转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 131 / 139 下载 TSV

上一页 131 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005307 Chr01 NC_080387.1:70325336-70325349promoter 内 2017-2030 bp - 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 70327320-70334092(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCAGCACCGTCACC
SmilChr03G002359 Chr03 NC_080389.1:37195533-37195546promoter 内 2002-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37197532-37199867(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCACCGTCTCC
SmilChr03G000260 Chr03 NC_080389.1:3044188-3044201promoter 内 2001-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3038683-3042201(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGTCACCGTCGCT
SmilChr02G001335 Chr02 NC_080388.1:24818743-24818756promoter 内 1988-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 24813733-24816743(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CATCCACCGCCATC
SmilChr05G000070 Chr05 NC_080391.1:351163-351176promoter 内 1962-1975 bp + 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 348181-349137(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTCCACCGGCTCC
SmilChr05G004275 Chr05 NC_080391.1:56557860-56557873promoter 内 1903-1916 bp + 2085 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56551739-56555775(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTAACACCGTCCAA
SmilChr04G003207 Chr04 NC_080390.1:48932824-48932837promoter 内 1868-1881 bp - 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48927984-48930704(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGACGGTGGGAG
SmilChr07G000463 Chr07 NC_080393.1:3268967-3268980promoter 内 1832-1845 bp - 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3263487-3266811(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGTGGCGGTGGAGG
SmilChr01G002575 Chr01 NC_080387.1:43886998-43887011promoter 内 1719-1732 bp - 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 43889280-43889404(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTAACGCCGTCCAA
SmilChr03G003435 Chr03 NC_080389.1:52708298-52708311promoter 内 1661-1674 bp - 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52704753-52705971(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGAGGT
SmilChr01G003721 Chr01 NC_080387.1:55531830-55531843promoter 内 1585-1598 bp + 2403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55534246-55537248(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGAGACGGTGGTGG
SmilChr04G003708 Chr04 NC_080390.1:53396875-53396888promoter 内 1583-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53399293-53401585(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGTGGCGGTGGAGG
SmilChr03G003977 Chr03 NC_080389.1:58792563-58792576promoter 内 1555-1568 bp - 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 58788338-58790130(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGACGGTGGGAG
SmilChr05G000755 Chr05 NC_080391.1:5846546-5846559promoter 内 1514-1527 bp + 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5842219-5844072(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCAACACCGTCAAT
SmilChr04G001593 Chr04 NC_080390.1:26547417-26547430promoter 内 1484-1497 bp + 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26520857-26544913(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGCCACCGTCGGC
SmilChr04G000820 Chr04 NC_080390.1:10302615-10302628promoter 内 1483-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 10305133-10305239(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGGACGGTGTTTG
SmilChr05G001424 Chr05 NC_080391.1:12916307-12916320promoter 内 1456-1469 bp - 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 12911891-12913775(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGGACGGTAGCGA
SmilChr02G000974 Chr02 NC_080388.1:17039046-17039059promoter 内 1453-1466 bp - 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17034660-17036511(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGAAT
SmilChr03G001708 Chr03 NC_080389.1:22726537-22726550promoter 内 1443-1456 bp + 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22715910-22723992(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTCCACCGCCGAC
SmilChr04G001589 Chr04 NC_080390.1:26450467-26450480promoter 内 1396-1409 bp + 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26434610-26447875(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGCCACCGTCGGC
SmilChr01G003136 Chr01 NC_080387.1:50156832-50156845promoter 内 1360-1373 bp + 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 50159473-50160376(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGCGACGGTGACGG
SmilChr02G005055 Chr02 NC_080388.1:72269815-72269828promoter 内 1360-1373 bp + 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 72259312-72267187(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTTT
SmilChr06G002315 Chr06 NC_080392.1:33414080-33414093promoter 内 1299-1312 bp - 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 33408187-33411391(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGCGAGCT
SmilChr07G001083 Chr07 NC_080393.1:7934318-7934331promoter 内 1242-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7928740-7931572(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GATGGCGGTGGAGT
SmilChr01G001552 Chr01 NC_080387.1:29513362-29513375promoter 内 1128-1141 bp + 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 29507698-29510502(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTATCTCCGTCCAT
SmilChr04G002109 Chr04 NC_080390.1:34078436-34078449promoter 内 1013-1026 bp - 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34074013-34075461(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGACGGTGGTTA
SmilChr01G002522 Chr01 NC_080387.1:43183959-43183972promoter 内 1010-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 43186950-43188398(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGACGGTGGTTA
SmilChr04G000483 Chr04 NC_080390.1:5229212-5229225promoter 内 959-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5220556-5226183(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CATGACGGTGGCCG
SmilChr01G004906 Chr01 NC_080387.1:67106845-67106858promoter 内 870-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 67109976-67110610(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGTGGCGGTGGAGG
SmilChr06G001308 Chr06 NC_080392.1:13592007-13592020promoter 内 840-853 bp + 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13586484-13588859(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTCCACCGGCACT
SmilChr01G001600 Chr01 NC_080387.1:30164638-30164651promoter 内 795-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30158031-30161445(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAAGACGGTGGTTG
SmilChr01G004053 Chr01 NC_080387.1:58972576-58972589promoter 内 742-755 bp - 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 58975835-58977641(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCTTT
SmilChr01G000057 Chr01 NC_080387.1:905292-905305promoter 内 722-735 bp + 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 901436-902026(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTGCCACCGTCGGC
SmilChr04G003832 Chr04 NC_080390.1:54377650-54377663promoter 内 616-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54381035-54383686(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGAAT
SmilChr04G001594 Chr04 NC_080390.1:26547417-26547430promoter 内 510-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26550908-26552602(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCCGACGGTGGCAG
SmilChr03G001558 Chr03 NC_080389.1:19657774-19657787promoter 内 373-386 bp - 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19644373-19654159(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCAGACGGTGGTGC
SmilChr02G001542 Chr02 NC_080388.1:28673151-28673164promoter 内 225-238 bp - 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28676927-28682190(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGCCACCGTCACC
SmilChr02G003454 Chr02 NC_080388.1:55821003-55821016promoter 内 208-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55824796-55826600(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCACCACCGTCGTT
SmilChr01G004904 Chr01 NC_080387.1:67106845-67106858promoter 内 206-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 67101257-67103063(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCACG
SmilChr04G002346 Chr04 NC_080390.1:37842709-37842722promoter 内 82-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37846628-37847842(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACTCCACCGCCATC
SmilChr06G000907 Chr06 NC_080392.1:8537083-8537096promoter 内 81-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8541003-8543813(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGAAT
SmilChr06G000435 Chr06 NC_080392.1:3573863-3573876promoter 内 33-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3566917-3569908(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGACCTCCGTCCAC
SmilChr04G002651 Chr04 NC_080390.1:41890312-41890325promoter 内 17-30 bp - 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41885763-41886341(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTGACGGTGCATG
SmilChr04G002554 Chr04 NC_080390.1:40835345-40835358promoter 内 2700-2713 bp + 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 40831681-40834057(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCCGAACCGTCCAC
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SmilChr02G001307 Chr02 NC_080388.1:24318597-24318610promoter 内 3960-3973 bp - 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 24318638-24321474(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCCTCACCGTCGCC
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SmilChr06G001141 Chr06 NC_080392.1:11483423-11483436promoter 内 3890-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11481547-11483325(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGTCCACCGCCAAA
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