转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 135 / 152 下载 TSV

上一页 135 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000271 Chr07 NC_080393.1:1747632-1747646promoter 内 823-837 bp - 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1750810-1751922(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGTCCGTCGGTGATT
SmilChr08G003139 Chr08 NC_080394.1:31797257-31797271promoter 内 744-758 bp - 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 31800514-31802124(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATAACGTCGGTGATT
SmilChr03G003532 Chr03 NC_080389.1:53922846-53922860promoter 内 694-708 bp - 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53918860-53919553(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTCCACCGCCGAATT
SmilChr07G004577 Chr07 NC_080393.1:58558206-58558220promoter 内 680-694 bp - 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 58554300-58554899(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGGCACCGACGTTTA
SmilChr07G003278 Chr07 NC_080393.1:34517978-34517992promoter 内 664-678 bp - 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34521315-34523091(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGGAGTCGGTGCAG
SmilChr06G002979 Chr06 NC_080392.1:42608145-42608159promoter 内 514-528 bp + 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 42611632-42614009(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGAACCGACAATTC
SmilChr06G000214 Chr06 NC_080392.1:1427623-1427637promoter 内 469-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1431155-1434387(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCTCCGACAACCC
SmilChr07G004114 Chr07 NC_080393.1:52822249-52822263promoter 内 469-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 52825781-52828448(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGTTACCGACAGCAT
SmilChr01G004593 Chr01 NC_080387.1:63929693-63929707promoter 内 388-402 bp + 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 63923355-63926094(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCGGAGGCGGTGGAG
SmilChr05G003725 Chr05 NC_080391.1:50344344-50344358promoter 内 370-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 50347975-50352669(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATCACCGACTCCAT
SmilChr04G004122 Chr04 NC_080390.1:56076365-56076379promoter 内 361-375 bp + 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56080005-56083512(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCACCGACCCCAA
SmilChr03G002045 Chr03 NC_080389.1:30967561-30967575promoter 内 345-359 bp + 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30960883-30963919(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CAGGTGTCGGTCACC
SmilChr06G002410 Chr06 NC_080392.1:34850371-34850385promoter 内 336-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 34845670-34846720(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGGTCGTCGGTGTCA
SmilChr07G004011 Chr07 NC_080393.1:51152885-51152899promoter 内 310-324 bp + 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51146299-51149208(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTTGGGTCGGTGGTG
SmilChr01G001019 Chr01 NC_080387.1:21356264-21356278promoter 内 283-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 21359982-21363226(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGCACCGACTACAC
SmilChr02G003188 Chr02 NC_080388.1:53040175-53040189promoter 内 249-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53043927-53044668(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATTTTGTCGGCTGAC
SmilChr01G002298 Chr01 NC_080387.1:39794552-39794566promoter 内 217-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 39798336-39800288(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGGAGACGGTGGAG
SmilChr01G003568 Chr01 NC_080387.1:54249420-54249434promoter 内 73-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 54253348-54255051(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGGAGCCGACAACGC
SmilChr08G002247 Chr08 NC_080394.1:20689805-20689819promoter 内 71-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 20684800-20685889(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCTTAGTCGGTGGAC
SmilChr08G002715 Chr08 NC_080394.1:26732973-26732987promoter 内 37-51 bp - 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 26736937-26737008(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATTTGTCGGCTCAG
SmilChr06G000973 Chr06 NC_080392.1:9434565-9434579promoter 内 3868-3882 bp + 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 9434698-9437266(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AAACACCGACGGAGG
SmilChr04G001894 Chr04 NC_080390.1:30914390-30914404promoter 内 2501-2515 bp - 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 30915890-30924549(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTAGTGTCGGTTCGG
SmilChr03G000987 Chr03 NC_080389.1:11177983-11177997promoter 内 474-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 11181510-11189568(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCTCATC
SmilChr05G002913 Chr05 NC_080391.1:35082303-35082317promoter 内 276-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 35086028-35088092(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCTCTTC
SmilChr02G004185 Chr02 NC_080388.1:64178424-64178438promoter 内 3946-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64178479-64179812(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CAGTTGTCGGTAAAT
SmilChr02G000291 Chr02 NC_080388.1:3697961-3697975promoter 内 3945-3959 bp + 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3698017-3723614(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCGGCCGACAAGAG
SmilChr04G003136 Chr04 NC_080390.1:47953992-47954006promoter 内 3931-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 47951279-47953936(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TAAAAGTCGGTGGAG
SmilChr08G003108 Chr08 NC_080394.1:31327886-31327900promoter 内 3921-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 31325721-31327820(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AATTTGTCGGTAACA
SmilChr04G000079 Chr04 NC_080390.1:718672-718686promoter 内 3892-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 718781-719961(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTGGAGTCGGTGTAG
SmilChr07G003422 Chr07 NC_080393.1:37389034-37389048promoter 内 3708-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37388165-37388755(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGTTGGTCGGTGGGG
SmilChr06G002644 Chr06 NC_080392.1:38221232-38221246promoter 内 3691-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 38216960-38220936(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGAAAGTCGGTGGAG
SmilChr01G004149 Chr01 NC_080387.1:60023701-60023715promoter 内 3682-3696 bp + 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60016671-60023396(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAAGGGTCGGTGGCT
SmilChr05G001803 Chr05 NC_080391.1:17814287-17814301promoter 内 3673-3687 bp + 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17814615-17816936(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCCACCGACCGATC
SmilChr02G000517 Chr02 NC_080388.1:7145698-7145712promoter 内 3559-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7143063-7145270(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACTTGTCGGCAATG
SmilChr04G003171 Chr04 NC_080390.1:48343937-48343951promoter 内 3559-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48342003-48343509(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGATCGTCGGTGCGT
SmilChr02G004726 Chr02 NC_080388.1:69505427-69505441promoter 内 3521-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 69505907-69508790(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTTCACCGACTCCCT
SmilChr05G003233 Chr05 NC_080391.1:41486918-41486932promoter 内 3508-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41487411-41488971(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATGAGGCGGTGGAG
SmilChr01G003036 Chr01 NC_080387.1:49373682-49373696promoter 内 3494-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49374189-49376325(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCACCGACCTAGC
SmilChr04G003044 Chr04 NC_080390.1:46975223-46975237promoter 内 3456-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 46975768-46977181(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGATCGTCGGTGCGT
SmilChr01G002419 Chr01 NC_080387.1:41629759-41629773promoter 内 3427-3441 bp - 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41630333-41631071(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGATCGTCGGTGCAC
SmilChr05G003040 Chr05 NC_080391.1:38152910-38152924promoter 内 3423-3437 bp + 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 38142178-38152346(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGATCGTCGGTGCGT
SmilChr05G003803 Chr05 NC_080391.1:51353813-51353827promoter 内 3420-3434 bp - 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51354394-51354967(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGGTGTCGGTTATT
SmilChr08G000064 Chr08 NC_080394.1:371112-371126promoter 内 3400-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 368394-370525(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TACAACCGACAATAT
SmilChr03G004423 Chr03 NC_080389.1:62397255-62397269promoter 内 3340-3354 bp - 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 62394783-62396608(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCACACCGACATCCA
SmilChr01G005058 Chr01 NC_080387.1:68496536-68496550promoter 内 3282-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 68497255-68498694(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGATACCGACACTGA
SmilChr05G003421 Chr05 NC_080391.1:45449882-45449896promoter 内 3219-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 45450664-45460402(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AAACGCCGACAATCT
SmilChr03G000214 Chr03 NC_080389.1:2500801-2500815promoter 内 3212-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2496980-2500026(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGCTTGTCGGTAAAG
SmilChr04G001197 Chr04 NC_080390.1:18321119-18321133promoter 内 3198-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 18321922-18328541(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTCTTGTCGGCCATG
SmilChr07G000430 Chr07 NC_080393.1:3002443-3002457promoter 内 3176-3190 bp + 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2997062-3001632(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TAGACGTCGGTGATT
SmilChr06G001294 Chr06 NC_080392.1:13483135-13483149promoter 内 3151-3165 bp + 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13481016-13482299(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATATTGTCGGTTGTA