转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 123 / 138 下载 TSV

上一页 123 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004893 Chr02 NC_080388.1:70961281-70961293promoter 内 3742-3754 bp - 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70961540-70963494(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTAGTCAAAAAA
SmilChr01G003305 Chr01 NC_080387.1:51740195-51740207promoter 内 3735-3747 bp + 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51733164-51739941(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATAGTCAAATGT
SmilChr03G001499 Chr03 NC_080389.1:18324997-18325009promoter 内 3711-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18325287-18328025(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATAGTCAAATGT
SmilChr01G005681 Chr01 NC_080387.1:73078957-73078969promoter 内 3623-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73074860-73078591(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTAAGTCAACTAG
SmilChr01G001127 Chr01 NC_080387.1:22870749-22870761promoter 内 3600-3612 bp - 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22871150-22872813(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGGAGTCAACATT
SmilChr02G003700 Chr02 NC_080388.1:58464156-58464168promoter 内 3557-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58464600-58468207(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTGTTGACTCAT
SmilChr02G002926 Chr02 NC_080388.1:49665755-49665767promoter 内 3546-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49666210-49667026(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCATTGACTAAA
SmilChr02G005168 Chr02 NC_080388.1:73007024-73007036promoter 内 3500-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73007525-73013228(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTAGTCAATGTA
SmilChr02G002221 Chr02 NC_080388.1:39487969-39487981promoter 内 3446-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 39488524-39489384(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGAGTCAACTAC
SmilChr03G003466 Chr03 NC_080389.1:53122951-53122963promoter 内 3424-3436 bp - 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53119620-53122386(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAGTTGACTCTC
SmilChr03G001994 Chr03 NC_080389.1:29423675-29423687promoter 内 3411-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 29419250-29423097(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTATTTGACTATG
SmilChr02G004892 Chr02 NC_080388.1:70961281-70961293promoter 内 3325-3337 bp - 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70959676-70960617(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTTTTGACTAGT
SmilChr01G005629 Chr01 NC_080387.1:72741187-72741199promoter 内 3268-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72741920-72744555(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAAAAAT
SmilChr01G005628 Chr01 NC_080387.1:72741187-72741199promoter 内 3160-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72738344-72740358(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTTTTGACTAGA
SmilChr02G001782 Chr02 NC_080388.1:32608666-32608678promoter 内 3080-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32606308-32607757(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATAGTCAAATGT
SmilChr01G000198 Chr01 NC_080387.1:3391837-3391849promoter 内 3043-3055 bp - 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3392795-3394156(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGGAGTCAACATT
SmilChr02G005532 Chr02 NC_080388.1:75370957-75370969promoter 内 2969-2981 bp - 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75367749-75369937(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTTTTGACTATT
SmilChr01G000490 Chr01 NC_080387.1:9963004-9963016promoter 内 2953-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9959422-9961968(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTCCG
SmilChr03G001655 Chr03 NC_080389.1:21509235-21509247promoter 内 2936-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21505653-21508182(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTCCG
SmilChr01G001491 Chr01 NC_080387.1:28719970-28719982promoter 内 2932-2944 bp - 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 28721039-28721521(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCAGTCAACTTC
SmilChr03G002443 Chr03 NC_080389.1:38827810-38827822promoter 内 2917-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38828894-38831374(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTCCG
SmilChr03G002343 Chr03 NC_080389.1:36939794-36939806promoter 内 2916-2928 bp - 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36936490-36938721(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTCCG
SmilChr01G005501 Chr01 NC_080387.1:71890307-71890319promoter 内 2875-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71891433-71893414(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACATTTGACTAAT
SmilChr02G001262 Chr02 NC_080388.1:23124749-23124761promoter 内 2792-2804 bp - 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23125958-23126782(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAGAGTCAACTTA
SmilChr01G004863 Chr01 NC_080387.1:66764387-66764399promoter 内 2755-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 66765633-66772172(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCCTTGACTATT
SmilChr01G005266 Chr01 NC_080387.1:70116953-70116965promoter 内 2694-2706 bp + 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70118260-70118942(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCATTGACTATC
SmilChr03G000444 Chr03 NC_080389.1:4765370-4765382promoter 内 2653-2665 bp - 1336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4760496-4764034(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACATTTGACTAAT
SmilChr01G004862 Chr01 NC_080387.1:66764387-66764399promoter 内 2608-2620 bp + 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 66758287-66763006(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAGGGA
SmilChr02G002363 Chr02 NC_080388.1:41413972-41413984promoter 内 2575-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 41410794-41412558(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATAGTCAAATGT
SmilChr02G002927 Chr02 NC_080388.1:49665755-49665767promoter 内 2574-2586 bp + 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49667182-49668027(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCATTGACTAAA
SmilChr01G005576 Chr01 NC_080387.1:72501833-72501845promoter 内 2516-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72499456-72500360(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTTTTGACTAGT
SmilChr03G002010 Chr03 NC_080389.1:30025755-30025767promoter 内 2468-2480 bp - 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30019183-30024234(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTCCG
SmilChr01G001506 Chr01 NC_080387.1:28895066-28895078promoter 内 2465-2477 bp + 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 28891086-28893542(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTAGTCAAACTC
SmilChr02G001186 Chr02 NC_080388.1:21767798-21767810promoter 内 2462-2474 bp - 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21769337-21775497(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGGAGTCAACATT
SmilChr01G000294 Chr01 NC_080387.1:5755980-5755992promoter 内 2450-2462 bp + 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5751269-5754441(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTGAGTCAACAAT
SmilChr02G002609 Chr02 NC_080388.1:45267729-45267741promoter 内 2413-2425 bp - 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45269317-45270675(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATAGTCAAATGT
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