转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 120 / 142 下载 TSV

上一页 120 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001433 Chr07 NC_080393.1:11128069-11128083promoter 内 349-363 bp + 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11131721-11132873(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCAAGTG
SmilChr04G003962 Chr04 NC_080390.1:55124104-55124118promoter 内 291-305 bp - 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 55127814-55127886(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCGTTGGTAGGTATC
SmilChr04G000207 Chr04 NC_080390.1:1831651-1831665promoter 内 212-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1835440-1839166(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTACCTACCTATGC
SmilChr07G002061 Chr07 NC_080393.1:18744851-18744865promoter 内 204-218 bp - 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 18748648-18749553(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAATTAGTAGGTGGA
SmilChr08G004941 Chr08 NC_080394.1:58286538-58286552promoter 内 50-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58290489-58297084(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTACAAGTAGGTGAG
SmilChr02G004511 Chr02 NC_080388.1:67643801-67643815promoter 内 16-30 bp - 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67638530-67639830(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTTACA
SmilChr02G002041 Chr02 NC_080388.1:36744228-36744242promoter 内 3-17 bp + 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 3 36739942-36740244(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAAAAGTAGGTGAG
SmilChr08G002604 Chr08 NC_080394.1:25414515-25414529promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 25414572-25417512(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCTAC
SmilChr07G002197 Chr07 NC_080393.1:20198766-20198780promoter 内 3723-3737 bp + 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 20199044-20203799(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTATC
SmilChr02G002924 Chr02 NC_080388.1:49644600-49644614promoter 内 3497-3511 bp - 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 49645104-49649297(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTATT
SmilChr03G000503 Chr03 NC_080389.1:5420923-5420937promoter 内 2780-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 5422144-5426627(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATAACAACCACCAA
SmilChr01G000063 Chr01 NC_080387.1:1054651-1054665promoter 内 1039-1053 bp + 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 1048335-1051703(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCATGGTTAGGTGGT
SmilChr05G004033 Chr05 NC_080391.1:54306899-54306913promoter 内 735-749 bp + 3252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 54310165-54311880(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTCCCAACCACCAC
SmilChr07G000924 Chr07 NC_080393.1:6579156-6579170promoter 内 653-667 bp + 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 6582504-6582613(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTAGAAA
SmilChr01G000531 Chr01 NC_080387.1:10840696-10840710promoter 内 3954-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10837853-10840663(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCTAC
SmilChr01G000532 Chr01 NC_080387.1:10848406-10848420promoter 内 3954-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10845553-10848373(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCTAC
SmilChr03G000815 Chr03 NC_080389.1:9324249-9324263promoter 内 3944-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9321230-9324206(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCTAC
SmilChr03G000816 Chr03 NC_080389.1:9331788-9331802promoter 内 3944-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9328780-9331745(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCTAC
SmilChr03G000817 Chr03 NC_080389.1:9339327-9339341promoter 内 3944-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9336319-9339284(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCTAC
SmilChr08G002605 Chr08 NC_080394.1:25422054-25422068promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 25422111-25425051(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACTCCTAC
SmilChr02G001845 Chr02 NC_080388.1:33666853-33666867promoter 内 3938-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33663062-33666804(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAGAAGTAGGTGAA
SmilChr05G004267 Chr05 NC_080391.1:56456196-56456210promoter 内 3936-3950 bp - 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56456261-56459762(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGGGGCAGGTGGA
SmilChr02G002096 Chr02 NC_080388.1:37613502-37613516promoter 内 3923-3937 bp + 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 37613580-37615449(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTAGGGT
SmilChr03G000259 Chr03 NC_080389.1:3030138-3030152promoter 内 3920-3934 bp - 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3027048-3030071(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTCGATC
SmilChr07G002198 Chr07 NC_080393.1:20212020-20212034promoter 内 3919-3933 bp + 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20212102-20212920(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCTTTGA
SmilChr08G002221 Chr08 NC_080394.1:20212526-20212540promoter 内 3919-3933 bp - 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20212608-20213448(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGATAGTAGGTGTG
SmilChr02G004737 Chr02 NC_080388.1:69585536-69585550promoter 内 3881-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69585656-69585774(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCGTCT
SmilChr02G000283 Chr02 NC_080388.1:3626775-3626789promoter 内 3859-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3621862-3626647(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTATC
SmilChr01G005591 Chr01 NC_080387.1:72564645-72564659promoter 内 3849-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72563606-72564507(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTATC
SmilChr02G004806 Chr02 NC_080388.1:70230831-70230845promoter 内 3849-3863 bp + 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70225492-70230693(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTGGGTAGGTAAA
SmilChr05G002261 Chr05 NC_080391.1:24332198-24332212promoter 内 3826-3840 bp - 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 24330351-24332037(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTATT
SmilChr01G003833 Chr01 NC_080387.1:56655656-56655670promoter 内 3665-3679 bp - 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56655992-56661823(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAAAGTAGGTGAG
SmilChr08G002641 Chr08 NC_080394.1:25840359-25840373promoter 内 3662-3676 bp + 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 25840698-25868645(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACTGAACC
SmilChr07G004591 Chr07 NC_080393.1:58709326-58709340promoter 内 3656-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58707117-58708995(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACTTTACC
SmilChr01G000580 Chr01 NC_080387.1:12149953-12149967promoter 内 3654-3668 bp - 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12150300-12153417(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAGGAGTAGGTGTA
SmilChr08G001744 Chr08 NC_080394.1:14669896-14669910promoter 内 3651-3665 bp + 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 14670246-14678571(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACTGAACC
SmilChr06G002462 Chr06 NC_080392.1:35450277-35450291promoter 内 3577-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35450701-35452184(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACCGATT
SmilChr05G001265 Chr05 NC_080391.1:10784388-10784402promoter 内 3514-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10780478-10783915(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTATC
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SmilChr07G001484 Chr07 NC_080393.1:11682526-11682540promoter 内 3486-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11683041-11684845(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTATTTC
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SmilChr01G000341 Chr01 NC_080387.1:6956897-6956911promoter 内 3387-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6957511-6976830(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTATT
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SmilChr06G000236 Chr06 NC_080392.1:1581541-1581555promoter 内 3377-3391 bp - 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1582165-1585265(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAAAGTAGGTGAG
SmilChr01G004755 Chr01 NC_080387.1:65753061-65753075promoter 内 3369-3383 bp + 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65753693-65755291(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTGATTC
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SmilChr06G002778 Chr06 NC_080392.1:40465842-40465856promoter 内 3208-3222 bp + 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40466635-40469559(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCTGTGA
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SmilChr04G003298 Chr04 NC_080390.1:49699590-49699604promoter 内 3173-3187 bp - 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49700418-49706743(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACGGTAGGTATA