转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 129 / 136 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003944 Chr07 NC_080393.1:49821851-49821861promoter 内 2095-2105 bp + 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49811741-49819955(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr02G001225 Chr02 NC_080388.1:22523978-22523988promoter 内 2093-2103 bp + 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22525886-22527885(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCGG
SmilChr07G003657 Chr07 NC_080393.1:43595679-43595689promoter 内 1859-1869 bp + 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43592526-43593547(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr03G003614 Chr03 NC_080389.1:54805121-54805131promoter 内 1355-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54807767-54810284(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCTCAGCGTG
SmilChr02G003844 Chr02 NC_080388.1:60186429-60186439promoter 内 1152-1162 bp + 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60179763-60183590(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr08G003450 Chr08 NC_080394.1:36971407-36971417promoter 内 1145-1155 bp + 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36974263-36976436(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCGG
SmilChr01G005084 Chr01 NC_080387.1:68717933-68717943promoter 内 934-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 68721000-68722304(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGAT
SmilChr01G003392 Chr01 NC_080387.1:52647912-52647922promoter 内 864-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52644354-52644785(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTCCTGAGCC
SmilChr05G002037 Chr05 NC_080391.1:21196281-21196291promoter 内 695-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 21199587-21199659(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGTCCTGAGCC
SmilChr01G003799 Chr01 NC_080387.1:56376669-56376679promoter 内 584-594 bp - 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56370038-56373262(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGACG
SmilChr06G002244 Chr06 NC_080392.1:31810631-31810641promoter 内 575-585 bp - 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31814057-31814815(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr07G000576 Chr07 NC_080393.1:3913458-3913468promoter 内 521-531 bp + 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3916938-3920151(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCTCAGCGTG
SmilChr07G003147 Chr07 NC_080393.1:33375071-33375081promoter 内 367-377 bp - 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33370818-33371447(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCTCAGCGTG
SmilChr07G003128 Chr07 NC_080393.1:33193146-33193156promoter 内 345-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33188871-33189500(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCTCAGCGTG
SmilChr06G001003 Chr06 NC_080392.1:9941136-9941146promoter 内 337-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9925384-9937482(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCTTCAGCGCT
SmilChr06G001984 Chr06 NC_080392.1:25277038-25277048promoter 内 240-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25280799-25283122(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCTTCAGCGCT
SmilChr04G000457 Chr04 NC_080390.1:4850117-4850127promoter 内 216-226 bp - 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4843351-4846342(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGGCGG
SmilChr08G004965 Chr08 NC_080394.1:58446209-58446219promoter 内 149-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58450061-58458190(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGCCTGAGCC
SmilChr04G001506 Chr04 NC_080390.1:24805704-24805714promoter 内 628-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 24809077-24810843(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAA
SmilChr05G001606 Chr05 NC_080391.1:14803606-14803616promoter 内 3973-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14803634-14806804(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCTGAGCC
SmilChr08G000785 Chr08 NC_080394.1:5790791-5790801promoter 内 3968-3978 bp - 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 5789720-5790768(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TTCTCAGCGGC
SmilChr03G003909 Chr03 NC_080389.1:58183103-58183113promoter 内 3887-3897 bp - 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58174378-58182999(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr06G001674 Chr06 NC_080392.1:18997331-18997341promoter 内 3542-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18997790-18998995(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAA
SmilChr06G000362 Chr06 NC_080392.1:2767354-2767364promoter 内 3281-3291 bp - 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2768074-2768689(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCTGAGCC
SmilChr02G003319 Chr02 NC_080388.1:54456701-54456711promoter 内 3265-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54453435-54455975(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAA
SmilChr01G001928 Chr01 NC_080387.1:34452147-34452157promoter 内 3194-3204 bp - 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34449221-34451350(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCAGCGAC
SmilChr01G002184 Chr01 NC_080387.1:37966519-37966529promoter 内 3003-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37965046-37965531(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr08G003594 Chr08 NC_080394.1:38837859-38837869promoter 内 2405-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38834893-38836273(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr06G000365 Chr06 NC_080392.1:2783308-2783318promoter 内 2345-2355 bp + 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2784964-2796676(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr05G002116 Chr05 NC_080391.1:22220809-22220819promoter 内 2274-2284 bp - 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22222536-22224722(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGTG
SmilChr02G004616 Chr02 NC_080388.1:68679797-68679807promoter 内 2039-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 68672190-68677845(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr02G003318 Chr02 NC_080388.1:54456701-54456711promoter 内 1704-1714 bp + 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54453435-54454414(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAA
SmilChr03G004126 Chr03 NC_080389.1:60096734-60096744promoter 内 1638-1648 bp + 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 60099097-60101368(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TTCTCAGCGGC
SmilChr08G000506 Chr08 NC_080394.1:3699620-3699630promoter 内 1621-1631 bp - 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3702000-3704368(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGTG
SmilChr05G004350 Chr05 NC_080391.1:57107163-57107173promoter 内 1616-1626 bp - 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57109548-57113079(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAA
SmilChr08G002185 Chr08 NC_080394.1:19734752-19734762promoter 内 1591-1601 bp + 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19731133-19732352(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCTGAGCC
SmilChr03G003822 Chr03 NC_080389.1:57275514-57275524promoter 内 1517-1527 bp + 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57265123-57273040(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGTG
SmilChr08G001108 Chr08 NC_080394.1:8592577-8592587promoter 内 1339-1349 bp - 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8595239-8596898(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCTGAGCC
SmilChr03G002138 Chr03 NC_080389.1:33320072-33320082promoter 内 1296-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33314936-33317377(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr03G001190 Chr03 NC_080389.1:13704659-13704669promoter 内 1294-1304 bp - 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13699601-13701962(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr03G001189 Chr03 NC_080389.1:13693873-13693883promoter 内 1233-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13688763-13691115(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr02G004402 Chr02 NC_080388.1:66356372-66356382promoter 内 1222-1232 bp + 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 66353008-66353603(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCTCTGAGCC
SmilChr03G001476 Chr03 NC_080389.1:17756865-17756875promoter 内 1190-1200 bp + 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 17759676-17762201(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr01G000601 Chr01 NC_080387.1:13071367-13071377promoter 内 1137-1147 bp - 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13065988-13068513(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr01G000070 Chr01 NC_080387.1:1199890-1199900promoter 内 1126-1136 bp + 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1202765-1205423(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA
SmilChr03G002714 Chr03 NC_080389.1:43102831-43102841promoter 内 923-933 bp + 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43097783-43099763(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAA
SmilChr04G000634 Chr04 NC_080390.1:7208673-7208683promoter 内 699-709 bp + 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7202489-7205381(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGTG
SmilChr07G004525 Chr07 NC_080393.1:57903744-57903754promoter 内 641-651 bp - 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57907104-57908331(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAA
SmilChr02G000899 Chr02 NC_080388.1:15459842-15459852promoter 内 593-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15463250-15464429(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAA
SmilChr02G003422 Chr02 NC_080388.1:55435862-55435872promoter 内 593-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55428480-55432464(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGGA