转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 107 / 161 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003521 Chr07 NC_080393.1:40333494-40333508promoter 内 3000-3014 bp + 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 40330183-40332507(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCATGCCGACGAAG
SmilChr04G002671 Chr04 NC_080390.1:42120870-42120884promoter 内 2913-2927 bp + 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42117659-42119796(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTGAGCCGACACGT
SmilChr05G003527 Chr05 NC_080391.1:47151963-47151977promoter 内 2881-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47148822-47150857(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGATGCCGACATAT
SmilChr07G003275 Chr07 NC_080393.1:34506950-34506964promoter 内 2849-2863 bp - 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34508102-34508186(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACCAAGCCGACACTC
SmilChr04G001666 Chr04 NC_080390.1:27617229-27617243promoter 内 2832-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27618398-27618811(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTTGTCGGTTGTGG
SmilChr08G003871 Chr08 NC_080394.1:45792879-45792893promoter 内 2788-2802 bp - 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45789266-45791680(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGCTAGCT
SmilChr08G003371 Chr08 NC_080394.1:35333477-35333491promoter 内 2727-2741 bp + 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35332135-35332217(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGACACCGACAAAA
SmilChr06G003142 Chr06 NC_080392.1:44456648-44456662promoter 内 2719-2733 bp + 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44457930-44490931(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATTGTCGGCATATT
SmilChr08G003388 Chr08 NC_080394.1:35630456-35630470promoter 内 2706-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35629093-35629175(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGACACCGACAAAA
SmilChr07G003276 Chr07 NC_080393.1:34506950-34506964promoter 内 2687-2701 bp - 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34508264-34508352(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACCAAGCCGACACTC
SmilChr05G002770 Chr05 NC_080391.1:32217211-32217225promoter 内 2601-2615 bp + 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32218611-32219856(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGCGTCGGCATCCT
SmilChr05G000454 Chr05 NC_080391.1:3443097-3443111promoter 内 2574-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3440706-3441684(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGCTGTCGGCGCTTT
SmilChr07G002463 Chr07 NC_080393.1:23170271-23170285promoter 内 2564-2578 bp + 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23165307-23168848(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAAGTGCCGACGGAG
SmilChr05G003667 Chr05 NC_080391.1:49603339-49603353promoter 内 2526-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49604814-49605239(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TATTGGCCGACAATC
SmilChr06G000751 Chr06 NC_080392.1:6969383-6969397promoter 内 2511-2525 bp + 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6966420-6967907(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTCAGCCGACATTC
SmilChr03G001347 Chr03 NC_080389.1:15717122-15717136promoter 内 2467-2481 bp + 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 15714463-15715602(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTGGGCCGACAATC
SmilChr02G005411 Chr02 NC_080388.1:74597194-74597208promoter 内 2430-2444 bp + 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74598765-74599655(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTTGTCGGCTTCTG
SmilChr03G001530 Chr03 NC_080389.1:19114412-19114426promoter 内 2340-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19111906-19112765(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCCAGTT
SmilChr03G001531 Chr03 NC_080389.1:19119047-19119061promoter 内 2340-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19116541-19117400(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCCAGTT
SmilChr07G000724 Chr07 NC_080393.1:5040937-5040951promoter 内 2292-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5037956-5039242(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGCGTCGGCACGAC
SmilChr01G005840 Chr01 NC_080387.1:74411914-74411928promoter 内 2165-2179 bp - 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74405949-74410092(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGAGTCGGCAGCTG
SmilChr02G001885 Chr02 NC_080388.1:34167515-34167529promoter 内 2116-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34169400-34171363(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGAAGTCGGCAGCGG
SmilChr04G001710 Chr04 NC_080390.1:28266014-28266028promoter 内 2043-2057 bp + 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28261211-28264070(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTTTGCCGCCACGT
SmilChr08G004083 Chr08 NC_080394.1:49456074-49456088promoter 内 2037-2051 bp + 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49452628-49454124(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCAATGCCGACGACC
SmilChr02G002608 Chr02 NC_080388.1:45241760-45241774promoter 内 2028-2042 bp + 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45237515-45239801(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTCAGCCGACATTT
SmilChr05G003440 Chr05 NC_080391.1:45733208-45733222promoter 内 1999-2013 bp - 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45735210-45738348(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTCGTGCCGACGCTC
SmilChr04G001348 Chr04 NC_080390.1:21860623-21860637promoter 内 1978-1992 bp + 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21862646-21872150(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGTAATTG
SmilChr07G000376 Chr07 NC_080393.1:2558930-2558944promoter 内 1972-1986 bp + 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2551540-2556915(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAACAGCCGACACTT
SmilChr04G001856 Chr04 NC_080390.1:30225080-30225094promoter 内 1968-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30227113-30228504(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGAAGCCGACATCG
SmilChr04G002556 Chr04 NC_080390.1:40874586-40874600promoter 内 1951-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 40871294-40872550(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACTTCA
SmilChr03G003334 Chr03 NC_080389.1:51607670-51607684promoter 内 1906-1920 bp - 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51609765-51612494(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCCGACCGACAACA
SmilChr04G000784 Chr04 NC_080390.1:9647677-9647691promoter 内 1903-1917 bp - 2084 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9649775-9652324(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTGGGCCGACAATC
SmilChr08G004958 Chr08 NC_080394.1:58412460-58412474promoter 内 1868-1882 bp + 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58414593-58416628(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGCCATCC
SmilChr01G000530 Chr01 NC_080387.1:10839875-10839889promoter 内 1826-1840 bp - 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10834673-10837714(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCTGTCGGCCAGTT
SmilChr05G002664 Chr05 NC_080391.1:30150140-30150154promoter 内 1771-1785 bp - 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30138943-30147924(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTGTCGGCTCCAG
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SmilChr05G000456 Chr05 NC_080391.1:3443097-3443111promoter 内 1053-1067 bp - 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3446045-3448320(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAAGCGCCGACAGCC