转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 113 / 128 下载 TSV

上一页 113 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000451 Chr06 NC_080392.1:3662197-3662211promoter 内 986-1000 bp + 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 3651918-3659196(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCATTGA
SmilChr05G001009 Chr05 NC_080391.1:8289651-8289665promoter 内 969-983 bp - 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 8283766-8286633(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACTTCCACCGCTG
SmilChr06G000682 Chr06 NC_080392.1:6045894-6045908promoter 内 894-908 bp - 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6035134-6042801(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCACCA
SmilChr02G004660 Chr02 NC_080388.1:68999807-68999821promoter 内 877-891 bp + 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69002931-69006333(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGATCTCCACCGCCG
SmilChr01G004475 Chr01 NC_080387.1:62867093-62867107promoter 内 874-888 bp - 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 62870220-62872210(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGTGCG
SmilChr01G003632 Chr01 NC_080387.1:54838800-54838814promoter 内 819-833 bp - 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54841982-54845695(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGAGGAGGTGG
SmilChr07G000994 Chr07 NC_080393.1:7234617-7234631promoter 内 810-824 bp + 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 7230476-7231440(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGTGGCGGAGGTGG
SmilChr08G000044 Chr08 NC_080394.1:293268-293282promoter 内 805-819 bp - 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 288764-290086(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCGGCACCGCCG
SmilChr03G003664 Chr03 NC_080389.1:55481673-55481687promoter 内 802-816 bp - 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55484872-55486992(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCGGTGGAGATGA
SmilChr08G002062 Chr08 NC_080394.1:18485590-18485604promoter 内 746-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18488845-18492567(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGTTGGTGGAGGTGG
SmilChr06G000673 Chr06 NC_080392.1:5960372-5960386promoter 内 721-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5963652-5967204(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCGGTGGCCGTGG
SmilChr05G000874 Chr05 NC_080391.1:6934554-6934568promoter 内 707-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6929936-6931274(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGGCTGC
SmilChr07G002482 Chr07 NC_080393.1:23468218-23468232promoter 内 707-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 23471512-23474009(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCGATG
SmilChr08G003701 Chr08 NC_080394.1:41454115-41454129promoter 内 649-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 41457467-41460905(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGTCGGCACCGCCG
SmilChr03G001330 Chr03 NC_080389.1:15548027-15548041promoter 内 604-618 bp - 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 15544519-15544644(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCTTCCACCGCCA
SmilChr01G003669 Chr01 NC_080387.1:55104095-55104109promoter 内 601-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 55107495-55110325(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCTGCTGG
SmilChr04G004138 Chr04 NC_080390.1:56180378-56180392promoter 内 599-613 bp + 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56174932-56176990(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGCCGCCGC
SmilChr01G002159 Chr01 NC_080387.1:37600942-37600956promoter 内 461-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 37593727-37597416(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGGTT
SmilChr08G000589 Chr08 NC_080394.1:4389614-4389628promoter 内 418-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4384753-4386045(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCATCCACCGCGA
SmilChr02G000094 Chr02 NC_080388.1:1237846-1237860promoter 内 404-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1230404-1234263(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCACCACCGCAG
SmilChr01G002864 Chr01 NC_080387.1:47233055-47233069promoter 内 398-412 bp - 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 47228093-47229466(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCGGCCACCGCCC
SmilChr02G001048 Chr02 NC_080388.1:18537439-18537453promoter 内 350-364 bp - 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18541090-18542998(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGACG
SmilChr01G000913 Chr01 NC_080387.1:19342279-19342293promoter 内 320-334 bp - 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 19345960-19346615(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGGTTC
SmilChr05G003961 Chr05 NC_080391.1:53337316-53337330promoter 内 290-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53341027-53349369(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGGTT
SmilChr01G003885 Chr01 NC_080387.1:57164420-57164434promoter 内 284-298 bp - 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 57168137-57170921(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGACT
SmilChr07G003448 Chr07 NC_080393.1:38370748-38370762promoter 内 272-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 38374477-38377729(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGTGA
SmilChr02G001662 Chr02 NC_080388.1:30845353-30845367promoter 内 268-282 bp + 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30849086-30851629(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTTGGCCACCGCCG
SmilChr01G000615 Chr01 NC_080387.1:13567882-13567896promoter 内 239-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 13571644-13579885(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCTCCACCGCGA
SmilChr04G003403 Chr04 NC_080390.1:50601319-50601333promoter 内 221-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 50605099-50605566(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAGGTGT
SmilChr04G001891 Chr04 NC_080390.1:30877129-30877143promoter 内 192-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30880938-30891666(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCAC
SmilChr01G003650 Chr01 NC_080387.1:54959512-54959526promoter 内 180-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54963333-54970778(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGAGGAGGTGG
SmilChr03G002153 Chr03 NC_080389.1:33490143-33490157promoter 内 171-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 33483435-33486327(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGGCACCACCGCCC
SmilChr02G003932 Chr02 NC_080388.1:61408282-61408296promoter 内 165-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61403860-61404460(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTGAGCCACCGCCA
SmilChr03G000720 Chr03 NC_080389.1:8057798-8057812promoter 内 148-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 8061651-8063327(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCAC
SmilChr04G001883 Chr04 NC_080390.1:30778447-30778461promoter 内 137-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30782311-30793000(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCAC
SmilChr03G003181 Chr03 NC_080389.1:49268452-49268466promoter 内 107-121 bp - 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49262696-49264572(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACTTCCACCGCTG
SmilChr06G000267 Chr06 NC_080392.1:1813102-1813116promoter 内 3580-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 4 1810106-1812695(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCTCTCCACCGCCC
SmilChr08G003180 Chr08 NC_080394.1:32522051-32522065promoter 内 2585-2599 bp - 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 3 32514703-32520649(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCAGATCCACCGCCG
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SmilChr03G004356 Chr03 NC_080389.1:61769611-61769625promoter 内 615-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 3 61772997-61773938(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGATGATGG
SmilChr07G001030 Chr07 NC_080393.1:7522312-7522326promoter 内 3160-3174 bp - 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 7520520-7521485(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCAGATCCACCGCCG
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