转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 13 / 142 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000896 Chr08 NC_080394.1:6640138-6640152promoter 内 140-154 bp + 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 6635253-6636291(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGGC
SmilChr04G001724 Chr04 NC_080390.1:28489507-28489521promoter 内 133-147 bp - 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 28493375-28494745(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGCGGTAGGTGGC
SmilChr07G004657 Chr07 NC_080393.1:59499062-59499076promoter 内 142-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 59493645-59495217(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCGTGGTAGGTGGC
SmilChr03G000911 Chr03 NC_080389.1:10432606-10432620promoter 内 3480-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 10433127-10435931(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCACCAA
SmilChr02G000458 Chr02 NC_080388.1:6122255-6122269promoter 内 2993-3007 bp - 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 6118977-6121261(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTCTCC
SmilChr05G000063 Chr05 NC_080391.1:304680-304694promoter 内 2958-2972 bp - 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 305723-310058(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCGTGGTAGGTGGC
SmilChr02G000825 Chr02 NC_080388.1:13952459-13952473promoter 内 2418-2432 bp + 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 13948074-13950890(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTAGTAGGTGGG
SmilChr08G003584 Chr08 NC_080394.1:38616242-38616256promoter 内 1783-1797 bp + 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 38618460-38631207(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr08G003586 Chr08 NC_080394.1:38631396-38631410promoter 内 1783-1797 bp + 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 38633614-38649024(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr04G000141 Chr04 NC_080390.1:1211255-1211269promoter 内 1363-1377 bp + 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 1205391-1208631(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGGTGGTGGGTGGT
SmilChr07G004329 Chr07 NC_080393.1:55863100-55863114promoter 内 776-790 bp + 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 55857972-55859889(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTAGGTAGA
SmilChr02G003998 Chr02 NC_080388.1:62313126-62313140promoter 内 315-329 bp - 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 62303822-62309454(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr01G003433 Chr01 NC_080387.1:52961544-52961558promoter 内 184-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 52954056-52957741(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTAGGTAGA
SmilChr08G003583 Chr08 NC_080394.1:38616242-38616256promoter 内 3773-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 38616470-38616997(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr08G003585 Chr08 NC_080394.1:38631396-38631410promoter 内 3773-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 38631624-38632151(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr01G001754 Chr01 NC_080387.1:32265109-32265123promoter 内 3753-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 32265357-32270789(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAGAGGTAGGTGGC
SmilChr07G003158 Chr07 NC_080393.1:33507408-33507422promoter 内 3438-3452 bp + 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 33507971-33508462(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCAGCTC
SmilChr06G001636 Chr06 NC_080392.1:18379192-18379206promoter 内 3433-3447 bp + 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 18379760-18387948(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCAACCACCAC
SmilChr01G000675 Chr01 NC_080387.1:14953104-14953118promoter 内 3369-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 14951533-14952486(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCAGCTC
SmilChr02G001378 Chr02 NC_080388.1:26061616-26061630promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 26062376-26064595(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCACCAA
SmilChr02G001323 Chr02 NC_080388.1:24573071-24573085promoter 内 3209-3223 bp + 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 24573863-24575193(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr02G003972 Chr02 NC_080388.1:61898568-61898582promoter 内 3107-3121 bp + 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 61899462-61904948(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACTACCACACA
SmilChr04G001576 Chr04 NC_080390.1:26184469-26184483promoter 内 2950-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 26181239-26183432(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTCTCC
SmilChr02G002382 Chr02 NC_080388.1:41727308-41727322promoter 内 2877-2891 bp - 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 41720892-41726198(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr07G004166 Chr07 NC_080393.1:53546986-53547000promoter 内 2803-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 53548184-53550449(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCGTGGTAGGTGGC
SmilChr07G004324 Chr07 NC_080393.1:55797379-55797393promoter 内 2726-2740 bp - 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 55795193-55796118(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCAACCACCACCAC
SmilChr02G005384 Chr02 NC_080388.1:74497451-74497465promoter 内 2546-2560 bp - 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 74494794-74496010(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCCCTA
SmilChr05G003907 Chr05 NC_080391.1:52811534-52811548promoter 内 2385-2399 bp - 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 52806271-52809932(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCACCCA
SmilChr05G003875 Chr05 NC_080391.1:52344188-52344202promoter 内 2261-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 52338812-52342462(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCACCCA
SmilChr08G004373 Chr08 NC_080394.1:53510042-53510056promoter 内 2110-2124 bp + 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 53504049-53508165(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGTTGGTAGGTGGC
SmilChr01G000596 Chr01 NC_080387.1:12973209-12973223promoter 内 2100-2114 bp + 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 12975110-12977951(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCAGCTC
SmilChr07G004557 Chr07 NC_080393.1:58305851-58305865promoter 内 2057-2071 bp - 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 58300178-58303921(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr05G003632 Chr05 NC_080391.1:48672011-48672025promoter 内 2020-2034 bp + 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 48673992-48676885(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr08G001541 Chr08 NC_080394.1:12589940-12589954promoter 内 1997-2011 bp + 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 12585512-12587950(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTAGTTGGC
SmilChr03G002814 Chr03 NC_080389.1:44603117-44603131promoter 内 1915-1929 bp + 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 44605203-44609089(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTCTCC
SmilChr06G002010 Chr06 NC_080392.1:25821196-25821210promoter 内 1703-1717 bp + 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 25818340-25818912(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTTGGTGTG
SmilChr07G004107 Chr07 NC_080393.1:52707331-52707345promoter 内 1550-1564 bp - 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 52699102-52704894(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr07G003374 Chr07 NC_080393.1:36423935-36423949promoter 内 1478-1492 bp - 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 36420969-36421426(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTCTCC
SmilChr08G002142 Chr08 NC_080394.1:19282818-19282832promoter 内 1336-1350 bp + 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 19285483-19288502(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr03G002912 Chr03 NC_080389.1:45869908-45869922promoter 内 1223-1237 bp - 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 45866385-45867144(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr08G001225 Chr08 NC_080394.1:9896581-9896595promoter 内 1051-1065 bp - 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 9892300-9893645(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr02G002827 Chr02 NC_080388.1:48377537-48377551promoter 内 1027-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 48367998-48374577(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTGTTAGGTGGA
SmilChr07G003101 Chr07 NC_080393.1:32838279-32838293promoter 内 944-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 32841336-32843269(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCGTGGTAGGTGGC
SmilChr07G001646 Chr07 NC_080393.1:13894970-13894984promoter 内 882-896 bp + 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 13888589-13891865(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCGTGGTAGGTGGC
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SmilChr02G002396 Chr02 NC_080388.1:41856706-41856720promoter 内 496-510 bp - 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 41860211-41863413(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGGTGTG
SmilChr01G003198 Chr01 NC_080387.1:50748842-50748856promoter 内 286-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 50752557-50757349(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCCTCCC
SmilChr01G001323 Chr01 NC_080387.1:26261430-26261444promoter 内 207-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 26265224-26266468(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCAACTACCACACC
SmilChr02G002392 Chr02 NC_080388.1:41836669-41836683promoter 内 153-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 41831477-41832835(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACGGC
SmilChr05G003877 Chr05 NC_080391.1:52344188-52344202promoter 内 117-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 52348072-52349376(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGTGGTAGGTGTA