转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 127 / 152 下载 TSV

上一页 127 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001699 Chr04 NC_080390.1:28087959-28087977promoter 内 525-543 bp - 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 28081286-28084501(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCCCCAACCAAAATAAT
SmilChr01G004126 Chr01 NC_080387.1:59753169-59753187promoter 内 495-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 59756675-59758001(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTAAGTTAGTTGGAACCT
SmilChr04G001598 Chr04 NC_080390.1:26633827-26633845promoter 内 440-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 26637388-26639694(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTGTTGTGGTTGCGGTTG
SmilChr02G005450 Chr02 NC_080388.1:74854939-74854957promoter 内 433-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 74848273-74851389(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGCATTGGTTGGCAGGT
SmilChr03G002075 Chr03 NC_080389.1:31722608-31722626promoter 内 432-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 31726177-31727992(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTTTTCAACCACCAGGAA
SmilChr02G003904 Chr02 NC_080388.1:61124175-61124193promoter 内 347-365 bp + 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61115982-61120539(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATTTAGTAGTTGGAAACA
SmilChr02G000344 Chr02 NC_080388.1:4498615-4498633promoter 内 317-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 4492434-4494949(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTACCGCCACCACCTCTCC
SmilChr02G004011 Chr02 NC_080388.1:62434221-62434239promoter 内 264-282 bp + 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 62428456-62430502(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATGTGTGGTTGAGATTG
SmilChr04G003147 Chr04 NC_080390.1:48104736-48104754promoter 内 238-256 bp - 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48108499-48108571(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCAAATTGGTTGGAAAAA
SmilChr05G000196 Chr05 NC_080391.1:1561156-1561174promoter 内 208-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1556281-1557381(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTATTGTGGTTGGATTTA
SmilChr01G005279 Chr01 NC_080387.1:70190846-70190864promoter 内 205-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70194642-70199710(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGTTGGTTGTTGGAATGT
SmilChr02G002924 Chr02 NC_080388.1:49641284-49641302promoter 内 181-199 bp - 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49645104-49649297(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCCAAGTGGTTGATAAGG
SmilChr01G002762 Chr01 NC_080387.1:46023651-46023669promoter 内 160-178 bp - 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 46027492-46030826(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGAGGTGGTGGCGGTAG
SmilChr05G000044 Chr05 NC_080391.1:220658-220676promoter 内 141-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 213308-216816(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATGAAGTGGTTGTGCACT
SmilChr01G002350 Chr01 NC_080387.1:40638629-40638647promoter 内 109-127 bp - 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 40642521-40642628(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATAAGTGGTTGTAAATC
SmilChr05G001004 Chr05 NC_080391.1:8219452-8219470promoter 内 103-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 8209457-8215572(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATCGAGTGGTTGAAAGTT
SmilChr05G000335 Chr05 NC_080391.1:2501398-2501416promoter 内 24-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 2496943-2497439(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAATGATGGTTGGGAACA
SmilChr04G003094 Chr04 NC_080390.1:47566481-47566499promoter 内 2793-2811 bp - 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 3 47567689-47567760(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGATTGTGGTTGAATTGA
SmilChr04G003095 Chr04 NC_080390.1:47566481-47566499promoter 内 2363-2381 bp - 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 3 47568119-47568918(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGATTGTGGTTGAATTGA
SmilChr04G001381 Chr04 NC_080390.1:22420306-22420324promoter 内 3462-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 22403394-22419785(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATCGCAACCACTCTCAG
SmilChr05G003184 Chr05 NC_080391.1:40752798-40752816promoter 内 1672-1690 bp - 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 40755127-40756006(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGGAGGTGGTGGGTGGAG
SmilChr05G002139 Chr05 NC_080391.1:22522127-22522145promoter 内 1544-1562 bp - 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 22524584-22528104(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACGATGTTGTTGGAAATG
SmilChr02G004950 Chr02 NC_080388.1:71441668-71441686promoter 内 1214-1232 bp + 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 71444455-71450469(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAAATCAACCACTTTCTA
SmilChr05G002745 Chr05 NC_080391.1:31613869-31613887promoter 内 872-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 31616998-31619627(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCTACCAACCACAACAGT
SmilChr02G005471 Chr02 NC_080388.1:74979584-74979602promoter 内 3978-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 74977964-74979579(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATCATCAACCACAAACTC
SmilChr03G002216 Chr03 NC_080389.1:34910140-34910158promoter 内 3972-3990 bp + 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34910169-34913099(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCAA
SmilChr02G001641 Chr02 NC_080388.1:30492230-30492248promoter 内 3970-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30492261-30495190(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCAA
SmilChr03G000102 Chr03 NC_080389.1:1136546-1136564promoter 内 3969-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1136578-1142278(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTTGGTGGTTGGTTACA
SmilChr02G000821 Chr02 NC_080388.1:13833719-13833737promoter 内 3946-3964 bp + 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13833774-13835877(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTACTCAACCACTGTGGA
SmilChr05G002292 Chr05 NC_080391.1:24759166-24759184promoter 内 3943-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 24759224-24762489(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCAA
SmilChr02G001842 Chr02 NC_080388.1:33618756-33618774promoter 内 3937-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 33615806-33618710(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCAA
SmilChr05G002073 Chr05 NC_080391.1:21624503-21624521promoter 内 3932-3950 bp - 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21624572-21626842(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAAGGATGGTTGGAAAAA
SmilChr02G003763 Chr02 NC_080388.1:59310224-59310242promoter 内 3916-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 59310309-59313153(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCAA
SmilChr04G000519 Chr04 NC_080390.1:5733182-5733200promoter 内 3916-3934 bp - 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5730233-5733115(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCAA
SmilChr05G002430 Chr05 NC_080391.1:26774538-26774556promoter 内 3916-3934 bp - 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26771574-26774471(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCAA
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