转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 115 / 138 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001017 Chr08 NC_080394.1:7698158-7698172promoter 内 3549-3563 bp - 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 7691740-7697720(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCTCTGGTACCGTTG
SmilChr07G003820 Chr07 NC_080393.1:47216292-47216306promoter 内 3507-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 47195708-47215812(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATGGAAAT
SmilChr08G002735 Chr08 NC_080394.1:26975992-26976006promoter 内 3405-3419 bp + 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 26975338-26975410(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAACTCAC
SmilChr07G002435 Chr07 NC_080393.1:22766126-22766140promoter 内 3122-3136 bp - 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 22767005-22768152(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTTGTCC
SmilChr03G002042 Chr03 NC_080389.1:30902280-30902294promoter 内 2658-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 30897992-30900951(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCACGTCAACCGTTG
SmilChr03G002045 Chr03 NC_080389.1:30965518-30965532promoter 内 2388-2402 bp - 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 30960883-30963919(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCACGTCAACCGTTG
SmilChr01G004514 Chr01 NC_080387.1:63265943-63265957promoter 内 2304-2318 bp - 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 63262823-63264260(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGCCGTTGACCGTTG
SmilChr03G002046 Chr03 NC_080389.1:30975873-30975887promoter 内 2263-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 30977611-30980781(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGACGTGC
SmilChr03G002043 Chr03 NC_080389.1:30912397-30912411promoter 内 2262-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 30914136-30917306(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGACGTGC
SmilChr07G004170 Chr07 NC_080393.1:53630328-53630342promoter 内 1580-1594 bp - 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 53617966-53627921(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGAAAATACCGTTG
SmilChr02G005367 Chr02 NC_080388.1:74369006-74369020promoter 内 596-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 74359181-74365615(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATTCTCTA
SmilChr07G004356 Chr07 NC_080393.1:56114301-56114315promoter 内 272-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 56118030-56119093(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGTTAGCGACCGTTT
SmilChr04G000446 Chr04 NC_080390.1:4756118-4756132promoter 内 3978-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4756141-4758786(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATGGGATTACCGTTG
SmilChr08G004954 Chr08 NC_080394.1:58381595-58381609promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 58381652-58389597(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCAATCTGACCGTAG
SmilChr06G000293 Chr06 NC_080392.1:2066046-2066060promoter 内 3904-3918 bp + 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2066143-2067101(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATAGGTCGACCGTTA
SmilChr07G002123 Chr07 NC_080393.1:19370686-19370700promoter 内 3867-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19366290-19370566(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TATCCAAGACCGTTG
SmilChr02G003484 Chr02 NC_080388.1:56105316-56105330promoter 内 3852-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56105110-56105181(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTACGGTCATTATTT
SmilChr03G003519 Chr03 NC_080389.1:53788853-53788867promoter 内 3852-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 53789002-53791554(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTCGACCGTTT
SmilChr04G000206 Chr04 NC_080390.1:1830241-1830255promoter 内 3818-3832 bp + 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1830424-1833894(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGCCTTTTACCGTTG
SmilChr01G002929 Chr01 NC_080387.1:48064462-48064476promoter 内 3667-3681 bp + 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 48061372-48064142(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGGAGACA
SmilChr01G001005 Chr01 NC_080387.1:21175500-21175514promoter 内 3635-3649 bp + 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 21175866-21178442(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTCGACCGTTT
SmilChr01G004400 Chr01 NC_080387.1:62129269-62129283promoter 内 3628-3642 bp - 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 62127717-62128910(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTCGACCGTTT
SmilChr01G005502 Chr01 NC_080387.1:71899051-71899065promoter 内 3622-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 71895928-71898686(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATGGTTCAACCGTTG
SmilChr06G000442 Chr06 NC_080392.1:3613167-3613181promoter 内 3448-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 3610290-3612628(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATTTTCGA
SmilChr01G004957 Chr01 NC_080387.1:67668442-67668456promoter 内 3409-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 67669034-67676222(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCCATATCA
SmilChr07G000108 Chr07 NC_080393.1:598119-598133promoter 内 3329-3343 bp + 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 598791-600392(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCGAACGACCGTTG
SmilChr02G003837 Chr02 NC_080388.1:60065713-60065727promoter 内 3187-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 60064419-60064913(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGGGGTGC
SmilChr01G001274 Chr01 NC_080387.1:25428708-25428722promoter 内 3134-3148 bp - 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 25429575-25430228(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGGTACA
SmilChr01G003143 Chr01 NC_080387.1:50267675-50267689promoter 内 3031-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 50263143-50266719(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCCGTGTTACCGTTG
SmilChr05G002480 Chr05 NC_080391.1:27338490-27338504promoter 内 3029-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 27339462-27345674(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCCAATCGT
SmilChr02G001163 Chr02 NC_080388.1:21222063-21222077promoter 内 2981-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 21213127-21221057(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTTGCCTT
SmilChr08G002493 Chr08 NC_080394.1:23899209-23899223promoter 内 2964-2978 bp - 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 23892060-23898186(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGCCTCTGACCGTTA
SmilChr08G002214 Chr08 NC_080394.1:20127682-20127696promoter 内 2941-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20128742-20131032(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTTCCATACCGTTG
SmilChr04G000422 Chr04 NC_080390.1:4489052-4489066promoter 内 2925-2939 bp + 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4481287-4487990(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGAGCATG
SmilChr07G003402 Chr07 NC_080393.1:36917854-36917868promoter 内 2811-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 36919044-36924500(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCGCCATTACCGTTG
SmilChr06G001470 Chr06 NC_080392.1:15590710-15590724promoter 内 2781-2795 bp - 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 15591930-15592409(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCACACCTA
SmilChr04G001634 Chr04 NC_080390.1:27120896-27120910promoter 内 2760-2774 bp - 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 27117745-27119669(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTCTCGAACCGTTG
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SmilChr03G003446 Chr03 NC_080389.1:52819676-52819690promoter 内 2748-2762 bp + 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52820929-52822479(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTCTTCAACCGTTG
SmilChr07G000639 Chr07 NC_080393.1:4308705-4308719promoter 内 2747-2761 bp - 1240 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4303271-4307465(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTTTTCGACCGTTT
SmilChr04G000445 Chr04 NC_080390.1:4756118-4756132promoter 内 2678-2692 bp + 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4752453-4754809(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAATCCCAT
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SmilChr03G003179 Chr03 NC_080389.1:49249694-49249708promoter 内 2591-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49251104-49254743(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACGGTCCGACCGTTA
SmilChr04G002406 Chr04 NC_080390.1:38600711-38600725promoter 内 2378-2392 bp - 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 38602334-38609880(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAAGGATT
SmilChr01G004066 Chr01 NC_080387.1:59073673-59073687promoter 内 2253-2267 bp + 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 59070817-59071939(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCGGGCCT
SmilChr05G003285 Chr05 NC_080391.1:42946527-42946541promoter 内 2224-2238 bp - 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 42948304-42949756(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGGCCTAT
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SmilChr01G005040 Chr01 NC_080387.1:68341874-68341888promoter 内 1994-2008 bp - 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 68336672-68339881(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGAGGGCTACCGTTG