转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 113 / 149 下载 TSV

上一页 113 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002264 Chr07 NC_080393.1:20853172-20853179promoter 内 3507-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 20848924-20852685(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G003984 Chr02 NC_080388.1:62092829-62092836promoter 内 3505-3512 bp + 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 62093325-62103782(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr04G001655 Chr04 NC_080390.1:27522973-27522980promoter 内 3306-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 27523668-27532116(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G000352 Chr05 NC_080391.1:2633634-2633641promoter 内 3303-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 2634332-2635873(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr07G002265 Chr07 NC_080393.1:20855214-20855221promoter 内 2665-2672 bp + 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 20856550-20859782(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G002694 Chr01 NC_080387.1:45194728-45194735promoter 内 2272-2279 bp + 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 45196457-45199085(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G005911 Chr01 NC_080387.1:74966382-74966389promoter 内 2084-2091 bp - 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 74963277-74964472(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr07G004482 Chr07 NC_080393.1:57370009-57370016promoter 内 1824-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 57366011-57367839(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G001701 Chr02 NC_080388.1:31326887-31326894promoter 内 1811-1818 bp - 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 31322873-31324704(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G005335 Chr02 NC_080388.1:74195763-74195770promoter 内 1622-1629 bp - 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 74191286-74193391(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr06G002601 Chr06 NC_080392.1:37383022-37383029promoter 内 1256-1263 bp - 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 37376772-37380284(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr04G002073 Chr04 NC_080390.1:33481940-33481947promoter 内 872-879 bp - 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 33477127-33478818(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr04G002074 Chr04 NC_080390.1:33482052-33482059promoter 内 805-812 bp - 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 33485248-33486151(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G002769 Chr01 NC_080387.1:46143449-46143456promoter 内 3975-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 46136304-46143430(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr07G000699 Chr07 NC_080393.1:4818501-4818508promoter 内 3954-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 4802241-4818461(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G003590 Chr04 NC_080390.1:52325833-52325840promoter 内 3951-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 52325883-52336260(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G001661 Chr05 NC_080391.1:15724710-15724717promoter 内 3950-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 15722574-15724666(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G001859 Chr04 NC_080390.1:30290929-30290936promoter 内 3946-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 30286934-30290881(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G004121 Chr03 NC_080389.1:60082402-60082409promoter 内 3944-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 60070425-60082352(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G002371 Chr04 NC_080390.1:38206872-38206879promoter 内 3939-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 38201250-38206817(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G001869 Chr04 NC_080390.1:30500640-30500647promoter 内 3912-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 30496658-30500558(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G002865 Chr03 NC_080389.1:45263869-45263876promoter 内 3907-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 45263963-45264747(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G002576 Chr03 NC_080389.1:40982224-40982231promoter 内 3900-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 40982325-40982398(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G000075 Chr03 NC_080389.1:920699-920706promoter 内 3898-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 920802-925292(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G002434 Chr03 NC_080389.1:38667994-38668001promoter 内 3889-3896 bp - 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 38665392-38667889(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G000180 Chr03 NC_080389.1:1933324-1933331promoter 内 3888-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 1928414-1933218(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G005905 Chr01 NC_080387.1:74922212-74922219promoter 内 3873-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74922340-74924203(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G003465 Chr03 NC_080389.1:53065688-53065695promoter 内 3871-3878 bp - 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 53064268-53065565(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr06G002428 Chr06 NC_080392.1:35054628-35054635promoter 内 3869-3876 bp + 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 35054760-35057600(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G004103 Chr03 NC_080389.1:59925511-59925518promoter 内 3866-3873 bp + 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 59925646-59931340(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G002166 Chr05 NC_080391.1:22924402-22924409promoter 内 3861-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 22923702-22924269(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G000077 Chr01 NC_080387.1:1349382-1349389promoter 内 3838-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 1346809-1349226(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G003487 Chr02 NC_080388.1:56131789-56131796promoter 内 3815-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 56131975-56134674(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr04G002282 Chr04 NC_080390.1:37059790-37059797promoter 内 3783-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 37056328-37059579(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr06G000446 Chr06 NC_080392.1:3620153-3620160promoter 内 3765-3772 bp + 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 3620389-3625451(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G001764 Chr05 NC_080391.1:17359442-17359449promoter 内 3762-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 17359681-17362463(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
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SmilChr06G001666 Chr06 NC_080392.1:18929377-18929384promoter 内 3729-3736 bp - 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 18929649-18933339(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
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