转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000619; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006374-RA_Salv SmilChr05G000619 WRKY XP_057764205.1 MP00167 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9756 个结合位点 6439 个候选靶基因 第 108 / 129 下载 TSV

上一页 108 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004314 Chr01 NC_080387.1:61317511-61317521promoter 内 3385-3395 bp + 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61312743-61316905(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATTGACTTTT
SmilChr03G000399 Chr03 NC_080389.1:4367982-4367992promoter 内 3377-3387 bp - 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4365807-4367368(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TTAAGTCAATG
SmilChr01G004425 Chr01 NC_080387.1:62351435-62351445promoter 内 3360-3370 bp + 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 62352076-62356845(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAAAGTCAATT
SmilChr01G005887 Chr01 NC_080387.1:74788009-74788019promoter 内 3286-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74788724-74795607(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTGA
SmilChr03G000160 Chr03 NC_080389.1:1769916-1769926promoter 内 3261-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1770656-1771579(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TTAAGTCAATG
SmilChr01G001806 Chr01 NC_080387.1:32993523-32993533promoter 内 3232-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32991655-32992764(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TCAAGTCAATG
SmilChr01G004904 Chr01 NC_080387.1:67103880-67103890promoter 内 3174-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67101257-67103063(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TCAAGTCAATG
SmilChr02G005279 Chr02 NC_080388.1:73840292-73840302promoter 内 3173-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73841120-73841939(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTCAG
SmilChr03G000853 Chr03 NC_080389.1:9760943-9760953promoter 内 3171-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9757011-9760123(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TTAAGTCAATG
SmilChr01G005683 Chr01 NC_080387.1:73097867-73097877promoter 内 3117-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73096556-73096993(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ACGAGTCAACA
SmilChr01G004408 Chr01 NC_080387.1:62173451-62173461promoter 内 3106-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 62174346-62175450(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTAA
SmilChr03G000720 Chr03 NC_080389.1:8060740-8060750promoter 内 3090-3100 bp + 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 8061651-8063327(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAAAGTCAATT
SmilChr01G000688 Chr01 NC_080387.1:15392160-15392170promoter 内 3027-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15393134-15396782(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TCAAGTCAATG
SmilChr01G005105 Chr01 NC_080387.1:68844054-68844064promoter 内 3007-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 68838134-68843070(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GAAAGTCAAAC
SmilChr03G000264 Chr03 NC_080389.1:3055867-3055877promoter 内 2952-2962 bp - 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3056916-3064283(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATTGACTTTT
SmilChr03G000236 Chr03 NC_080389.1:2821806-2821816promoter 内 2817-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 2819595-2820632(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATTGACTTTT
SmilChr01G005536 Chr01 NC_080387.1:72205278-72205288promoter 内 2806-2816 bp + 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72201162-72204093(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTAA
SmilChr01G001378 Chr01 NC_080387.1:27152924-27152934promoter 内 2777-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 27147069-27151710(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTGA
SmilChr02G003713 Chr02 NC_080388.1:58738181-58738191promoter 内 2776-2786 bp + 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58732871-58736966(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTTTGACTTTC
SmilChr03G000794 Chr03 NC_080389.1:9036144-9036154promoter 内 2752-2762 bp + 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9037393-9044194(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAAAGTCAATT
SmilChr01G004631 Chr01 NC_080387.1:64353127-64353137promoter 内 2748-2758 bp - 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64349703-64351884(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAAAGTCAATT
SmilChr01G005326 Chr01 NC_080387.1:70488676-70488686promoter 内 2745-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70479800-70487430(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACAGTG
SmilChr03G000843 Chr03 NC_080389.1:9622037-9622047promoter 内 2742-2752 bp + 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9617494-9620788(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTTTGACTTTC
SmilChr01G004632 Chr01 NC_080387.1:64353127-64353137promoter 内 2726-2736 bp - 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64354402-64355717(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATTGACTTTT
SmilChr01G004690 Chr01 NC_080387.1:64955074-64955084promoter 内 2709-2719 bp - 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64934331-64953792(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAAAGTCAATT
SmilChr01G001985 Chr01 NC_080387.1:35280491-35280501promoter 内 2695-2705 bp - 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35281797-35284169(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTGA
SmilChr02G003833 Chr02 NC_080388.1:59977134-59977144promoter 内 2685-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59974151-59975828(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TTAAGTCAATG
SmilChr03G000542 Chr03 NC_080389.1:5886684-5886694promoter 内 2642-2652 bp + 1349 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5888043-5890586(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TTAAGTCAATG
SmilChr02G004167 Chr02 NC_080388.1:63980932-63980942promoter 内 2630-2640 bp + 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63976250-63979571(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTTTGACTTTC
SmilChr01G005223 Chr01 NC_080387.1:69779753-69779763promoter 内 2592-2602 bp - 1399 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69775409-69778354(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TCAAGTCAATG
SmilChr02G001879 Chr02 NC_080388.1:34101636-34101646promoter 内 2570-2580 bp + 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34103067-34110484(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAAAGTCAATT
SmilChr01G000372 Chr01 NC_080387.1:7680979-7680989promoter 内 2536-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7674973-7679524(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TTAAGTCAATG
SmilChr01G001674 Chr01 NC_080387.1:30886599-30886609promoter 内 2423-2433 bp - 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30882641-30885031(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAAAGTCAATT
SmilChr02G000866 Chr02 NC_080388.1:14903406-14903416promoter 内 2396-2406 bp + 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 14905011-14905097(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TTAAGTCAATG
SmilChr01G001122 Chr01 NC_080387.1:22831287-22831297promoter 内 2362-2372 bp - 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22832926-22840584(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTAA
SmilChr02G001915 Chr02 NC_080388.1:34482562-34482572promoter 内 2357-2367 bp - 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34473512-34480928(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAAAGTCAATT
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