转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 111 / 130 下载 TSV

上一页 111 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001958 Chr08 NC_080394.1:17248364-17248375promoter 内 2378-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 17245213-17246752(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCTGGT
SmilChr03G000337 Chr03 NC_080389.1:3819171-3819182promoter 内 2372-2383 bp - 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3820800-3827343(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCAAAA
SmilChr02G000655 Chr02 NC_080388.1:9937389-9937400promoter 内 2371-2382 bp - 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9933779-9935770(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr01G001964 Chr01 NC_080387.1:34972944-34972955promoter 内 2343-2354 bp + 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34969412-34971297(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCAAAA
SmilChr08G001689 Chr08 NC_080394.1:14098676-14098687promoter 内 2319-2330 bp + 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14100358-14102411(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CACCGGACCACC
SmilChr06G000887 Chr06 NC_080392.1:8404125-8404136promoter 内 2289-2300 bp + 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8405837-8406915(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CACCGGACCACC
SmilChr03G003553 Chr03 NC_080389.1:54174388-54174399promoter 内 2253-2264 bp - 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54176136-54180526(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCATAC
SmilChr05G003954 Chr05 NC_080391.1:53260493-53260504promoter 内 2213-2224 bp - 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53256496-53258716(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGGACCAGA
SmilChr03G001261 Chr03 NC_080389.1:14557714-14557725promoter 内 2208-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14545865-14555932(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AAGAGGACCACC
SmilChr04G001302 Chr04 NC_080390.1:20725126-20725137promoter 内 2177-2188 bp + 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20726950-20729795(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTATGGACCACA
SmilChr01G001852 Chr01 NC_080387.1:33442686-33442697promoter 内 2156-2167 bp - 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33438179-33440852(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGGACCATC
SmilChr08G002558 Chr08 NC_080394.1:24896989-24897000promoter 内 2132-2143 bp - 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24891220-24895131(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CTTGGGACCAGT
SmilChr02G004229 Chr02 NC_080388.1:64498808-64498819promoter 内 2112-2123 bp + 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64491924-64496930(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCTCAA
SmilChr02G003990 Chr02 NC_080388.1:62195268-62195279promoter 内 2106-2117 bp - 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62191665-62193384(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CACCGGACCACC
SmilChr05G001891 Chr05 NC_080391.1:19226209-19226220promoter 内 2090-2101 bp + 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19219687-19224309(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGTG
SmilChr01G005926 Chr01 NC_080387.1:75066593-75066604promoter 内 2048-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75063982-75064651(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr01G003386 Chr01 NC_080387.1:52542222-52542233promoter 内 2042-2053 bp + 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52539216-52540274(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCAAA
SmilChr06G001643 Chr06 NC_080392.1:18570591-18570602promoter 内 2033-2044 bp + 1957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18572559-18580309(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr03G002322 Chr03 NC_080389.1:36570439-36570450promoter 内 2021-2032 bp - 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36565637-36568470(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCCCGGACCACA
SmilChr04G000172 Chr04 NC_080390.1:1543546-1543557promoter 内 2020-2031 bp + 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1539963-1541576(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCAATC
SmilChr07G004316 Chr07 NC_080393.1:55713423-55713434promoter 内 2005-2016 bp - 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55715419-55716357(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCATAC
SmilChr07G000607 Chr07 NC_080393.1:4134769-4134780promoter 内 1971-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4136799-4137920(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCGAGT
SmilChr02G001363 Chr02 NC_080388.1:25616035-25616046promoter 内 1947-1958 bp + 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25607442-25613992(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGTG
SmilChr04G000734 Chr04 NC_080390.1:8771937-8771948promoter 内 1931-1942 bp + 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8774007-8775761(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCTTGGACCACG
SmilChr07G000688 Chr07 NC_080393.1:4703309-4703320promoter 内 1897-1908 bp - 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4705413-4708745(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCGAGT
SmilChr07G003893 Chr07 NC_080393.1:48787491-48787502promoter 内 1886-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48783201-48785387(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CACCGGACCACC
SmilChr05G002468 Chr05 NC_080391.1:27201134-27201145promoter 内 1869-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27197624-27199013(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGGACCAGA
SmilChr06G002821 Chr06 NC_080392.1:40952601-40952612promoter 内 1835-1846 bp - 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40954767-40956851(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGTG
SmilChr01G006095 Chr01 NC_080387.1:76424588-76424599promoter 内 1829-1840 bp + 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 76419834-76422427(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TCTGGTCCCGAG
SmilChr03G003782 Chr03 NC_080389.1:56943737-56943748promoter 内 1817-1828 bp - 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56938455-56941564(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTGAGGACCACT
SmilChr02G003308 Chr02 NC_080388.1:54347462-54347473promoter 内 1809-1820 bp + 2181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54342393-54345281(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCTACG
SmilChr05G002948 Chr05 NC_080391.1:35534305-35534316promoter 内 1799-1810 bp + 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35536507-35537648(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CACCGGACCACC
SmilChr04G000864 Chr04 NC_080390.1:10932462-10932473promoter 内 1774-1785 bp + 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10934689-10937102(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTATGGACCACA
SmilChr02G003050 Chr02 NC_080388.1:51301964-51301975promoter 内 1772-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51298151-51299746(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCTCAA
SmilChr03G001555 Chr03 NC_080389.1:19617747-19617758promoter 内 1723-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19620025-19622912(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATA
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