转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 105 / 164 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000972 Chr06 NC_080392.1:9426534-9426548promoter 内 23-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 9430512-9433339(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATAGAGTAGGTGAA
SmilChr06G002699 Chr06 NC_080392.1:38946976-38946990promoter 内 3983-3997 bp - 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 38946994-38947416(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCATGGA
SmilChr02G001938 Chr02 NC_080388.1:34831625-34831639promoter 内 3666-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 34831960-34835432(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAGAAGTAGGTGAA
SmilChr03G004611 Chr03 NC_080389.1:63839650-63839664promoter 内 3175-3189 bp - 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 63836493-63838838(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGGGGTAGGTTTG
SmilChr05G001121 Chr05 NC_080391.1:9346020-9346034promoter 内 3124-3138 bp + 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 9346897-9355384(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTCGAGTAGGTGGG
SmilChr04G000845 Chr04 NC_080390.1:10686628-10686642promoter 内 2430-2444 bp - 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 10688199-10689450(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCAACTACCAAGCA
SmilChr08G001044 Chr08 NC_080394.1:7974853-7974867promoter 内 2098-2112 bp - 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 7976756-7979113(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCAACTACCAAGCA
SmilChr08G002323 Chr08 NC_080394.1:21894094-21894108promoter 内 2044-2058 bp + 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 21888815-21892151(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCAACTACCAAGCA
SmilChr06G001415 Chr06 NC_080392.1:14861987-14862001promoter 内 1917-1931 bp - 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 14855815-14859917(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTGGTTAGGTGAA
SmilChr01G003612 Chr01 NC_080387.1:54666820-54666834promoter 内 1877-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 54663828-54664710(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTACCTACCACATT
SmilChr02G002993 Chr02 NC_080388.1:50600223-50600237promoter 内 1850-1864 bp - 2137 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 50602374-50603343(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTACCTACCACATT
SmilChr07G002690 Chr07 NC_080393.1:26253751-26253765promoter 内 1354-1368 bp + 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 26256398-26257794(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGAAGTAGGTGGT
SmilChr02G001819 Chr02 NC_080388.1:33067121-33067135promoter 内 1143-1157 bp + 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 33060162-33064277(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCTAAAA
SmilChr02G004689 Chr02 NC_080388.1:69210632-69210646promoter 内 1025-1039 bp - 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 69207208-69207670(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTGGTTAGGTGAA
SmilChr06G003255 Chr06 NC_080392.1:45210103-45210117promoter 内 867-881 bp - 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 45213237-45218064(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTACCTACCTATAC
SmilChr05G004024 Chr05 NC_080391.1:54248898-54248912promoter 内 382-396 bp - 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 54243565-54245293(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCAGAGTAGGTGAG
SmilChr07G002691 Chr07 NC_080393.1:26253751-26253765promoter 内 175-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 26257577-26259206(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGAAGTAGGTGGT
SmilChr04G004159 Chr04 NC_080390.1:56274629-56274643promoter 内 3970-3984 bp + 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56274660-56278615(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGAAGTAGGTGGT
SmilChr02G002375 Chr02 NC_080388.1:41636433-41636447promoter 内 3911-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 41636284-41636357(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGATAGTAGGTGAT
SmilChr03G002133 Chr03 NC_080389.1:33217346-33217360promoter 内 3856-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33216882-33217215(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTTTGGTAGTTGCA
SmilChr06G002527 Chr06 NC_080392.1:36290936-36290950promoter 内 3796-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 36291141-36294293(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATTAGTAGGTGGT
SmilChr04G001259 Chr04 NC_080390.1:19862957-19862971promoter 内 3783-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19863175-19864535(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTATGGTAGGTATA
SmilChr01G001036 Chr01 NC_080387.1:21551191-21551205promoter 内 3777-3791 bp - 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 21551415-21557729(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCCAATT
SmilChr06G002852 Chr06 NC_080392.1:41283579-41283593promoter 内 3691-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 41283889-41290921(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTCGAGTAGGTGGG
SmilChr01G005255 Chr01 NC_080387.1:70046402-70046416promoter 内 3677-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 70046009-70046092(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCTACAC
SmilChr03G002029 Chr03 NC_080389.1:30425935-30425949promoter 内 3672-3686 bp - 315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 30424361-30425620(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTAGGTAGGTTTG
SmilChr07G000448 Chr07 NC_080393.1:3162910-3162924promoter 内 3667-3681 bp + 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3159616-3162590(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCATCAT
SmilChr02G000573 Chr02 NC_080388.1:8117682-8117696promoter 内 3652-3666 bp + 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8118031-8119196(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTATGGTAGGTATA
SmilChr04G001258 Chr04 NC_080390.1:19852013-19852027promoter 内 3652-3666 bp + 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19852362-19853591(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTATGGTAGGTATA
SmilChr04G004138 Chr04 NC_080390.1:56177327-56177341promoter 内 3650-3664 bp - 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 56174932-56176990(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAACGGTAGGTGAA
SmilChr07G003356 Chr07 NC_080393.1:36050567-36050581promoter 内 3609-3623 bp + 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 36050959-36052143(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTATGGTAGGTATA
SmilChr07G004263 Chr07 NC_080393.1:55053568-55053582promoter 内 3608-3622 bp - 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 55049237-55053189(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGAAAGTAGGTGGT
SmilChr03G001842 Chr03 NC_080389.1:25315344-25315358promoter 内 3604-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 25315741-25323625(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCATAAA
SmilChr04G000859 Chr04 NC_080390.1:10903340-10903354promoter 内 3599-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 10903742-10905247(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATTGGTAGGTAAT
SmilChr07G004254 Chr07 NC_080393.1:54976518-54976532promoter 内 3599-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54976920-54981027(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGAAAGTAGGTGGT
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