转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 126 / 153 下载 TSV

上一页 126 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005391 Chr01 NC_080387.1:71196895-71196904promoter 内 658-667 bp - 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71200238-71205838(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGTCCGACAG
SmilChr02G005179 Chr02 NC_080388.1:73090896-73090905promoter 内 653-662 bp - 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 73085208-73087557(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTAA
SmilChr02G004148 Chr02 NC_080388.1:63812377-63812386promoter 内 601-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 63804244-63808986(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGTCCGACAG
SmilChr02G000589 Chr02 NC_080388.1:8443197-8443206promoter 内 586-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8446612-8447289(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTACCGACAA
SmilChr04G000451 Chr04 NC_080390.1:4783037-4783046promoter 内 498-507 bp + 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4786540-4800066(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGACT
SmilChr03G004346 Chr03 NC_080389.1:61733155-61733164promoter 内 496-505 bp + 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 61736660-61739767(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTAA
SmilChr03G004312 Chr03 NC_080389.1:61500716-61500725promoter 内 466-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 61492284-61497190(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTACCGACAA
SmilChr04G000049 Chr04 NC_080390.1:442212-442221promoter 内 448-457 bp + 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 445765-452720(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTAA
SmilChr01G005867 Chr01 NC_080387.1:74610183-74610192promoter 内 416-425 bp + 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74613768-74614675(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGACT
SmilChr03G000099 Chr03 NC_080389.1:1105292-1105301promoter 内 310-319 bp + 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1100440-1101610(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 AGTCCGACAG
SmilChr02G000135 Chr02 NC_080388.1:1842361-1842370promoter 内 290-299 bp + 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1846072-1849597(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGACT
SmilChr01G000564 Chr01 NC_080387.1:11682359-11682368promoter 内 264-273 bp + 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 11677945-11678631(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTACCGACAA
SmilChr04G002048 Chr04 NC_080390.1:33209372-33209381promoter 内 197-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 33213176-33215473(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTAA
SmilChr04G001894 Chr04 NC_080390.1:30912036-30912045promoter 内 147-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 30915890-30924549(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTAA
SmilChr03G001391 Chr03 NC_080389.1:16505307-16505316promoter 内 141-150 bp - 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16499300-16501456(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTAA
SmilChr03G001455 Chr03 NC_080389.1:17383965-17383974promoter 内 87-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 17377904-17380060(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTACCGACAA
SmilChr04G000630 Chr04 NC_080390.1:7150346-7150355promoter 内 1845-1854 bp - 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 7152502-7153007(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GATCCGACAT
SmilChr04G001622 Chr04 NC_080390.1:26990638-26990647promoter 内 3890-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 26990749-26993464(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GATCCGACAT
SmilChr03G002532 Chr03 NC_080389.1:40379299-40379308promoter 内 3480-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 40379820-40380477(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATC
SmilChr03G003368 Chr03 NC_080389.1:52040887-52040896promoter 内 2724-2733 bp - 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 52034681-52039619(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATC
SmilChr04G000024 Chr04 NC_080390.1:262726-262735promoter 内 2679-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 264048-264836(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATC
SmilChr05G002282 Chr05 NC_080391.1:24554393-24554402promoter 内 2437-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 24542050-24552838(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATC
SmilChr01G003792 Chr01 NC_080387.1:56322259-56322268promoter 内 1684-1693 bp + 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 56324576-56332760(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATC
SmilChr01G000632 Chr01 NC_080387.1:14212236-14212245promoter 内 975-984 bp + 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 14206604-14209219(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GATCCGACAT
SmilChr03G002314 Chr03 NC_080389.1:36417612-36417621promoter 内 438-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 36410888-36414058(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GATCCGACAT
SmilChr03G002202 Chr03 NC_080389.1:34656948-34656957promoter 内 3853-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34657096-34658631(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGATA
SmilChr02G001608 Chr02 NC_080388.1:29946651-29946660promoter 内 3852-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29944973-29946511(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGATA
SmilChr02G000755 Chr02 NC_080388.1:12326132-12326141promoter 内 3792-3801 bp - 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 12304635-12325932(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGATA
SmilChr04G003097 Chr04 NC_080390.1:47579349-47579358promoter 内 3774-3783 bp + 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47577940-47579131(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GATCCGACAT
SmilChr02G000850 Chr02 NC_080388.1:14418818-14418827promoter 内 3759-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14419060-14422020(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GATCCGACAT
SmilChr04G000480 Chr04 NC_080390.1:5187032-5187041promoter 内 3749-3758 bp - 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5187284-5190588(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TATCCGACAG
SmilChr01G001109 Chr01 NC_080387.1:22713357-22713366promoter 内 3678-3687 bp + 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22710281-22713043(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GATCCGACAT
SmilChr03G001397 Chr03 NC_080389.1:16588896-16588905promoter 内 3561-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16589336-16595237(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATC
SmilChr02G002753 Chr02 NC_080388.1:47557292-47557301promoter 内 3560-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47556057-47556860(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATC
SmilChr03G001468 Chr03 NC_080389.1:17542696-17542705promoter 内 3537-3546 bp + 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 17543160-17547153(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATC
SmilChr02G002755 Chr02 NC_080388.1:47590027-47590036promoter 内 3522-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47590506-47591247(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGATC
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