转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 106 / 152 下载 TSV

上一页 106 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000875 Chr01 NC_080387.1:18621750-18621764promoter 内 512-526 bp - 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 18625239-18626543(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGTAGTCGGTGGAA
SmilChr04G001262 Chr04 NC_080390.1:19888847-19888861promoter 内 499-513 bp + 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 19878916-19885359(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGTTGTCGGCCACG
SmilChr06G002341 Chr06 NC_080392.1:34057981-34057995promoter 内 482-496 bp - 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34061500-34070336(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TAAATGTCGGTGCAA
SmilChr02G001626 Chr02 NC_080388.1:30180517-30180531promoter 内 477-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30184041-30185653(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGTCGTCGGTGATC
SmilChr06G000156 Chr06 NC_080392.1:1091337-1091351promoter 内 398-412 bp + 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1081208-1087748(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGATTGTCGGCCGAA
SmilChr04G000939 Chr04 NC_080390.1:12374746-12374760promoter 内 385-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 12378362-12380127(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGTTGTCGGCCACG
SmilChr05G004027 Chr05 NC_080391.1:54268856-54268870promoter 内 381-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 54261108-54265250(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTTAACCGACACCTT
SmilChr02G002480 Chr02 NC_080388.1:43180949-43180963promoter 内 375-389 bp + 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43184575-43187347(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCAACCGACACAAA
SmilChr05G002644 Chr05 NC_080391.1:29833768-29833782promoter 内 326-340 bp - 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29827872-29830107(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCAACCGACACAAA
SmilChr03G001246 Chr03 NC_080389.1:14366622-14366636promoter 内 323-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14360712-14362958(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCAACCGACACAAA
SmilChr02G000784 Chr02 NC_080388.1:12889399-12889413promoter 内 226-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 12884119-12885638(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGTTGTCGGCCACG
SmilChr01G003487 Chr01 NC_080387.1:53425343-53425357promoter 内 225-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 53418370-53421581(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCTTGTCGGTTGTG
SmilChr06G001401 Chr06 NC_080392.1:14658939-14658953promoter 内 224-238 bp + 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14662716-14664472(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCTCACCGACGGAAA
SmilChr04G000430 Chr04 NC_080390.1:4541527-4541541promoter 内 179-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4545349-4546099(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTTGACCGACACATG
SmilChr04G000924 Chr04 NC_080390.1:12064941-12064955promoter 内 157-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 12068785-12071173(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGGGCGGCGGTGGAA
SmilChr07G002517 Chr07 NC_080393.1:23850697-23850711promoter 内 106-120 bp + 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 23854592-23856695(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCAACCGACACAAA
SmilChr06G002099 Chr06 NC_080392.1:27944990-27945004promoter 内 101-115 bp - 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 27938947-27941104(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCAACCGACACAAA
SmilChr06G000812 Chr06 NC_080392.1:7644872-7644886promoter 内 70-84 bp + 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7648803-7650782(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCAACCGACACAAA
SmilChr08G003380 Chr08 NC_080394.1:35440463-35440477promoter 内 30-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 35444434-35454844(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCTACCGACAGCCT
SmilChr03G000387 Chr03 NC_080389.1:4292258-4292272promoter 内 3933-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 4292326-4293199(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCGTGTCGGTGTTT
SmilChr03G000292 Chr03 NC_080389.1:3341747-3341761promoter 内 3232-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 3337044-3340992(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATTTGTCGGTTGGC
SmilChr03G000957 Chr03 NC_080389.1:10809338-10809352promoter 内 3232-3246 bp - 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 10810107-10812420(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCGTGTCGGTGTTT
SmilChr04G000494 Chr04 NC_080390.1:5404744-5404758promoter 内 3219-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 5403481-5403976(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACGCCGTCGGTGTCC
SmilChr03G000602 Chr03 NC_080389.1:6677667-6677681promoter 内 3072-3086 bp - 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 6678596-6681405(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCGTGTCGGTGTTT
SmilChr02G001972 Chr02 NC_080388.1:35693705-35693719promoter 内 2888-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 35694818-35697027(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AATCACCGACGAAAT
SmilChr04G001332 Chr04 NC_080390.1:21516325-21516339promoter 内 2486-2500 bp + 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 21517840-21523385(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TACAACCGACAAAAC
SmilChr02G000884 Chr02 NC_080388.1:15247479-15247493promoter 内 1372-1386 bp - 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 15240996-15244864(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTTCACCGACATGAA
SmilChr08G003471 Chr08 NC_080394.1:37334628-37334642promoter 内 843-857 bp - 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 37328225-37331484(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCTCTGC
SmilChr04G000824 Chr04 NC_080390.1:10345483-10345497promoter 内 478-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 10332171-10341974(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCTCGGCGGTGGAG
SmilChr04G001192 Chr04 NC_080390.1:18235590-18235604promoter 内 333-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 18239258-18241385(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGCCGTCGGTGATT
SmilChr01G002151 Chr01 NC_080387.1:37497401-37497415promoter 内 287-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 37501115-37505806(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCAACCGACAGTGG
SmilChr06G003089 Chr06 NC_080392.1:43738295-43738309promoter 内 280-294 bp + 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 43742016-43747651(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAGCGCCGACAAGAG
SmilChr06G001471 Chr06 NC_080392.1:15602099-15602113promoter 内 242-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 15605858-15613303(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AATCACCGACGGCAT
SmilChr02G000168 Chr02 NC_080388.1:2169817-2169831promoter 内 135-149 bp - 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 2173683-2177646(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGATGTCGGTGCTT
SmilChr03G003438 Chr03 NC_080389.1:52734735-52734749promoter 内 3945-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 52734791-52736443(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACATTGTCGGTCGTA
SmilChr08G000462 Chr08 NC_080394.1:3308159-3308173promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3306051-3308078(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AACTACCGACAGCTT
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