转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 11 / 143 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002746 Chr01 NC_080387.1:45769016-45769035promoter 内 3262-3281 bp - 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45769755-45771498(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr07G001003 Chr07 NC_080393.1:7292314-7292333promoter 内 3167-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 7288268-7291499(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGGAAAAGACAAAAAAAAA
SmilChr08G000877 Chr08 NC_080394.1:6490785-6490804promoter 内 3162-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 6491624-6493406(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTGAAAACGACAAATTAAAA
SmilChr05G004135 Chr05 NC_080391.1:55347328-55347347promoter 内 3106-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 55348223-55349736(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr04G002898 Chr04 NC_080390.1:45268954-45268973promoter 内 2992-3011 bp - 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45266190-45267964(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGATTTTTTGTCTTCTTCTT
SmilChr01G002077 Chr01 NC_080387.1:36722375-36722394promoter 内 2980-2999 bp - 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 36723396-36724475(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGAAAAACGACAAAAGTGGG
SmilChr05G002661 Chr05 NC_080391.1:30121540-30121559promoter 内 2830-2849 bp + 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 30122711-30123816(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTGAATTTGTCGTCTTCTT
SmilChr04G002899 Chr04 NC_080390.1:45268954-45268973promoter 内 2826-2845 bp - 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45270129-45271193(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGAAGACAAAAAATCC
SmilChr07G003960 Chr07 NC_080393.1:50256558-50256577promoter 内 2775-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 50251018-50255351(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGAAAAACGACAAAAGTGGG
SmilChr04G000804 Chr04 NC_080390.1:9900298-9900317promoter 内 2677-2696 bp + 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 9895308-9898993(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCAAAACGACAAAAATACG
SmilChr07G001782 Chr07 NC_080393.1:15126044-15126063promoter 内 2475-2494 bp + 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 15127570-15129172(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCATTTTTTGTCTTTTTTTT
SmilChr08G002504 Chr08 NC_080394.1:24061153-24061172promoter 内 2391-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24062763-24065488(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTTTTTTTTGTCATTTTGTA
SmilChr08G001038 Chr08 NC_080394.1:7908583-7908602promoter 内 2380-2399 bp - 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 7910204-7917084(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCGAAAAGGACAAAAAGGGA
SmilChr07G003663 Chr07 NC_080393.1:43809804-43809823promoter 内 2359-2378 bp + 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 43805884-43808181(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr01G001747 Chr01 NC_080387.1:32186551-32186570promoter 内 2352-2371 bp - 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 32188200-32190770(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACAAAATGACAAAAAAAAT
SmilChr01G004194 Chr01 NC_080387.1:60400491-60400510promoter 内 2130-2149 bp + 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 60402362-60408120(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGCGTTTTGTCGCTTTCTG
SmilChr03G001775 Chr03 NC_080389.1:24196789-24196808promoter 内 2083-2102 bp + 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24198707-24198812(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGTAATTTTGTCCTCTTCCG
SmilChr04G002493 Chr04 NC_080390.1:39824694-39824713promoter 内 1870-1889 bp - 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 39826825-39828443(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr04G002040 Chr04 NC_080390.1:33118174-33118193promoter 内 1794-1813 bp + 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 33113750-33115986(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGAAAAACGACAAAAGTGGG
SmilChr08G000328 Chr08 NC_080394.1:2299236-2299255promoter 内 1780-1799 bp + 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 2295831-2297034(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TACAAAATGACAAAAAAAAG
SmilChr03G004134 Chr03 NC_080389.1:60177914-60177933promoter 内 1754-1773 bp - 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 60180161-60183575(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAATACGACAAAAGGGAA
SmilChr01G000608 Chr01 NC_080387.1:13456127-13456146promoter 内 1753-1772 bp - 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 13458375-13460408(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACTAAAAGACAAAAGAACT
SmilChr01G001710 Chr01 NC_080387.1:31572801-31572820promoter 内 1670-1689 bp - 2312 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 31575132-31576792(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAGAAAAAGACAAAAATGTC
SmilChr06G000962 Chr06 NC_080392.1:9305510-9305529promoter 内 1571-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 9307940-9310794(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTGAATTTGTCGTCTTCTT
SmilChr06G001472 Chr06 NC_080392.1:15633182-15633201promoter 内 1553-1572 bp + 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 15628100-15630753(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr06G000961 Chr06 NC_080392.1:9305510-9305529promoter 内 1254-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 9300779-9302782(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr05G002986 Chr05 NC_080391.1:36479031-36479050promoter 内 1081-1100 bp - 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 36481951-36485073(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGAAGACAAAAAACCC
SmilChr05G000382 Chr05 NC_080391.1:2874910-2874929promoter 内 914-933 bp + 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 2877997-2880591(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGAGTTTTGTCTTTTTTTG
SmilChr05G004136 Chr05 NC_080391.1:55347328-55347347promoter 内 812-831 bp - 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 55350517-55351365(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr08G001379 Chr08 NC_080394.1:10993225-10993244promoter 内 741-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 10987823-10989984(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCAATTTTTGTCGTCTTCGA
SmilChr01G001830 Chr01 NC_080387.1:33242562-33242581promoter 内 428-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 33234791-33239008(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCCAAGACGACAAAAATACA
SmilChr04G002704 Chr04 NC_080390.1:42560133-42560152promoter 内 340-359 bp - 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 42563794-42565621(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr02G004352 Chr02 NC_080388.1:65785710-65785729promoter 内 337-356 bp - 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 65776748-65782065(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTGAATTTGTCGTCTTCTT
SmilChr05G000028 Chr05 NC_080391.1:137374-137393promoter 内 233-252 bp - 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 141142-141837(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCCAAAAAGACAAAATATGA
SmilChr07G000944 Chr07 NC_080393.1:6727615-6727634promoter 内 209-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 6731407-6733814(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTGTTTTTGTCTTTTTTTA
SmilChr04G000488 Chr04 NC_080390.1:5262886-5262905promoter 内 159-178 bp - 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 5266728-5270636(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr03G001774 Chr03 NC_080389.1:24196789-24196808promoter 内 87-106 bp + 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24191082-24192894(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGGAAGAGGACAAAATTACA
SmilChr02G004984 Chr02 NC_080388.1:71725461-71725480promoter 内 84-103 bp - 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 71729378-71732730(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr07G002676 Chr07 NC_080393.1:26169328-26169347promoter 内 3941-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 26167380-26169287(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAAAGACAAAAAGAAG
SmilChr08G004875 Chr08 NC_080394.1:57872302-57872321promoter 内 3842-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 57869714-57872162(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATATTTTTGTCGTATTTTG
SmilChr08G004876 Chr08 NC_080394.1:57875465-57875484promoter 内 3842-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 57875624-57878080(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATATTTTTGTCGTATTTTG
SmilChr08G000839 Chr08 NC_080394.1:6209071-6209090promoter 内 2983-3002 bp - 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 6206158-6208072(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCCATTTTTGTCTTTTTTTT
SmilChr03G001606 Chr03 NC_080389.1:20412165-20412184promoter 内 1970-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 20407165-20410153(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCATTTTTTGTCGTTTTTGT
SmilChr08G001868 Chr08 NC_080394.1:16051853-16051872promoter 内 1514-1533 bp - 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 16054340-16063094(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCAAAAACGACAAAAGGAAA
SmilChr05G000391 Chr05 NC_080391.1:2952754-2952773promoter 内 3793-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2952962-2953927(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGTAAAGGACAAAAAAGGT
SmilChr03G002334 Chr03 NC_080389.1:36819597-36819616promoter 内 3674-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 36817041-36819289(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATATTTTTGTCGTATTTTG
SmilChr03G003988 Chr03 NC_080389.1:58908518-58908537promoter 内 3454-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 58906885-58907990(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAAAGACAAAAAAATT
SmilChr08G003607 Chr08 NC_080394.1:39160445-39160464promoter 内 3423-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 39157618-39159886(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACTAGAAGACAAAATATAA
SmilChr03G002349 Chr03 NC_080389.1:37124281-37124300promoter 内 3175-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 37125107-37130887(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATGTCTTTGTCGTCTTCCG
SmilChr03G001616 Chr03 NC_080389.1:20567740-20567759promoter 内 2901-2920 bp + 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 20563838-20566659(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAGAAGATGACAAAACAAAG