转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 120 / 121 下载 TSV

上一页 120 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000973 Chr01 NC_080387.1:20587091-20587105promoter 内 417-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20590675-20594808(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCATGGGATCTGAG
SmilChr02G002036 Chr02 NC_080388.1:36637879-36637893promoter 内 417-431 bp - 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36632453-36634309(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGAAGGAGATCTGAA
SmilChr01G003412 Chr01 NC_080387.1:52776141-52776155promoter 内 289-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52779853-52783945(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATACCGAATCTGAA
SmilChr05G000801 Chr05 NC_080391.1:6276665-6276679promoter 内 275-289 bp - 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6270958-6272953(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGATTAGATCTCTA
SmilChr03G004164 Chr03 NC_080389.1:60403723-60403737promoter 内 224-238 bp + 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60407500-60411093(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATATAGATCTCAC
SmilChr02G004748 Chr02 NC_080388.1:69693287-69693301promoter 内 212-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69684844-69689512(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCCAAATA
SmilChr02G000441 Chr02 NC_080388.1:5747490-5747504promoter 内 204-218 bp - 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5751287-5752318(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTCGTGCT
SmilChr05G000368 Chr05 NC_080391.1:2733527-2733541promoter 内 155-169 bp - 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2737373-2739173(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCGCCGG
SmilChr01G005216 Chr01 NC_080387.1:69758167-69758181promoter 内 151-165 bp + 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69753724-69754331(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTACAAAT
SmilChr01G002299 Chr01 NC_080387.1:39812776-39812790promoter 内 108-122 bp + 3879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39804836-39808897(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTATTTTT
SmilChr01G000286 Chr01 NC_080387.1:5644026-5644040promoter 内 100-114 bp - 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5636395-5640139(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATACCGAATCTGAA
SmilChr04G001913 Chr04 NC_080390.1:31229134-31229148promoter 内 58-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31223803-31225205(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAAGAGATCTGCA
SmilChr05G000738 Chr05 NC_080391.1:5632071-5632085promoter 内 52-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5627362-5628136(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGCCGTC
SmilChr03G003931 Chr03 NC_080389.1:58382735-58382749promoter 内 16-30 bp + 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58377911-58378764(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGCCAAC
SmilChr02G001792 Chr02 NC_080388.1:32677535-32677549promoter 内 1370-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 32680166-32682314(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGAAGTC
SmilChr01G004429 Chr01 NC_080387.1:62388299-62388313promoter 内 3960-3974 bp + 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 62388340-62389416(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCGTTAGATCTAAC
SmilChr02G003433 Chr02 NC_080388.1:55565153-55565167promoter 内 3896-3910 bp - 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 55565258-55566896(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTATATAA
SmilChr02G005052 Chr02 NC_080388.1:72231366-72231380promoter 内 3817-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 72231550-72238294(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGACCGAATCTGAA
SmilChr01G001629 Chr01 NC_080387.1:30359372-30359386promoter 内 3750-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 30359623-30362373(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTAAGATCTAGAAGA
SmilChr02G000254 Chr02 NC_080388.1:3270239-3270253promoter 内 3584-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 3267611-3269836(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTAGGCAGATCTGTT
SmilChr02G000510 Chr02 NC_080388.1:7046767-7046781promoter 内 3523-3537 bp - 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7047245-7048232(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCGGGATGA
SmilChr01G004416 Chr01 NC_080387.1:62304794-62304808promoter 内 3404-3418 bp + 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 62305391-62306368(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGGTTAGATCTGTA
SmilChr02G000857 Chr02 NC_080388.1:14639431-14639445promoter 内 3100-3114 bp - 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 14637642-14638544(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTCTAGATCCATG
SmilChr02G005173 Chr02 NC_080388.1:73036693-73036707promoter 内 3088-3102 bp + 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 73031943-73035794(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGCCCTC
SmilChr04G000532 Chr04 NC_080390.1:5884462-5884476promoter 内 2914-2928 bp - 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 5880920-5883389(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTGGGAGATCTGGG
SmilChr01G001378 Chr01 NC_080387.1:27152816-27152830promoter 内 2881-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 27147069-27151710(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCTAGATCGGTA
SmilChr02G005249 Chr02 NC_080388.1:73640004-73640018promoter 内 2712-2726 bp + 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 73641293-73644615(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAACTAGATCTTCG
SmilChr02G001890 Chr02 NC_080388.1:34189680-34189694promoter 内 2620-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 34191061-34193024(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTTCGATCTGAA
SmilChr05G001195 Chr05 NC_080391.1:10039600-10039614promoter 内 2581-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10041020-10043793(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCTCGAGATCTGGT
SmilChr02G000426 Chr02 NC_080388.1:5426901-5426915promoter 内 2512-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 5428390-5432739(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATATTAGATCTCCG
SmilChr04G001661 Chr04 NC_080390.1:27586811-27586825promoter 内 2405-2419 bp - 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 27588407-27589223(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTATTTTT
SmilChr01G003063 Chr01 NC_080387.1:49498828-49498842promoter 内 2366-2380 bp + 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 49500463-49501685(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTGGAGATCTGAT
SmilChr04G001387 Chr04 NC_080390.1:22539239-22539253promoter 内 2248-2262 bp + 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 22536700-22537500(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAAGT
SmilChr01G004810 Chr01 NC_080387.1:66305127-66305141promoter 内 2225-2239 bp - 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 66306903-66311350(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCAAGATCTAGTTGA
SmilChr02G001757 Chr02 NC_080388.1:32306900-32306914promoter 内 2198-2212 bp - 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 32308703-32310653(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGTATCA
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SmilChr02G004417 Chr02 NC_080388.1:66507130-66507144promoter 内 1735-1749 bp + 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 66509396-66512117(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCACCTAGATCTGCC
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