转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000593; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001545-RA_Salv SmilChr05G000593 MIKC_MADS XP_057764223.1 MP00609 TTTTTTCCATTTTTGGTAA

可能结合的靶基因

9941 个结合位点 7575 个候选靶基因 第 113 / 152 下载 TSV

上一页 113 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003054 Chr01 NC_080387.1:49472499-49472517promoter 内 2660-2678 bp - 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49471092-49471176(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTATTACTCTTTTTGGTAT
SmilChr03G003220 Chr03 NC_080389.1:49836638-49836656promoter 内 2630-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49833183-49835285(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTTCTAAAAAAAGAAAAAA
SmilChr01G003053 Chr01 NC_080387.1:49472499-49472517promoter 内 2506-2524 bp - 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49470939-49471022(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTATTACTCTTTTTGGTAT
SmilChr03G000306 Chr03 NC_080389.1:3509252-3509270promoter 内 2484-2502 bp - 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3485868-3507753(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTGATACCATTTTTGGCGA
SmilChr01G003302 Chr01 NC_080387.1:51704651-51704669promoter 内 2483-2501 bp + 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51701491-51703151(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTGCAAAAATAGAAAAAA
SmilChr03G000163 Chr03 NC_080389.1:1795255-1795273promoter 内 2483-2501 bp + 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1796773-1808516(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTGATACCATTTTTGGCGA
SmilChr02G001987 Chr02 NC_080388.1:35887304-35887322promoter 内 2475-2493 bp - 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35885164-35885796(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TATTTTCTATTTTTGTACA
SmilChr02G004209 Chr02 NC_080388.1:64357826-64357844promoter 内 2461-2479 bp + 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64352947-64356304(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TATCCCAATAAAGAAAAAA
SmilChr02G002987 Chr02 NC_080388.1:50501741-50501759promoter 内 2414-2432 bp - 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50503328-50506990(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTAACTTAAAAGGAAAAAA
SmilChr03G001830 Chr03 NC_080389.1:25070713-25070731promoter 内 2408-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25064286-25069138(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTCTTTTTTTTTTTGGCAT
SmilChr02G000518 Chr02 NC_080388.1:7149854-7149872promoter 内 2403-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7145294-7148274(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AATCTTAAAAAGGAAAAAA
SmilChr05G000929 Chr05 NC_080391.1:7446825-7446843promoter 内 2334-2352 bp + 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7448492-7450287(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ACCGTGCCATTTTTGGTGC
SmilChr02G005502 Chr02 NC_080388.1:75154367-75154385promoter 内 2208-2226 bp + 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75156160-75159521(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTCTTTTCATTTTTGGACG
SmilChr01G004369 Chr01 NC_080387.1:61872127-61872145promoter 内 2184-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 61873944-61875652(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GGGTTTCCATTTAAGGCTT
SmilChr01G001018 Chr01 NC_080387.1:21352360-21352378promoter 内 2143-2161 bp - 1840 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21345982-21350520(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CCATTTTCCTTTTTGGCAA
SmilChr01G000985 Chr01 NC_080387.1:20871390-20871408promoter 内 2101-2119 bp - 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20868374-20869508(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTTTTTCCATTTTGGTCTG
SmilChr01G003021 Chr01 NC_080387.1:49237271-49237289promoter 内 2080-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49226403-49235368(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TCTTTTCCACTTTGATCAA
SmilChr05G004151 Chr05 NC_080391.1:55440766-55440784promoter 内 1996-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55442771-55444143(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 AGCTTTCCATTTCTAGATT
SmilChr02G001845 Chr02 NC_080388.1:33668818-33668836promoter 内 1969-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 33663062-33666804(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATACCAAAAGAGAAAACAA
SmilChr02G001051 Chr02 NC_080388.1:18747483-18747501promoter 内 1946-1964 bp + 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18741084-18745446(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CAAACCAAAATGGAAAGGT
SmilChr06G000787 Chr06 NC_080392.1:7390075-7390093promoter 内 1942-1960 bp + 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7392134-7394823(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TTCTTTCCATTTTAGCAGA
SmilChr03G002077 Chr03 NC_080389.1:31782866-31782884promoter 内 1888-1906 bp + 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 31778762-31780771(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CAGACGAAAATGGAAAAAA
SmilChr05G002333 Chr05 NC_080391.1:25226807-25226825promoter 内 1847-1865 bp - 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25228961-25230122(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATACCAAAAGAGAAAACAA
SmilChr01G003083 Chr01 NC_080387.1:49670953-49670971promoter 内 1841-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49665340-49668811(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTATTCCATTTTGGGCCG
SmilChr05G000568 Chr05 NC_080391.1:4267979-4267997promoter 内 1839-1857 bp + 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4263791-4265835(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTGCAAAAATAGAAAAAA
SmilChr06G000150 Chr06 NC_080392.1:1054486-1054504promoter 内 1825-1843 bp - 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1049420-1052328(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TGTATTCCATTTTGGGCCG
SmilChr01G001528 Chr01 NC_080387.1:29276200-29276218promoter 内 1806-1824 bp - 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29278395-29284771(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTGCATAAAAGGAAAAAA
SmilChr02G002729 Chr02 NC_080388.1:47208516-47208534promoter 内 1732-1750 bp - 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47205786-47206265(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CTCTAACCCTTTTTGGCTG
SmilChr01G001089 Chr01 NC_080387.1:22338638-22338656promoter 内 1731-1749 bp + 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22340908-22346205(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 CCATTTTCCTTTTTGGCAA
SmilChr03G004097 Chr03 NC_080389.1:59849419-59849437promoter 内 1730-1748 bp - 2253 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59844411-59847166(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATCTTTCCATATTTGCCAC
SmilChr05G000156 Chr05 NC_080391.1:1260009-1260027promoter 内 1669-1687 bp - 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1253918-1257695(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GTTTTACTCTTTTTGGTGA
SmilChr03G003973 Chr03 NC_080389.1:58755354-58755372promoter 内 1654-1672 bp - 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58757701-58763813(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 TATCCAAAAATGAAAATAA
SmilChr03G001679 Chr03 NC_080389.1:22032162-22032180promoter 内 1650-1668 bp - 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22034513-22036165(+) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 GCCCCAAAAAGGGCAATGA
SmilChr02G003683 Chr02 NC_080388.1:58196308-58196326promoter 内 1562-1580 bp - 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58188716-58193887(-) SMil_00001545-RA_Salv MP00609 ATTATCCCTTTTTTGGCAC
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