转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G003267; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00018221-RA_Salv SmilChr08G003267 MYB XP_057779249.1 MP00406 AAAAAATTAGGTAAA

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7839 个候选靶基因 第 134 / 157 下载 TSV

上一页 134 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr01G001697 Chr01 NC_080387.1:31264328-31264342promoter 内 1781-1795 bp - 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31258543-31262122(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACGAATTTAGGTATT
SmilChr01G004958 Chr01 NC_080387.1:67676345-67676359promoter 内 1776-1790 bp - 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67678570-67681247(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGTGCCTAATTTACC
SmilChr05G002762 Chr05 NC_080391.1:31962315-31962329promoter 内 1744-1758 bp + 2243 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31964572-31966382(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGTAAATTAGGCACT
SmilChr01G003929 Chr01 NC_080387.1:57565993-57566007promoter 内 1700-1714 bp - 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 57556138-57563706(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTGGAATTAGGTCAA
SmilChr01G004323 Chr01 NC_080387.1:61394309-61394323promoter 内 1670-1684 bp + 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61396640-61402054(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GAGATATTAGGTTTC
SmilChr05G001366 Chr05 NC_080391.1:12134740-12134754promoter 内 1620-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12137121-12139180(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATTATTTAGGTATG
SmilChr03G000487 Chr03 NC_080389.1:5192378-5192392promoter 内 1559-1573 bp + 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5194820-5202987(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTTAATTAGGTTGA
SmilChr02G005013 Chr02 NC_080388.1:71932751-71932765promoter 内 1518-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71921805-71930282(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCTGCCTAATTTGCA
SmilChr04G002802 Chr04 NC_080390.1:43934896-43934910promoter 内 1501-1515 bp + 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43925265-43932410(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CAAACCTAATTAAGT
SmilChr04G000571 Chr04 NC_080390.1:6369601-6369615promoter 内 1495-1509 bp + 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6372107-6373089(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTATATTTAGGTACA
SmilChr01G003374 Chr01 NC_080387.1:52439052-52439066promoter 内 1467-1481 bp - 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52441586-52443773(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTACCTAAATTCAG
SmilChr02G000476 Chr02 NC_080388.1:6551687-6551701promoter 内 1437-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6554251-6560125(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GATAAAGTAGGTAAT
SmilChr05G001365 Chr05 NC_080391.1:12134740-12134754promoter 内 1412-1426 bp + 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12131198-12132165(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATACCTAAATAATA
SmilChr02G003263 Chr02 NC_080388.1:53922730-53922744promoter 内 1349-1363 bp + 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53917226-53920092(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGTGCCTAATTTACC
SmilChr01G001913 Chr01 NC_080387.1:34273597-34273611promoter 内 1210-1224 bp - 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34267156-34270820(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAACAATTAGGTAAA
SmilChr02G001447 Chr02 NC_080388.1:27142835-27142849promoter 内 1095-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 27137826-27139943(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GATAAAGTAGGTAAT
SmilChr03G003732 Chr03 NC_080389.1:56352889-56352903promoter 内 1082-1096 bp - 2905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56355808-56360808(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCAACCTAATTAACA
SmilChr05G003939 Chr05 NC_080391.1:53161755-53161769promoter 内 1008-1022 bp - 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53157152-53158776(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATTATTTAGGTATG
SmilChr03G004741 Chr03 NC_080389.1:64545802-64545816promoter 内 1006-1020 bp + 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64539766-64542821(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATACCTAAAATATG
SmilChr03G003773 Chr03 NC_080389.1:56894821-56894835promoter 内 980-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56886100-56891814(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAAAAATTTGGTATT
SmilChr04G000588 Chr04 NC_080390.1:6562752-6562766promoter 内 945-959 bp + 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6550428-6559710(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACCACCTAATTAGTA
SmilChr02G003244 Chr02 NC_080388.1:53702942-53702956promoter 内 857-871 bp + 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53706086-53708424(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTAGATTAGGTATG
SmilChr02G002175 Chr02 NC_080388.1:38971849-38971863promoter 内 844-858 bp - 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38975006-38978265(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGAACCTAATAATTA
SmilChr01G003816 Chr01 NC_080387.1:56522840-56522854promoter 内 835-849 bp + 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56526006-56526977(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAAAAATTAGGCTGG
SmilChr01G001869 Chr01 NC_080387.1:33684644-33684658promoter 内 834-848 bp - 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33680262-33681491(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAACAATTAGGTAAA
SmilChr04G001328 Chr04 NC_080390.1:21434935-21434949promoter 内 830-844 bp + 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21422262-21431778(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CTGACCTAATCTATG
SmilChr04G004163 Chr04 NC_080390.1:56297332-56297346promoter 内 742-756 bp + 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56300591-56302912(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCAATTTTAGGTACA
SmilChr01G004010 Chr01 NC_080387.1:58510384-58510398promoter 内 715-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58513670-58514897(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGTGCCTAATTTACC
SmilChr01G003850 Chr01 NC_080387.1:56799878-56799892promoter 内 681-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56795583-56796572(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAAAAATTAGGCTGG
SmilChr02G000018 Chr02 NC_080388.1:140908-140922promoter 内 676-690 bp - 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 133440-137597(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GATAAAGTAGGTAAT
SmilChr02G005438 Chr02 NC_080388.1:74788159-74788173promoter 内 638-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74783142-74784810(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCTAAATTAGGTTGC
SmilChr02G003787 Chr02 NC_080388.1:59529273-59529287promoter 内 621-635 bp + 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59522829-59525907(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCCACCTAATAAAAC
SmilChr02G004599 Chr02 NC_080388.1:68518958-68518972promoter 内 621-635 bp - 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 68511315-68515592(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACTTAATTAGGTTCA
SmilChr02G001173 Chr02 NC_080388.1:21559035-21559049promoter 内 533-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21549114-21555581(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATTATTTAGGTATG
SmilChr03G002107 Chr03 NC_080389.1:32780962-32780976promoter 内 522-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32774926-32777497(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AACACCTAATTTGAG
SmilChr05G000697 Chr05 NC_080391.1:5267274-5267288promoter 内 493-507 bp - 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5263707-5263780(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTTAATTAGGTTGA
SmilChr01G003151 Chr01 NC_080387.1:50310162-50310176promoter 内 462-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50313701-50316532(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GCATTATTAGGTTAG
SmilChr05G001142 Chr05 NC_080391.1:9817102-9817116promoter 内 417-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9547274-9813532(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTGGCCTAATTAATT
SmilChr01G003211 Chr01 NC_080387.1:50888918-50888932promoter 内 391-405 bp + 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50882790-50885322(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CAAACCTAATAATTA
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SmilChr02G002259 Chr02 NC_080388.1:40028935-40028949promoter 内 346-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40022937-40025294(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATACCTAAATATAA
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SmilChr01G006012 Chr01 NC_080387.1:75694501-75694515promoter 内 201-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75698301-75699155(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AATGTATTAGGTATT
SmilChr04G003222 Chr04 NC_080390.1:49038019-49038033promoter 内 175-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49030494-49034207(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTGCCTAATTATCA
SmilChr04G003397 Chr04 NC_080390.1:50506319-50506333promoter 内 165-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50510155-50510932(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AATACCTAAAATTTG
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