转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 104 / 134 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001295 Chr01 NC_080387.1:25789871-25789885promoter 内 537-551 bp - 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 25793335-25805075(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTTCATTT
SmilChr03G002847 Chr03 NC_080389.1:45037656-45037670promoter 内 510-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45029734-45034179(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATATAATGATTTT
SmilChr01G000790 Chr01 NC_080387.1:17175092-17175106promoter 内 402-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 17178691-17181537(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCTTAT
SmilChr02G002685 Chr02 NC_080388.1:46489322-46489336promoter 内 370-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46492953-46495890(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGGAGTAATGATTTT
SmilChr01G002451 Chr01 NC_080387.1:42108648-42108662promoter 内 273-287 bp + 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 42096023-42104934(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTATCAAT
SmilChr03G002849 Chr03 NC_080389.1:45037656-45037670promoter 内 126-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 45041531-45047348(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTATATTT
SmilChr01G000319 Chr01 NC_080387.1:6221814-6221828promoter 内 47-61 bp + 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6216030-6217874(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGCATCATTATTTTT
SmilChr01G002902 Chr01 NC_080387.1:47703996-47704010promoter 内 13-27 bp - 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47698916-47700022(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATAAA
SmilChr02G005135 Chr02 NC_080388.1:72787588-72787602promoter 内 4-18 bp + 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 72791585-72794428(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTCATAATGATTGA
SmilChr01G002596 Chr01 NC_080387.1:44140173-44140187promoter 内 1546-1560 bp - 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 4 44142628-44144828(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCTCTCTC
SmilChr01G006179 Chr01 NC_080387.1:77332313-77332327promoter 内 669-683 bp - 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 3 77323374-77328995(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTGGAAATGATTGC
SmilChr03G003257 Chr03 NC_080389.1:50466071-50466085promoter 内 3946-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 50466126-50470681(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTATAATGATAAA
SmilChr01G000046 Chr01 NC_080387.1:723616-723630promoter 内 3317-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 724300-725876(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATTATTGA
SmilChr02G005378 Chr02 NC_080388.1:74451204-74451218promoter 内 3224-3238 bp + 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 74451981-74457085(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATCAAAATGATTGC
SmilChr01G001735 Chr01 NC_080387.1:31951996-31952010promoter 内 3136-3150 bp + 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 31952861-31954060(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAAGTAATAATTAT
SmilChr03G002644 Chr03 NC_080389.1:42064573-42064587promoter 内 2558-2572 bp - 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 42061571-42063144(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTACAATGATTTC
SmilChr01G003094 Chr01 NC_080387.1:49760046-49760060promoter 内 2386-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 49750153-49758445(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGTGTAG
SmilChr02G004210 Chr02 NC_080388.1:64362509-64362523promoter 内 2015-2029 bp - 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 64364495-64368110(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAATCATTATTTTC
SmilChr02G004275 Chr02 NC_080388.1:64942001-64942015promoter 内 1972-1986 bp + 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 64944030-64945789(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGCTAATGATAGC
SmilChr02G002724 Chr02 NC_080388.1:47134997-47135011promoter 内 1949-1963 bp - 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 47137049-47139241(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATAATTACTTTT
SmilChr02G000589 Chr02 NC_080388.1:8444460-8444474promoter 内 1849-1863 bp + 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 8446612-8447289(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCATAAAATGATTAC
SmilChr02G003383 Chr02 NC_080388.1:54946218-54946232promoter 内 1676-1690 bp - 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 54948543-54951563(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATATGG
SmilChr01G006008 Chr01 NC_080387.1:75640236-75640250promoter 内 1674-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 75637045-75637923(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGTAAAATGATTAT
SmilChr01G001734 Chr01 NC_080387.1:31950388-31950402promoter 内 1575-1589 bp - 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 31947087-31947976(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTGTGAAATGATTAT
SmilChr01G000579 Chr01 NC_080387.1:12150940-12150954promoter 内 1369-1383 bp + 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 12147216-12148322(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTCATA
SmilChr01G000045 Chr01 NC_080387.1:723616-723630promoter 内 1263-1277 bp + 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 719914-720892(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATAATTACTTTT
SmilChr02G004930 Chr02 NC_080388.1:71309929-71309943promoter 内 1207-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 71303865-71307149(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTGAATTA
SmilChr01G000039 Chr01 NC_080387.1:623582-623596promoter 内 1174-1188 bp + 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 619535-620769(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATAATTACTTTT
SmilChr01G000539 Chr01 NC_080387.1:11069990-11070004promoter 内 1167-1181 bp - 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 11072824-11074457(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTAAACTT
SmilChr02G001425 Chr02 NC_080388.1:26912182-26912196promoter 内 892-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 26915291-26916539(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATAATTACTTTT
SmilChr02G002755 Chr02 NC_080388.1:47586622-47586636promoter 内 117-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 47590506-47591247(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGAAAATGATTAT
SmilChr02G000184 Chr02 NC_080388.1:2321906-2321920promoter 内 110-124 bp + 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 2325797-2336714(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGAGAAAATGATTAG
SmilChr02G003313 Chr02 NC_080388.1:54390713-54390727promoter 内 3951-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54390763-54392598(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCTGTTAATGATTAC
SmilChr03G001854 Chr03 NC_080389.1:25527557-25527571promoter 内 3928-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 25527080-25527498(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTTTA
SmilChr03G002727 Chr03 NC_080389.1:43324955-43324969promoter 内 3901-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43325055-43335088(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAATTCAATGATTGC
SmilChr03G001299 Chr03 NC_080389.1:15217872-15217886promoter 内 3882-3896 bp + 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15217991-15218827(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTGATTAATGATTAT
SmilChr02G001289 Chr02 NC_080388.1:23721053-23721067promoter 内 3854-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23721200-23724166(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTAATATT
SmilChr02G005504 Chr02 NC_080388.1:75169487-75169501promoter 内 3854-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75169634-75173680(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTCACAC
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SmilChr01G000429 Chr01 NC_080387.1:8588919-8588933promoter 内 3820-3834 bp + 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 8589100-8590420(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTATTAATGATTAA
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SmilChr02G001796 Chr02 NC_080388.1:32763446-32763460promoter 内 3698-3712 bp + 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32760123-32763157(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATACTC
SmilChr03G002796 Chr03 NC_080389.1:44457441-44457455promoter 内 3661-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44443998-44457115(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGGAAAATGATTAC
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SmilChr03G000144 Chr03 NC_080389.1:1575774-1575788promoter 内 3440-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1576335-1579231(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTTTA
SmilChr03G000145 Chr03 NC_080389.1:1586484-1586498promoter 内 3440-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1587045-1589941(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTTTA
SmilChr01G005358 Chr01 NC_080387.1:70801214-70801228promoter 内 3407-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70801808-70804098(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGCTGCAATGATTGA