转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 122 / 135 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005576 Chr02 NC_080388.1:75619199-75619213promoter 内 3439-3453 bp - 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75619761-75623495(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGTTGTAG
SmilChr01G001696 Chr01 NC_080387.1:31228371-31228385promoter 内 3396-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31228976-31230418(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGGCCTTATCAAC
SmilChr01G005552 Chr01 NC_080387.1:72353071-72353085promoter 内 3334-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 72353738-72354907(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTCTGATTATCCTC
SmilChr01G001286 Chr01 NC_080387.1:25632825-25632839promoter 内 3264-3278 bp - 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25633562-25634590(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATATTT
SmilChr03G002318 Chr03 NC_080389.1:36536162-36536176promoter 内 3126-3140 bp - 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36537037-36545350(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAGATAG
SmilChr02G002973 Chr02 NC_080388.1:50271632-50271646promoter 内 3114-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 50267587-50270759(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGGATAAGCTGACG
SmilChr02G004447 Chr02 NC_080388.1:66824533-66824547promoter 内 3110-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 66816892-66823656(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATCTTAGA
SmilChr02G002371 Chr02 NC_080388.1:41519247-41519261promoter 内 2969-2983 bp + 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 41520279-41524958(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTCTGATTATCCTC
SmilChr01G001812 Chr01 NC_080387.1:33043945-33043959promoter 内 2954-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33044992-33053763(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAAGAA
SmilChr02G001933 Chr02 NC_080388.1:34745599-34745613promoter 内 2954-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34746646-34746781(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGCGGGA
SmilChr02G003774 Chr02 NC_080388.1:59437174-59437188promoter 内 2927-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59434046-59436114(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAATTTAT
SmilChr02G002894 Chr02 NC_080388.1:49220800-49220814promoter 内 2896-2910 bp - 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49221905-49222980(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAGCGATGAT
SmilChr03G001703 Chr03 NC_080389.1:22627976-22627990promoter 内 2870-2884 bp + 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22629107-22629454(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCACGTCTTATCCGT
SmilChr02G004387 Chr02 NC_080388.1:66238649-66238663promoter 内 2854-2868 bp - 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 66239796-66241119(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTGATTAGGTTAAG
SmilChr01G005859 Chr01 NC_080387.1:74519311-74519325promoter 内 2849-2863 bp + 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74514983-74518173(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAGGGTG
SmilChr03G001145 Chr03 NC_080389.1:13202270-13202284promoter 内 2743-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13203528-13208130(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTCTGATTATCCTC
SmilChr01G003970 Chr01 NC_080387.1:58144246-58144260promoter 内 2706-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58141071-58142965(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTCCCTTATCTCA
SmilChr03G001910 Chr03 NC_080389.1:26734230-26734244promoter 内 2667-2681 bp - 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26735564-26736589(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGCATCTC
SmilChr02G002745 Chr02 NC_080388.1:47435977-47435991promoter 内 2539-2553 bp - 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47433057-47434529(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGTGCCCTTATCTTA
SmilChr03G001281 Chr03 NC_080389.1:14990615-14990629promoter 内 2513-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14986288-14989141(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAGCCCTTATCCAG
SmilChr02G000083 Chr02 NC_080388.1:1093375-1093389promoter 内 2511-2525 bp - 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1094865-1096786(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGCAGCA
SmilChr03G002670 Chr03 NC_080389.1:42396195-42396209promoter 内 2467-2481 bp + 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42397729-42404320(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGACCCTTATCTCA
SmilChr03G001030 Chr03 NC_080389.1:12014902-12014916promoter 内 2452-2466 bp + 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12012932-12013367(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTGATTAGGTTAAG
SmilChr03G002541 Chr03 NC_080389.1:40573975-40573989promoter 内 2450-2464 bp - 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 40575526-40577406(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATATTT
SmilChr03G002684 Chr03 NC_080389.1:42633643-42633657promoter 内 2441-2455 bp + 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42635203-42639344(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGACCCTTATCTCA
SmilChr01G003579 Chr01 NC_080387.1:54367976-54367990promoter 内 2406-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54369571-54371350(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGCATCTC
SmilChr03G001816 Chr03 NC_080389.1:24834678-24834692promoter 内 2288-2302 bp + 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 24836391-24838682(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCTTTATTATCCTT
SmilChr02G003389 Chr02 NC_080388.1:55017010-55017024promoter 内 2235-2249 bp - 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55011354-55015258(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAATATATTATCCTT
SmilChr03G000697 Chr03 NC_080389.1:7778171-7778185promoter 内 2231-2245 bp + 1756 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7772687-7776415(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAATGATACC
SmilChr01G003874 Chr01 NC_080387.1:56999550-56999564promoter 内 2206-2220 bp + 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56991889-56997769(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGGATAAGAAGCCA
SmilChr02G004578 Chr02 NC_080388.1:68271773-68271787promoter 内 2196-2210 bp - 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68273578-68274918(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGACTCC
SmilChr01G002951 Chr01 NC_080387.1:48396657-48396671promoter 内 2138-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 48389141-48394808(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCACCCCTTATCTCC
SmilChr02G002448 Chr02 NC_080388.1:42711028-42711042promoter 内 2124-2138 bp + 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42700209-42709165(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCGGATAAGAATCTA
SmilChr01G003785 Chr01 NC_080387.1:56228121-56228135promoter 内 2120-2134 bp + 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56224761-56226254(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGGAAAA
SmilChr01G004105 Chr01 NC_080387.1:59554164-59554178promoter 内 2106-2120 bp - 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59556059-59559717(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATATTT
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