转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 13 / 152 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002885 Chr03 NC_080389.1:45514985-45515003promoter 内 2119-2137 bp - 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 45516867-45517284(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGGTGGTGGTTGCGGTGG
SmilChr04G003000 Chr04 NC_080390.1:46406260-46406278promoter 内 1861-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 46401567-46404138(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCTCCCAACCACCGCAAA
SmilChr04G003001 Chr04 NC_080390.1:46406260-46406278promoter 内 1812-1830 bp - 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 46408449-46422261(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTGCGGTGGTTGGGAGGG
SmilChr04G003761 Chr04 NC_080390.1:53873283-53873301promoter 内 1636-1654 bp + 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 53869789-53870936(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTGTGGTGGTTGGAAATG
SmilChr02G000213 Chr02 NC_080388.1:2764248-2764266promoter 内 1430-1448 bp - 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 2766819-2771340(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGAAGGTGGTTGAGTTTT
SmilChr01G004280 Chr01 NC_080387.1:61028304-61028322promoter 内 1382-1400 bp + 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 61012454-61025703(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGAAGGTGGTTGGTGGGT
SmilChr04G002776 Chr04 NC_080390.1:43568473-43568491promoter 内 1275-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 43571199-43574763(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGATGTGGTTGGTGGCG
SmilChr05G001180 Chr05 NC_080391.1:9891398-9891416promoter 内 1222-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 9887357-9888637(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGATTGTGGTTGGGGAAG
SmilChr01G003597 Chr01 NC_080387.1:54518130-54518148promoter 内 1218-1236 bp - 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 54520913-54523342(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGATATGTGGTTGGGGAAT
SmilChr01G002613 Chr01 NC_080387.1:44399375-44399393promoter 内 1139-1157 bp - 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 44391884-44396531(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGCCCCAACCACCCTAAT
SmilChr03G002883 Chr03 NC_080389.1:45514985-45515003promoter 内 822-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 45511281-45511824(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCGCAACCACCACCGG
SmilChr04G001221 Chr04 NC_080390.1:19075849-19075867promoter 内 752-770 bp + 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 19071724-19072618(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGATGTGGTTGGTGGCG
SmilChr01G003162 Chr01 NC_080387.1:50424930-50424948promoter 内 733-751 bp + 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 50428198-50431024(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCATCTCAACCACCTTAAG
SmilChr03G000439 Chr03 NC_080389.1:4736605-4736623promoter 内 630-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4731406-4733252(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCACAACCACCTCACT
SmilChr05G000752 Chr05 NC_080391.1:5821366-5821384promoter 内 491-509 bp + 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 5824876-5825539(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTACCTCAACCACTTACCC
SmilChr02G001822 Chr02 NC_080388.1:33111083-33111101promoter 内 490-508 bp - 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 33104793-33107590(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATCGTCAACCACCTCTGT
SmilChr04G002986 Chr04 NC_080390.1:46274177-46274195promoter 内 487-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 46266040-46270681(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCACCAACCACATCCTC
SmilChr02G001258 Chr02 NC_080388.1:23086228-23086246promoter 内 393-411 bp - 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 23079644-23082638(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTACCTCAACCACTACAGC
SmilChr02G000212 Chr02 NC_080388.1:2764248-2764266promoter 内 152-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 2754567-2760417(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAACTCAACCACCTTCGC
SmilChr03G001629 Chr03 NC_080389.1:20988265-20988283promoter 内 4-22 bp - 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 20992262-20994544(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGAAGGTGGTTGGTGGGT
SmilChr04G001163 Chr04 NC_080390.1:17296955-17296973promoter 内 1-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 17290385-17292973(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTACCTCAACCACTACAGC
SmilChr01G004833 Chr01 NC_080387.1:66459001-66459019promoter 内 1171-1189 bp - 2812 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 6 66461831-66464241(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTGGTGGTTGAATCTG
SmilChr01G001867 Chr01 NC_080387.1:33670141-33670159promoter 内 1599-1617 bp + 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 5 33672543-33675933(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATCCTCAACCACCAATTC
SmilChr01G002272 Chr01 NC_080387.1:39490929-39490947promoter 内 2656-2674 bp - 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 39488234-39489602(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATCCTCAACCACCAATTC
SmilChr01G004544 Chr01 NC_080387.1:63587527-63587545promoter 内 1455-1473 bp + 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 63590073-63593410(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGATTCAACCACCACCTC
SmilChr01G001911 Chr01 NC_080387.1:34257774-34257792promoter 内 736-754 bp + 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 34261039-34264431(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATCCTCAACCACCAATTC
SmilChr05G000704 Chr05 NC_080391.1:5296835-5296853promoter 内 3801-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 5297035-5321242(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTCCAACTACCTCATA
SmilChr04G002095 Chr04 NC_080390.1:33781963-33781981promoter 内 2530-2548 bp - 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 33776798-33780510(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCTTCCAACCACTTTCTT
SmilChr05G002455 Chr05 NC_080391.1:27099731-27099749promoter 内 2484-2502 bp - 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 27101248-27108916(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGTGGTGGTTGACGGCG
SmilChr02G003807 Chr02 NC_080388.1:59688354-59688372promoter 内 2458-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 59689897-59692100(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGAATGGTGGTTGGAGGCC
SmilChr01G004858 Chr01 NC_080387.1:66745756-66745774promoter 内 2137-2155 bp + 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 66740836-66743910(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGAGGTGGTTGAGTGGA
SmilChr01G004859 Chr01 NC_080387.1:66745756-66745774promoter 内 2054-2072 bp + 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 66747703-66749896(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCACTCAACCACCTCATC
SmilChr01G005948 Chr01 NC_080387.1:75204697-75204715promoter 内 1479-1497 bp - 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 75207219-75208517(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAAAGGTGGTTGTGGACT
SmilChr03G002995 Chr03 NC_080389.1:46774497-46774515promoter 内 1011-1029 bp + 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 46767278-46771525(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGAGATGGTTGGGAAGG
SmilChr01G003976 Chr01 NC_080387.1:58203196-58203214promoter 内 677-695 bp + 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 58197199-58199890(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGAAGTGGTTGACGGTG
SmilChr04G002950 Chr04 NC_080390.1:45840295-45840313promoter 内 646-664 bp + 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 45833586-45836958(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGTTGGTGGTTGAAGGAT
SmilChr02G002299 Chr02 NC_080388.1:40580581-40580599promoter 内 3749-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40580833-40588306(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTCCCAACCACTACCAG
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SmilChr03G002815 Chr03 NC_080389.1:44619438-44619456promoter 内 3475-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 44612997-44618930(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGAAAGTAGTTGGAAATG
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SmilChr04G000774 Chr04 NC_080390.1:9499541-9499559promoter 内 943-961 bp - 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9494444-9496501(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTTTCAACCACCTACGC
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SmilChr03G000397 Chr03 NC_080389.1:4329479-4329497promoter 内 608-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 4325001-4326104(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCCCCCAACCACCCACTA
SmilChr03G000044 Chr03 NC_080389.1:495102-495120promoter 内 461-479 bp + 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 487964-491580(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGAAGTGGTTGAGTTTG