转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 137 / 140 下载 TSV

上一页 137 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002190 Chr02 NC_080388.1:39085775-39085789promoter 内 1207-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39088569-39089832(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTGATTAGGTATAA
SmilChr03G003492 Chr03 NC_080389.1:53492325-53492339promoter 内 1157-1171 bp - 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53484523-53489495(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTATTAGGTATGA
SmilChr02G002783 Chr02 NC_080388.1:47914714-47914728promoter 内 1045-1059 bp - 2942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47911401-47911772(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCAAATTAGGTATTA
SmilChr02G004543 Chr02 NC_080388.1:67987005-67987019promoter 内 1023-1037 bp - 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67989983-67994776(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATGCAACAAATTTTT
SmilChr02G004891 Chr02 NC_080388.1:70961637-70961651promoter 内 963-977 bp + 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70957290-70958613(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTAAACTAATTTAT
SmilChr03G001224 Chr03 NC_080389.1:14130921-14130935promoter 内 957-971 bp + 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14127820-14127891(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCGACTTCAA
SmilChr02G002118 Chr02 NC_080388.1:37923015-37923029promoter 内 901-915 bp + 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37918720-37919929(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCCAACCATC
SmilChr01G003510 Chr01 NC_080387.1:53685614-53685628promoter 内 835-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53688780-53692422(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATTACCTAATTGCA
SmilChr01G003509 Chr01 NC_080387.1:53685614-53685628promoter 内 731-745 bp - 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53674858-53682358(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCAATTAGGTAATC
SmilChr02G005130 Chr02 NC_080388.1:72765129-72765143promoter 内 629-643 bp + 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72768501-72771813(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCAAATTAGTTCAAT
SmilChr02G003571 Chr02 NC_080388.1:56870208-56870222promoter 内 625-639 bp + 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56873584-56873690(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTAATTAGGTCTGG
SmilChr01G001046 Chr01 NC_080387.1:21733746-21733760promoter 内 601-615 bp + 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21720347-21730360(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAAAATAA
SmilChr02G005100 Chr02 NC_080388.1:72545047-72545061promoter 内 576-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72548472-72550760(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGTTTTAGGTGGTG
SmilChr01G004244 Chr01 NC_080387.1:60745933-60745947promoter 内 575-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60741336-60742521(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTATATTAGGTAGTG
SmilChr01G004790 Chr01 NC_080387.1:66117011-66117025promoter 内 513-527 bp - 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66120499-66122980(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAAAATAG
SmilChr02G004692 Chr02 NC_080388.1:69267424-69267438promoter 内 426-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69270999-69273246(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCATCTTAGGTGGCA
SmilChr01G005073 Chr01 NC_080387.1:68600838-68600852promoter 内 392-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68604447-68611572(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTAGTTAGGTGTTT
SmilChr01G004809 Chr01 NC_080387.1:66291727-66291741promoter 内 388-402 bp - 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66295340-66297444(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGGCACCTAATCATG
SmilChr02G003340 Chr02 NC_080388.1:54619254-54619268promoter 内 294-308 bp + 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54613186-54615561(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAACTAGAG
SmilChr01G003023 Chr01 NC_080387.1:49284918-49284932promoter 内 283-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49276093-49281214(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCGAACCTAATTAAT
SmilChr01G002406 Chr01 NC_080387.1:41420424-41420438promoter 内 255-269 bp - 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41413989-41416692(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTTGTTACAA
SmilChr02G003625 Chr02 NC_080388.1:57575656-57575670promoter 内 234-248 bp - 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57570021-57571903(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGGGCTTAGGTGGAA
SmilChr01G002173 Chr01 NC_080387.1:37818415-37818429promoter 内 151-165 bp + 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37813497-37814579(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATGTAT
SmilChr03G002090 Chr03 NC_080389.1:32190591-32190605promoter 内 85-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32184231-32186689(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAAAATAG
SmilChr01G000789 Chr01 NC_080387.1:17180951-17180965promoter 内 80-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17175442-17177044(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAAGTTGG
SmilChr01G001955 Chr01 NC_080387.1:34799902-34799916promoter 内 60-74 bp - 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34795571-34795975(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTAGTTATGT
SmilChr02G005427 Chr02 NC_080388.1:74724139-74724153promoter 内 3961-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 74724179-74724652(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCATTAGGTGAAA
SmilChr01G004409 Chr01 NC_080387.1:62185696-62185710promoter 内 3957-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62185740-62186561(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATAACCTAATTAAT
SmilChr02G002789 Chr02 NC_080388.1:47954199-47954213promoter 内 3957-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47946256-47954169(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCACACCTAAAAATT
SmilChr01G003684 Chr01 NC_080387.1:55230932-55230946promoter 内 3863-3877 bp - 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55231070-55233619(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAAATGGC
SmilChr01G005472 Chr01 NC_080387.1:71697519-71697533promoter 内 3860-3874 bp + 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71697660-71701511(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAATCTTAGGTGAGT
SmilChr03G003418 Chr03 NC_080389.1:52527093-52527107promoter 内 3812-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52527282-52529094(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATGACCTAATTATT
SmilChr03G003462 Chr03 NC_080389.1:53032471-53032485promoter 内 3725-3739 bp - 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53032747-53036264(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAAACTAATTTTT
SmilChr01G004622 Chr01 NC_080387.1:64246658-64246672promoter 内 3672-3686 bp + 315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 64246987-64247791(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAATTAGTTTGGG
SmilChr03G003546 Chr03 NC_080389.1:54100353-54100367promoter 内 3600-3614 bp + 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54095789-54099966(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAAATGGC
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