转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 116 / 139 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000908 Chr02 NC_080388.1:15716082-15716095promoter 内 604-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15708843-15712698(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGAGAAGA
SmilChr05G001880 Chr05 NC_080391.1:19067797-19067810promoter 内 458-471 bp - 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19071340-19072628(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAATCTCCGTCCAC
SmilChr04G001224 Chr04 NC_080390.1:19094972-19094985promoter 内 417-430 bp + 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19098556-19103693(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGATT
SmilChr05G001697 Chr05 NC_080391.1:16151898-16151911promoter 内 406-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 16155493-16160754(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGCCGGTGGAGT
SmilChr04G000739 Chr04 NC_080390.1:9001349-9001362promoter 内 353-366 bp + 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8997376-8997714(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAGTCACCGTCAAC
SmilChr01G001084 Chr01 NC_080387.1:22271458-22271471promoter 内 305-318 bp + 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22267275-22267775(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCCGTGCCGTCCAC
SmilChr03G001568 Chr03 NC_080389.1:19815191-19815204promoter 内 227-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19811092-19811430(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAGTCACCGTCAAC
SmilChr04G001260 Chr04 NC_080390.1:19870853-19870866promoter 内 185-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19866712-19867050(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAGTCACCGTCAAC
SmilChr05G001659 Chr05 NC_080391.1:15701930-15701943promoter 内 79-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15705852-15708833(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGCGACGGTGGCGG
SmilChr04G002211 Chr04 NC_080390.1:35784583-35784596promoter 内 3328-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 4 35785256-35792216(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCAAG
SmilChr01G002814 Chr01 NC_080387.1:46694387-46694400promoter 内 1785-1798 bp - 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 4 46696603-46697667(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTCC
SmilChr02G002049 Chr02 NC_080388.1:36881951-36881964promoter 内 3659-3672 bp - 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 36879878-36881622(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGAGCAGA
SmilChr01G000317 Chr01 NC_080387.1:6166259-6166272promoter 内 3513-3526 bp - 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 6163128-6165784(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTGACGGTGGCTC
SmilChr03G001600 Chr03 NC_080389.1:20335362-20335375promoter 内 3407-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 20332193-20334781(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GATGACGGTGAAGC
SmilChr01G004619 Chr01 NC_080387.1:64203013-64203026promoter 内 1530-1543 bp - 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 64205484-64206311(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTCC
SmilChr02G004456 Chr02 NC_080388.1:66973193-66973206promoter 内 1134-1147 bp - 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 66976060-66978911(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATTCCACCGGCCGC
SmilChr02G002614 Chr02 NC_080388.1:45316177-45316190promoter 内 3930-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45310224-45316119(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGCGTCGGTGGAGG
SmilChr06G002058 Chr06 NC_080392.1:27099054-27099067promoter 内 3914-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 27099141-27101398(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAT
SmilChr02G005156 Chr02 NC_080388.1:72923380-72923393promoter 内 3871-3884 bp - 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72920166-72923263(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGAT
SmilChr04G002934 Chr04 NC_080390.1:45596162-45596175promoter 内 3682-3695 bp - 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45589891-45595856(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGGCGGTGGAGC
SmilChr05G002717 Chr05 NC_080391.1:31287766-31287779promoter 内 3435-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 31288332-31295348(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr01G004951 Chr01 NC_080387.1:67593549-67593562promoter 内 3371-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 67590086-67592932(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATTACACCGTCCAC
SmilChr05G004397 Chr05 NC_080391.1:57399853-57399866promoter 内 3358-3371 bp + 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57400496-57401676(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr02G003858 Chr02 NC_080388.1:60373131-60373144promoter 内 3350-3363 bp - 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60369218-60372493(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr02G003617 Chr02 NC_080388.1:57445800-57445813promoter 内 3333-3346 bp + 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57441488-57445145(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACACCACCGTCGAT
SmilChr01G000588 Chr01 NC_080387.1:12742854-12742867promoter 内 3326-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12743529-12746523(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GATGACGGTGATGA
SmilChr01G000604 Chr01 NC_080387.1:13152378-13152391promoter 内 3309-3322 bp - 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13148705-13151699(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GATGACGGTGATGA
SmilChr04G000221 Chr04 NC_080390.1:1949364-1949377promoter 内 3293-3306 bp + 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 1947142-1948669(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGCCACCGTCGCC
SmilChr03G003227 Chr03 NC_080389.1:49993550-49993563promoter 内 3287-3300 bp - 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 49989855-49992849(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GATGACGGTGATGA
SmilChr06G002384 Chr06 NC_080392.1:34656639-34656652promoter 内 3282-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34657358-34659829(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCAAG
SmilChr05G000797 Chr05 NC_080391.1:6244313-6244326promoter 内 3201-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6241223-6243526(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGGCCACCGTCTTC
SmilChr01G000703 Chr01 NC_080387.1:15823447-15823460promoter 内 3195-3208 bp - 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15821262-15822654(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGCGACGGTGGGGG
SmilChr01G002807 Chr01 NC_080387.1:46615695-46615708promoter 内 3165-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46616531-46620668(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TAACCACCGTCAAA
SmilChr01G003844 Chr01 NC_080387.1:56765613-56765626promoter 内 3157-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56766457-56768587(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr01G001012 Chr01 NC_080387.1:21292353-21292366promoter 内 3146-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21288277-21291511(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr04G002323 Chr04 NC_080390.1:37532351-37532364promoter 内 3125-3138 bp + 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 37533227-37536668(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr04G001368 Chr04 NC_080390.1:22206019-22206032promoter 内 3119-3132 bp - 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 22206901-22214303(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTCC
SmilChr03G004541 Chr03 NC_080389.1:63428369-63428382promoter 内 3102-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 63423894-63427483(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGCGTGAA
SmilChr01G006041 Chr01 NC_080387.1:75945237-75945250promoter 内 3098-3111 bp - 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75941861-75944347(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr05G003920 Chr05 NC_080391.1:52962173-52962186promoter 内 3071-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52957964-52961256(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTCC
SmilChr04G003103 Chr04 NC_080390.1:47608315-47608328promoter 内 2984-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 47609332-47610499(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTAGACGGTGGATG
SmilChr01G000710 Chr01 NC_080387.1:15858180-15858193promoter 内 2951-2964 bp + 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15859230-15860324(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGCGACGGTGGGGG
SmilChr01G000708 Chr01 NC_080387.1:15848478-15848491promoter 内 2949-2962 bp + 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15849530-15850611(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGCGACGGTGGGGG
SmilChr02G001316 Chr02 NC_080388.1:24475029-24475042promoter 内 2936-2949 bp - 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24470867-24473977(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGCGACGGTGGGGG
SmilChr06G001944 Chr06 NC_080392.1:23893335-23893348promoter 内 2836-2849 bp + 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 23888842-23892183(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCATCACCGTCATC
SmilChr02G001690 Chr02 NC_080388.1:31158369-31158382promoter 内 2827-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 31159543-31170581(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGGCGGTGGAGG
SmilChr04G000245 Chr04 NC_080390.1:2215426-2215439promoter 内 2815-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2216612-2219167(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GATGACGGTGATGA
SmilChr02G002653 Chr02 NC_080388.1:45980765-45980778promoter 内 2800-2813 bp - 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45976523-45979577(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGCGAATT
SmilChr02G001565 Chr02 NC_080388.1:28966140-28966153promoter 内 2787-2800 bp - 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28967354-28969139(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTCC
SmilChr02G001317 Chr02 NC_080388.1:24484416-24484429promoter 内 2771-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24482259-24483199(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGCGACGGTGGGGG