转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 132 / 151 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001628 Chr04 NC_080390.1:27034346-27034358promoter 内 427-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 27037920-27040165(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCCAGTAGGTAAT
SmilChr02G000916 Chr02 NC_080388.1:15895055-15895067promoter 内 392-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15885038-15891458(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTGCCTACCTCG
SmilChr03G001754 Chr03 NC_080389.1:23818244-23818256promoter 内 391-403 bp - 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 23821854-23824307(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTTTTAGGTAAA
SmilChr04G001662 Chr04 NC_080390.1:27596960-27596972promoter 内 383-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 27592220-27593354(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTTTT
SmilChr02G002567 Chr02 NC_080388.1:44664944-44664956promoter 内 379-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44668566-44675433(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAACCTACCATC
SmilChr02G005083 Chr02 NC_080388.1:72455199-72455211promoter 内 313-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72458887-72460404(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAACCTACCCAT
SmilChr02G002904 Chr02 NC_080388.1:49360821-49360833promoter 内 312-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 49351633-49357144(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTAACTACCTTT
SmilChr01G003810 Chr01 NC_080387.1:56481174-56481186promoter 内 307-319 bp - 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56475330-56477492(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTATT
SmilChr02G000825 Chr02 NC_080388.1:13954625-13954637promoter 内 254-266 bp - 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13948074-13950890(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTATT
SmilChr01G003698 Chr01 NC_080387.1:55358342-55358354promoter 内 243-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55353220-55354596(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAATAGGTAAA
SmilChr02G000541 Chr02 NC_080388.1:7449191-7449203promoter 内 221-233 bp - 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 7452971-7461152(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAATAGGTAAA
SmilChr02G002954 Chr02 NC_080388.1:50078262-50078274promoter 内 216-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 50082047-50087555(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTAACTACCTTT
SmilChr01G000032 Chr01 NC_080387.1:554734-554746promoter 内 195-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 549504-550940(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACTTTG
SmilChr02G000685 Chr02 NC_080388.1:10823755-10823767promoter 内 195-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 10816903-10819961(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAATAGGTAAA
SmilChr02G002423 Chr02 NC_080388.1:42194443-42194455promoter 内 183-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42198261-42199616(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAAAAG
SmilChr03G004376 Chr03 NC_080389.1:61969153-61969165promoter 内 174-186 bp - 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 61963951-61965338(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACTTTG
SmilChr04G002768 Chr04 NC_080390.1:43437324-43437336promoter 内 171-183 bp - 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 43441154-43446940(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTTGTAGGTACA
SmilChr04G001283 Chr04 NC_080390.1:20438176-20438188promoter 内 121-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20442056-20445938(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAGGTAGGCGGC
SmilChr02G000918 Chr02 NC_080388.1:15895055-15895067promoter 内 103-115 bp - 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15898953-15902329(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGGTAGGCAGC
SmilChr03G003769 Chr03 NC_080389.1:56832569-56832581promoter 内 57-69 bp - 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56828167-56828637(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATGCG
SmilChr02G003978 Chr02 NC_080388.1:62032882-62032894promoter 内 48-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62036835-62048554(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTTTTAGGTAAA
SmilChr05G001642 Chr05 NC_080391.1:15370447-15370459promoter 内 33-45 bp - 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15374415-15379375(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTTTTAGGTAAA
SmilChr03G002012 Chr03 NC_080389.1:30071401-30071413promoter 内 31-43 bp - 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 30075371-30076000(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CACTTTAGGTAAA
SmilChr01G003858 Chr01 NC_080387.1:56855112-56855124promoter 内 2562-2574 bp + 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 56856551-56860208(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACATTA
SmilChr05G000525 Chr05 NC_080391.1:4034938-4034950promoter 内 1785-1797 bp - 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 4031826-4032734(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTGAT
SmilChr01G006095 Chr01 NC_080387.1:76424739-76424751promoter 内 1677-1689 bp + 2312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 76419834-76422427(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATAATAGGTAAG
SmilChr01G005264 Chr01 NC_080387.1:70104749-70104761promoter 内 1478-1490 bp - 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 70107272-70111578(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAAGTAGGTACT
SmilChr01G005281 Chr01 NC_080387.1:70201780-70201792promoter 内 1428-1440 bp - 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 70204353-70208629(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAAGTAGGTACT
SmilChr01G001177 Chr01 NC_080387.1:23821374-23821386promoter 内 559-571 bp + 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 23824816-23825470(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACAGTC
SmilChr01G005737 Chr01 NC_080387.1:73492499-73492511promoter 内 64-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 73496436-73501008(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATTATA
SmilChr02G000536 Chr02 NC_080388.1:7392190-7392202promoter 内 3954-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 7392237-7393374(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAACCTACCTAT
SmilChr02G000537 Chr02 NC_080388.1:7399746-7399758promoter 内 3954-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 7399793-7400930(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAACCTACCTAT
SmilChr02G000580 Chr02 NC_080388.1:8371858-8371870promoter 内 3902-3914 bp - 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8368791-8371771(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTGAT
SmilChr03G000378 Chr03 NC_080389.1:4229666-4229678promoter 内 3887-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4229780-4233095(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGTTTAGGTAAC
SmilChr03G004440 Chr03 NC_080389.1:62547555-62547567promoter 内 3860-3872 bp - 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 62547696-62559125(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAATAGGTAAG
SmilChr01G004091 Chr01 NC_080387.1:59350352-59350364promoter 内 3854-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59350499-59351367(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACAGTC
SmilChr04G002435 Chr04 NC_080390.1:39020629-39020641promoter 内 3818-3830 bp - 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 39018844-39020458(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACAGTC
SmilChr02G004500 Chr02 NC_080388.1:67504024-67504036promoter 内 3789-3801 bp - 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67504236-67504990(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GACAATAGGTAAG
SmilChr03G002780 Chr03 NC_080389.1:44233654-44233666promoter 内 3763-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44233892-44235338(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACAGTC
SmilChr02G003451 Chr02 NC_080388.1:55802150-55802162promoter 内 3722-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 55800901-55801883(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTGGGGAGGTAAA
SmilChr02G000496 Chr02 NC_080388.1:6832801-6832813promoter 内 3652-3664 bp - 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6833150-6833923(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAAAATAGGTAAG
SmilChr04G000888 Chr04 NC_080390.1:11392655-11392667promoter 内 3624-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11389885-11392290(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACTGTT
SmilChr04G000889 Chr04 NC_080390.1:11403121-11403133promoter 内 3624-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11400353-11402756(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACTGTT
SmilChr01G001654 Chr01 NC_080387.1:30605501-30605513promoter 内 3572-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 30601165-30605084(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTACCTACAATA
SmilChr04G002114 Chr04 NC_080390.1:34130208-34130220promoter 内 3530-3542 bp + 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 34130679-34133591(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCAAA
SmilChr05G000526 Chr05 NC_080391.1:4034938-4034950promoter 内 3523-3535 bp - 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4031826-4034472(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTGAT
SmilChr05G000529 Chr05 NC_080391.1:4061298-4061310promoter 内 3523-3535 bp - 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4058226-4060832(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTGAT
SmilChr01G000018 Chr01 NC_080387.1:373991-374003promoter 内 3406-3418 bp - 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 371113-373408(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTCAA
SmilChr01G003012 Chr01 NC_080387.1:49158448-49158460promoter 内 3399-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 49159050-49166685(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACCGAA
SmilChr01G005115 Chr01 NC_080387.1:68925571-68925583promoter 内 3333-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 68919466-68924915(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACCGAA