转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 113 / 134 下载 TSV

上一页 113 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005658 Chr01 NC_080387.1:72931842-72931854promoter 内 3072-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72929350-72930925(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTCATAGTCAAAG
SmilChr01G006009 Chr01 NC_080387.1:75651119-75651131promoter 内 3049-3061 bp - 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75647259-75650179(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TATTGACTTTACT
SmilChr03G001662 Chr03 NC_080389.1:21553191-21553203promoter 内 3041-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21549798-21552243(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGACAAGTCAAGC
SmilChr02G004391 Chr02 NC_080388.1:66256961-66256973promoter 内 2994-3006 bp + 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 66257968-66258586(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTAGTC
SmilChr01G004918 Chr01 NC_080387.1:67275097-67275109promoter 内 2934-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67268047-67274042(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGAAGAGTCAAAC
SmilChr01G003221 Chr01 NC_080387.1:50978123-50978135promoter 内 2928-2940 bp - 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50976100-50977062(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CGCTGACTTTTTT
SmilChr01G005875 Chr01 NC_080387.1:74699835-74699847promoter 内 2859-2871 bp - 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74700977-74710158(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAGAAGTCAAGT
SmilChr01G003250 Chr01 NC_080387.1:51218365-51218377promoter 内 2810-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51219556-51221377(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGTTGACTTAGTA
SmilChr02G002776 Chr02 NC_080388.1:47831623-47831635promoter 内 2619-2631 bp + 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 47833005-47834022(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAAC
SmilChr01G000420 Chr01 NC_080387.1:8462758-8462770promoter 内 2535-2547 bp - 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 8458063-8461304(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCTTGACTTCTAT
SmilChr02G002804 Chr02 NC_080388.1:48112512-48112524promoter 内 2533-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48113980-48115436(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AATAAAGTCAATT
SmilChr02G005289 Chr02 NC_080388.1:73899108-73899120promoter 内 2369-2381 bp - 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73895707-73897488(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTCTTGA
SmilChr01G005439 Chr01 NC_080387.1:71513147-71513159promoter 内 2336-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71514812-71518585(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATAGAAGTCAAGA
SmilChr01G001704 Chr01 NC_080387.1:31483346-31483358promoter 内 2233-2245 bp + 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31480571-31481590(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AATAAAGTCAATT
SmilChr01G001411 Chr01 NC_080387.1:27703770-27703782promoter 内 2135-2147 bp + 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 27705636-27708347(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AATTGACTTTATT
SmilChr01G004919 Chr01 NC_080387.1:67275097-67275109promoter 内 2103-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67276995-67278442(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTCTTCA
SmilChr02G000516 Chr02 NC_080388.1:7124652-7124664promoter 内 2085-2097 bp - 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7120527-7122748(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTATAA
SmilChr02G003959 Chr02 NC_080388.1:61767154-61767166promoter 内 2024-2036 bp + 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61769131-61770352(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACCTTCAA
SmilChr01G000349 Chr01 NC_080387.1:7165627-7165639promoter 内 1914-1926 bp - 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7167714-7170836(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAGGAAGTCAAAA
SmilChr01G002477 Chr01 NC_080387.1:42513906-42513918promoter 内 1882-1894 bp + 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42516025-42518500(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACTGTTGA
SmilChr01G006033 Chr01 NC_080387.1:75856167-75856179promoter 内 1648-1660 bp - 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75858520-75864233(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAAACAGTCAAAA
SmilChr01G002146 Chr01 NC_080387.1:37444515-37444527promoter 内 1538-1550 bp + 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 37446978-37449245(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTATGACTTTTGT
SmilChr02G002610 Chr02 NC_080388.1:45304642-45304654promoter 内 1428-1440 bp - 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45300304-45302081(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CCTTGACTTGCTG
SmilChr01G005795 Chr01 NC_080387.1:74044877-74044889promoter 内 1414-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74040133-74042302(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AATTGACTTTATT
SmilChr01G000100 Chr01 NC_080387.1:1811641-1811653promoter 内 1350-1362 bp + 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1806014-1809002(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACCGAAGTCAAGG
SmilChr01G000099 Chr01 NC_080387.1:1802891-1802903promoter 内 1349-1361 bp + 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1797263-1800251(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACCGAAGTCAAGG
SmilChr02G003521 Chr02 NC_080388.1:56386787-56386799promoter 内 1348-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56382676-56384146(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAGCAAGTCAAAC
SmilChr02G004617 Chr02 NC_080388.1:68687160-68687172promoter 内 1328-1340 bp - 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 68679256-68684499(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGTTGACTTGTAA
SmilChr02G000359 Chr02 NC_080388.1:4632632-4632644promoter 内 1303-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4635330-4640870(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCAGAAGTCAAGA
SmilChr02G002777 Chr02 NC_080388.1:47831623-47831635promoter 内 1238-1250 bp + 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 47834386-47836088(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAAC
SmilChr02G003970 Chr02 NC_080388.1:61879738-61879750promoter 内 1238-1250 bp - 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61876547-61876987(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTGTTTC
SmilChr01G002886 Chr01 NC_080387.1:47476947-47476959promoter 内 1235-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 47479713-47482005(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTATCTA
SmilChr01G000242 Chr01 NC_080387.1:4508030-4508042promoter 内 1228-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4501786-4505269(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACCGAAGTCAAGG
SmilChr02G004891 Chr02 NC_080388.1:70961382-70961394promoter 内 1220-1232 bp + 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70957290-70958613(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGAGAAGTCAAGA
SmilChr02G000569 Chr02 NC_080388.1:8036013-8036025promoter 内 1068-1080 bp - 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 8038946-8040914(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AGAGAAGTCAAGT
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