转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 123 / 136 下载 TSV

上一页 123 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003513 Chr05 NC_080391.1:46939636-46939646promoter 内 3418-3428 bp + 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 46940219-46950484(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCA
SmilChr08G002287 Chr08 NC_080394.1:21309877-21309887promoter 内 3385-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 21310493-21316379(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACTC
SmilChr08G003330 Chr08 NC_080394.1:34616131-34616141promoter 内 3305-3315 bp + 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34616827-34619291(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGGA
SmilChr02G001933 Chr02 NC_080388.1:34745916-34745926promoter 内 3271-3281 bp - 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34746646-34746781(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGAC
SmilChr08G004160 Chr08 NC_080394.1:50887459-50887469promoter 内 3252-3262 bp - 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 50888208-50888303(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGGC
SmilChr03G003250 Chr03 NC_080389.1:50385714-50385724promoter 内 3185-3195 bp - 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 50386530-50391791(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACTC
SmilChr02G003344 Chr02 NC_080388.1:54665428-54665438promoter 内 3165-3175 bp + 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54666264-54672497(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCATG
SmilChr03G003750 Chr03 NC_080389.1:56558804-56558814promoter 内 3111-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56552003-56557924(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGAT
SmilChr01G003289 Chr01 NC_080387.1:51591757-51591767promoter 内 3057-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51592701-51596225(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGTC
SmilChr07G001130 Chr07 NC_080393.1:8473972-8473982promoter 内 2883-2893 bp - 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 8469785-8472864(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGAT
SmilChr05G002408 Chr05 NC_080391.1:26593518-26593528promoter 内 2836-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 26590468-26592363(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCATG
SmilChr01G001170 Chr01 NC_080387.1:23796112-23796122promoter 内 2829-2839 bp + 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 23750700-23794950(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGGC
SmilChr07G003094 Chr07 NC_080393.1:32718226-32718236promoter 内 2824-2834 bp + 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 32719403-32720886(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGGA
SmilChr01G002966 Chr01 NC_080387.1:48555791-48555801promoter 内 2804-2814 bp + 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48552879-48554604(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATGCTGAGCT
SmilChr06G001375 Chr06 NC_080392.1:14419771-14419781promoter 内 2775-2785 bp - 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 14420997-14421891(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGGC
SmilChr05G002448 Chr05 NC_080391.1:27022850-27022860promoter 内 2657-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 27024194-27026251(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCATG
SmilChr07G000402 Chr07 NC_080393.1:2772250-2772260promoter 内 2457-2467 bp - 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 2773794-2775039(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATGCTGAGCT
SmilChr04G001411 Chr04 NC_080390.1:22965905-22965915promoter 内 2334-2344 bp - 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 22967572-22969579(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACTC
SmilChr05G001818 Chr05 NC_080391.1:18194954-18194964promoter 内 2311-2321 bp - 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18191762-18193274(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGAT
SmilChr02G003814 Chr02 NC_080388.1:59763297-59763307promoter 内 2226-2236 bp - 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 59759174-59761532(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCA
SmilChr05G000543 Chr05 NC_080391.1:4151812-4151822promoter 内 2218-2228 bp - 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4153595-4155410(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATGCTGAGCT
SmilChr02G003786 Chr02 NC_080388.1:59522550-59522560promoter 内 2178-2188 bp - 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 59518475-59520737(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCA
SmilChr03G001950 Chr03 NC_080389.1:27819403-27819413promoter 内 2019-2029 bp - 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 27821385-27823583(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACGCTGAGAC
SmilChr02G001094 Chr02 NC_080388.1:19739830-19739840promoter 内 1855-1865 bp - 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 19735577-19737694(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCA
SmilChr08G004715 Chr08 NC_080394.1:56565425-56565435promoter 内 1564-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56567862-56569413(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGGA
SmilChr01G001991 Chr01 NC_080387.1:35317701-35317711promoter 内 1543-1553 bp + 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 35320159-35325141(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCATG
SmilChr08G000205 Chr08 NC_080394.1:1395321-1395331promoter 内 1535-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1397787-1400058(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGTC
SmilChr04G000921 Chr04 NC_080390.1:12015197-12015207promoter 内 1445-1455 bp + 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 12009710-12012651(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGGC
SmilChr01G006175 Chr01 NC_080387.1:77263775-77263785promoter 内 1416-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 77258619-77261200(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCATG
SmilChr06G000279 Chr06 NC_080392.1:1930522-1930532promoter 内 1367-1377 bp + 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1927180-1927898(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGAG
SmilChr05G000655 Chr05 NC_080391.1:4933939-4933949promoter 内 1345-1355 bp - 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4936595-4938859(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGACTC
SmilChr03G004250 Chr03 NC_080389.1:60975276-60975286promoter 内 1330-1340 bp + 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 60977947-60980004(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCTCAGCGTC
SmilChr01G001174 Chr01 NC_080387.1:23796112-23796122promoter 内 1208-1218 bp + 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 23798905-23802993(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGAT
SmilChr08G004242 Chr08 NC_080394.1:51883957-51883967promoter 内 1143-1153 bp - 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51878234-51881109(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGGA
SmilChr07G004430 Chr07 NC_080393.1:56984962-56984972promoter 内 1094-1104 bp + 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56979132-56982065(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATGCTGAGCT
SmilChr04G003264 Chr04 NC_080390.1:49359426-49359436promoter 内 1066-1076 bp + 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49362361-49365000(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCATG
SmilChr08G000237 Chr08 NC_080394.1:1627268-1627278promoter 内 1061-1071 bp + 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1614341-1624338(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATGCTGAGCT
SmilChr01G005385 Chr01 NC_080387.1:71146448-71146458promoter 内 1013-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 71149436-71150275(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCATG
SmilChr03G001503 Chr03 NC_080389.1:18390442-18390452promoter 内 865-875 bp + 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18383325-18387316(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATGCTGAGCT
SmilChr05G002655 Chr05 NC_080391.1:30054844-30054854promoter 内 840-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30058005-30061354(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCATG
SmilChr04G002823 Chr04 NC_080390.1:44290747-44290757promoter 内 807-817 bp + 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 44293941-44295977(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCATG
SmilChr02G004036 Chr02 NC_080388.1:62655852-62655862promoter 内 730-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 62659123-62662197(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATGCTGAGCT
SmilChr08G000780 Chr08 NC_080394.1:5740019-5740029promoter 内 727-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5743293-5745794(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATGCTGAGCT
SmilChr03G000499 Chr03 NC_080389.1:5353304-5353314promoter 内 711-721 bp - 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5356594-5361218(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGGC
SmilChr05G002793 Chr05 NC_080391.1:32655173-32655183promoter 内 610-620 bp + 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 32647366-32651792(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGGC
SmilChr08G003331 Chr08 NC_080394.1:34616131-34616141promoter 内 473-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34619659-34620801(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGGA
SmilChr08G003829 Chr08 NC_080394.1:44611259-44611269promoter 内 188-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 44615072-44618062(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGGA
SmilChr08G004442 Chr08 NC_080394.1:54143224-54143234promoter 内 87-97 bp + 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54135920-54139320(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATGCTGAGCT
SmilChr03G000356 Chr03 NC_080389.1:3994224-3994234promoter 内 2936-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 3992108-3993169(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGTT
SmilChr06G002971 Chr06 NC_080392.1:42524599-42524609promoter 内 2302-2312 bp - 1689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 42526298-42530237(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAT