-53013283(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GACACCTACCGCA
SmilChr03G001775 Chr03 NC_080389.1:24198445-24198457promoter 内 3739-3751 bp + 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 24198707-24198812(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATCTTA
SmilChr02G003258 Chr02 NC_080388.1:53883622-53883634promoter 内 3495-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53884128-53887403(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAACCTACCTGG
SmilChr01G001293 Chr01 NC_080387.1:25757365-25757377promoter 内 3436-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 25757930-25762497(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCGGTAGGTTGA
SmilChr04G004158 Chr04 NC_080390.1:56270912-56270924promoter 内 3341-3353 bp + 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56271572-56274371(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCCAACTACCTTT
SmilChr04G001756 Chr04 NC_080390.1:28891019-28891031promoter 内 3202-3214 bp - 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28891818-28893873(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTATTAGGTAAT
SmilChr04G002837 Chr04 NC_080390.1:44520563-44520575promoter 内 3135-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44516265-44519709(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTGCCTACCTAT
SmilChr05G001927 Chr05 NC_080391.1:19556583-19556595promoter 内 3123-3135 bp + 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 19557461-19560655(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAACCTACCGAA
SmilChr04G000278 Chr04 NC_080390.1:2547154-2547166promoter 内 3094-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2548061-2548459(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAACCTACCGAA
SmilChr03G003074 Chr03 NC_080389.1:47777463-47777475promoter 内 3041-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47770895-47776515(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTATTAGGTAAT
SmilChr02G004576 Chr02 NC_080388.1:68263335-68263347promoter 内 2961-2973 bp - 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68256724-68262307(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAAAACC
SmilChr03G001705 Chr03 NC_080389.1:22633466-22633478promoter 内 2943-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 22634524-22635551(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTGCCTACCTTC
SmilChr05G001013 Chr05 NC_080391.1:8309494-8309506promoter 内 2741-2753 bp + 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 8305596-8308246(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTATTTAGGTAAA
SmilChr02G000161 Chr02 NC_080388.1:2111744-2111756promoter 内 2588-2600 bp + 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2107167-2110343(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAGATAGGTAAG
SmilChr05G001014 Chr05 NC_080391.1:8309494-8309506promoter 内 2560-2572 bp + 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 8310935-8311006(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAC
SmilChr02G005437 Chr02 NC_080388.1:74784420-74784432promoter 内 2467-2479 bp + 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74777892-74782898(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATTTTAGGTAAG
SmilChr04G002266 Chr04 NC_080390.1:36668244-36668256promoter 内 2330-2342 bp + 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 36669915-36674410(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACCCAA
SmilChr04G002270 Chr04 NC_080390.1:36778049-36778061promoter 内 2330-2342 bp + 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 36779720-36784887(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACCCAA
SmilChr02G005439 Chr02 NC_080388.1:74784420-74784432promoter 内 2248-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74786173-74789076(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAAATG
SmilChr04G004044 Chr04 NC_080390.1:55664661-55664673promoter 内 2234-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55666428-55667638(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GACACCTACCGCA
SmilChr01G001634 Chr01 NC_080387.1:30399356-30399368promoter 内 2153-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30392990-30397520(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAC
SmilChr02G005098 Chr02 NC_080388.1:72545600-72545612promoter 内 2137-2149 bp - 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72541437-72543748(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACTTTG
SmilChr02G004318 Chr02 NC_080388.1:65501425-65501437promoter 内 2051-2063 bp + 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 65503375-65507356(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACAGAT
SmilChr03G002653 Chr03 NC_080389.1:42180646-42180658promoter 内 2032-2044 bp + 1957 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42182615-42186970(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTAACCTACCTAG
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