转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 118 / 130 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002858 Chr02 NC_080388.1:48771533-48771544promoter 内 3812-3823 bp - 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48771722-48772641(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr07G000131 Chr07 NC_080393.1:781372-781383promoter 内 3810-3821 bp + 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 781563-784232(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr08G000282 Chr08 NC_080394.1:1927149-1927160promoter 内 3806-3817 bp + 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1921466-1926965(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr06G000156 Chr06 NC_080392.1:1087933-1087944promoter 内 3805-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1081208-1087748(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr06G001317 Chr06 NC_080392.1:13687956-13687967promoter 内 3805-3816 bp + 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13688152-13689550(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACT
SmilChr07G003354 Chr07 NC_080393.1:36025428-36025439promoter 内 3802-3813 bp - 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36025627-36030300(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr01G000120 Chr01 NC_080387.1:2043718-2043729promoter 内 3799-3810 bp - 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2043018-2043527(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTTGGACCACG
SmilChr01G002234 Chr01 NC_080387.1:38849443-38849454promoter 内 3794-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38845130-38849247(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr07G003659 Chr07 NC_080393.1:43654904-43654915promoter 内 3791-3802 bp + 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43655114-43661099(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr04G000606 Chr04 NC_080390.1:6860323-6860334promoter 内 3783-3794 bp - 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6853578-6860116(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr05G004281 Chr05 NC_080391.1:56606464-56606475promoter 内 3779-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56606686-56609506(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr08G001078 Chr08 NC_080394.1:8296007-8296018promoter 内 3779-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8296229-8298457(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr04G002984 Chr04 NC_080390.1:46262645-46262656promoter 内 3772-3783 bp + 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46256742-46262427(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr02G003110 Chr02 NC_080388.1:52078027-52078038promoter 内 3756-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52075593-52077793(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr04G003897 Chr04 NC_080390.1:54765111-54765122promoter 内 3748-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54765364-54766259(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr07G003651 Chr07 NC_080393.1:43371279-43371290promoter 内 3748-3759 bp - 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43371532-43379990(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr05G002088 Chr05 NC_080391.1:21875029-21875040promoter 内 3744-3755 bp + 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21869726-21874783(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr07G001312 Chr07 NC_080393.1:10104191-10104202promoter 内 3734-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10104458-10106068(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr04G000009 Chr04 NC_080390.1:149167-149178promoter 内 3731-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 149437-150968(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr05G000699 Chr05 NC_080391.1:5270867-5270878promoter 内 3724-3735 bp + 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5271144-5272166(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr07G000779 Chr07 NC_080393.1:5485123-5485134promoter 内 3723-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5480747-5484856(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr01G004480 Chr01 NC_080387.1:62909570-62909581promoter 内 3721-3732 bp + 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62908174-62909301(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCAAAA
SmilChr03G000239 Chr03 NC_080389.1:2841439-2841450promoter 内 3720-3731 bp - 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2839891-2841169(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr01G004039 Chr01 NC_080387.1:58813745-58813756promoter 内 3714-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58813397-58813469(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTTGGACCACT
SmilChr01G000518 Chr01 NC_080387.1:10621521-10621532promoter 内 3705-3716 bp + 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10621817-10621901(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr03G003995 Chr03 NC_080389.1:58992902-58992913promoter 内 3695-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58993208-58995627(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr07G001254 Chr07 NC_080393.1:9682468-9682479promoter 内 3690-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9681568-9682168(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr05G004005 Chr05 NC_080391.1:53983263-53983274promoter 内 3687-3698 bp - 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53983577-53985283(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr03G000671 Chr03 NC_080389.1:7519374-7519385promoter 内 3683-3694 bp - 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7517664-7519067(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr04G000867 Chr04 NC_080390.1:10946224-10946235promoter 内 3678-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10946547-10947483(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr04G001523 Chr04 NC_080390.1:25143476-25143487promoter 内 3663-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25143814-25147459(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr05G000459 Chr05 NC_080391.1:3473933-3473944promoter 内 3658-3669 bp - 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3470204-3473601(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr06G002623 Chr06 NC_080392.1:37761893-37761904promoter 内 3650-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37762244-37763023(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr04G001943 Chr04 NC_080390.1:31540436-31540447promoter 内 3648-3659 bp + 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31538213-31540094(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr05G000707 Chr05 NC_080391.1:5327893-5327904promoter 内 3647-3658 bp + 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5328247-5332836(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr07G001460 Chr07 NC_080393.1:11438805-11438816promoter 内 3645-3656 bp - 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11435569-11438460(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTCGGACCACA
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