转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 12 / 138 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003151 Chr01 NC_080387.1:50313162-50313176promoter 内 3462-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 50313701-50316532(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATTTGCCACGTGGCG
SmilChr01G004332 Chr01 NC_080387.1:61462958-61462972promoter 内 2680-2694 bp + 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 61460341-61461651(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGCAAAT
SmilChr01G002185 Chr01 NC_080387.1:37971704-37971718promoter 内 2394-2408 bp - 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 37965979-37970111(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATTTGCCACGTGGCG
SmilChr02G003082 Chr02 NC_080388.1:51743809-51743823promoter 内 2223-2237 bp + 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 51741973-51742045(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTACACC
SmilChr07G002045 Chr07 NC_080393.1:18556539-18556553promoter 内 1929-1943 bp - 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 18545370-18554481(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGATGACGTGGCG
SmilChr01G001073 Chr01 NC_080387.1:22149911-22149925promoter 内 1430-1444 bp - 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 22152482-22152823(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGCAAAT
SmilChr08G004849 Chr08 NC_080394.1:57720504-57720518promoter 内 797-811 bp - 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 57714611-57717314(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGATGACGTGGCG
SmilChr04G000674 Chr04 NC_080390.1:7648554-7648568promoter 内 772-786 bp - 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 7651783-7655599(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCTGCCTC
SmilChr08G002459 Chr08 NC_080394.1:23407533-23407547promoter 内 602-616 bp + 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 23410932-23411907(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGATGACGTGGCG
SmilChr04G001694 Chr04 NC_080390.1:27992441-27992455promoter 内 3949-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 27991460-27992403(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATGTTGACGTGGCA
SmilChr07G003833 Chr07 NC_080393.1:47441949-47441963promoter 内 3949-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47442001-47445704(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATGTTGACGTGGCA
SmilChr07G000206 Chr07 NC_080393.1:1304763-1304777promoter 内 3947-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1304817-1308518(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATGTTGACGTGGCA
SmilChr05G004176 Chr05 NC_080391.1:55684062-55684076promoter 内 3925-3939 bp + 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55681295-55684000(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGGATTA
SmilChr02G000134 Chr02 NC_080388.1:1843470-1843484promoter 内 3793-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1840720-1843276(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTATGTCACGTGGCA
SmilChr04G001829 Chr04 NC_080390.1:29821174-29821188promoter 内 3752-3766 bp + 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 29818404-29820939(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCAGCTCG
SmilChr02G002642 Chr02 NC_080388.1:45829011-45829025promoter 内 3661-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45826543-45828685(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGATGACGTGGCG
SmilChr05G001208 Chr05 NC_080391.1:10170639-10170653promoter 内 2964-2978 bp - 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 10166825-10169616(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGAGGACACGTGGCG
SmilChr03G002843 Chr03 NC_080389.1:44974837-44974851promoter 内 2855-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 44971882-44973705(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGAGCTGACGTGGCG
SmilChr05G002188 Chr05 NC_080391.1:23377509-23377523promoter 内 2711-2725 bp + 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 23375027-23376233(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTCCTCA
SmilChr01G005062 Chr01 NC_080387.1:68527511-68527525promoter 内 2592-2606 bp - 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 68528920-68531209(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTACACC
SmilChr02G002661 Chr02 NC_080388.1:46082967-46082981promoter 内 2525-2539 bp + 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 46070906-46081505(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCACCCAG
SmilChr01G002714 Chr01 NC_080387.1:45400186-45400200promoter 内 2249-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45393416-45398448(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGTGACACGTGGCA
SmilChr01G003359 Chr01 NC_080387.1:52335366-52335380promoter 内 2052-2066 bp - 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 52325564-52333431(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGGGCCGACGTGGCG
SmilChr04G003112 Chr04 NC_080390.1:47682718-47682732promoter 内 2038-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47679646-47680769(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AAATCTCACGTGGCA
SmilChr01G000480 Chr01 NC_080387.1:9874835-9874849promoter 内 1930-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 9876906-9879740(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGAGCTGACGTGGCG
SmilChr05G001209 Chr05 NC_080391.1:10170639-10170653promoter 内 1588-1602 bp - 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 10173052-10178624(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTCCTCA
SmilChr08G002646 Chr08 NC_080394.1:25933150-25933164promoter 内 1571-1585 bp + 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25935580-25936688(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGTGACACGTGGCA
SmilChr02G000135 Chr02 NC_080388.1:1843470-1843484promoter 内 1399-1413 bp - 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1846072-1849597(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGACATAA
SmilChr05G001525 Chr05 NC_080391.1:13968766-13968780promoter 内 1114-1128 bp - 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 13962947-13965893(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGTGACACGTGGCA
SmilChr02G000079 Chr02 NC_080388.1:1039095-1039109promoter 内 986-1000 bp + 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1032482-1036094(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGACATAA
SmilChr01G004396 Chr01 NC_080387.1:62109148-62109162promoter 内 876-890 bp - 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 62112273-62113970(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCATCATG
SmilChr02G002643 Chr02 NC_080388.1:45829011-45829025promoter 内 844-858 bp - 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45832168-45832240(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCATCACC
SmilChr07G002254 Chr07 NC_080393.1:20718953-20718967promoter 内 759-773 bp - 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 20714064-20715725(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGTTGACACGTGGCA
SmilChr05G003894 Chr05 NC_080391.1:52686450-52686464promoter 内 689-703 bp - 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 52677033-52683152(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGTGACACGTGGCA
SmilChr05G002189 Chr05 NC_080391.1:23377509-23377523promoter 内 483-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 23381027-23383550(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGAGGACACGTGGCG
SmilChr08G003657 Chr08 NC_080394.1:40281019-40281033promoter 内 321-335 bp + 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 40284699-40299764(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGTGACACGTGGCA
SmilChr04G003509 Chr04 NC_080390.1:51469443-51469457promoter 内 149-163 bp + 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 51460539-51465605(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCAGCTCG
SmilChr04G000138 Chr04 NC_080390.1:1189630-1189644promoter 内 75-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1179164-1185718(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATATCCGACGTGGCA
SmilChr08G004846 Chr08 NC_080394.1:57701224-57701238promoter 内 3583-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 6 57701642-57703313(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTGTGCCACGTGGCG
SmilChr08G004883 Chr08 NC_080394.1:57911118-57911132promoter 内 3592-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 5 57911527-57913336(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTGTGCCACGTGGCG
SmilChr01G003505 Chr01 NC_080387.1:53630328-53630342promoter 内 3327-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 53631002-53633454(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTCCTGC
SmilChr01G003444 Chr01 NC_080387.1:53009898-53009912promoter 内 3217-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 53010682-53013283(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTCCTGC
SmilChr03G004704 Chr03 NC_080389.1:64333297-64333311promoter 内 3843-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 64333455-64336742(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCACATCC
SmilChr01G002067 Chr01 NC_080387.1:36525101-36525115promoter 内 3269-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 36522430-36524383(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTTCTGACGTGGCA
SmilChr03G000223 Chr03 NC_080389.1:2609725-2609739promoter 内 3147-3161 bp - 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 2610579-2611193(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGAGATAT
SmilChr03G004703 Chr03 NC_080389.1:64333297-64333311promoter 内 2998-3012 bp - 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 64328867-64332308(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGATGTGACGTGGCG
SmilChr05G000207 Chr05 NC_080391.1:1649591-1649605promoter 内 2779-2793 bp - 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 1645530-1648383(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGAGGACACGTGGCG
SmilChr02G003301 Chr02 NC_080388.1:54291966-54291980promoter 内 2632-2646 bp + 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 54286934-54290611(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGCAACA
SmilChr08G002909 Chr08 NC_080394.1:29058804-29058818promoter 内 2081-2095 bp + 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 29060724-29065552(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGGTTGACGTGGCA
SmilChr06G000855 Chr06 NC_080392.1:8096040-8096054promoter 内 1928-1942 bp - 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 8086665-8093981(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTAGTTGACGTGGCA