转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 139 / 164 下载 TSV

上一页 139 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G000666 Chr04 NC_080390.1:7542157-7542171promoter 内 206-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7532110-7538376(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAACAGTAGGTGGG
SmilChr01G000769 Chr01 NC_080387.1:16819126-16819140promoter 内 204-218 bp - 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16822923-16823270(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGACCTACCATCTG
SmilChr03G004492 Chr03 NC_080389.1:63038613-63038627promoter 内 196-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63034100-63034822(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCTGGGTAGGTGCT
SmilChr08G001233 Chr08 NC_080394.1:9901183-9901197promoter 内 123-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9905061-9905132(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGATTGGTAGTTATG
SmilChr02G001627 Chr02 NC_080388.1:30230094-30230108promoter 内 58-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30215940-30226165(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTAAAGTAGGTGTA
SmilChr01G001778 Chr01 NC_080387.1:32662719-32662733promoter 内 48-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32666672-32668220(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAAACTACCAACCA
SmilChr05G004118 Chr05 NC_080391.1:55095613-55095627promoter 内 34-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55099580-55102960(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTAAAGTAGGTGTA
SmilChr02G005058 Chr02 NC_080388.1:72282164-72282178promoter 内 7-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72286158-72286228(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATTGGTAGTTAAA
SmilChr05G003939 Chr05 NC_080391.1:53159968-53159982promoter 内 2795-2809 bp - 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 53157152-53158776(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTTGGTAGTTTAG
SmilChr04G001608 Chr04 NC_080390.1:26776691-26776705promoter 内 1892-1906 bp - 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 26771724-26774596(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGTTAAA
SmilChr02G003452 Chr02 NC_080388.1:55805607-55805621promoter 内 3984-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55802597-55805604(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCTTCC
SmilChr02G003453 Chr02 NC_080388.1:55811132-55811146promoter 内 3984-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55808122-55811129(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCTTCC
SmilChr07G004553 Chr07 NC_080393.1:58261796-58261810promoter 内 3980-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 58261817-58266994(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCTTCC
SmilChr07G004554 Chr07 NC_080393.1:58267420-58267434promoter 内 3980-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 58267441-58270567(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCTTCC
SmilChr02G000938 Chr02 NC_080388.1:16367525-16367539promoter 内 3979-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 16358836-16367517(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCTTCC
SmilChr05G004364 Chr05 NC_080391.1:57191142-57191156promoter 内 3954-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57191189-57194439(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCTTCC
SmilChr04G003102 Chr04 NC_080390.1:47606681-47606695promoter 内 3925-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47606548-47606619(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAGGGTAGGTAAT
SmilChr07G000264 Chr07 NC_080393.1:1720312-1720326promoter 内 3903-3917 bp - 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1712569-1720228(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCCAGGTAGGTTAA
SmilChr07G000266 Chr07 NC_080393.1:1720312-1720326promoter 内 3891-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1720422-1724001(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCTGGCC
SmilChr01G000741 Chr01 NC_080387.1:16421739-16421753promoter 内 3817-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 16421923-16422717(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAACCTACCATACT
SmilChr04G001585 Chr04 NC_080390.1:26342320-26342334promoter 内 3814-3828 bp - 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26342507-26355706(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCACCTACTCGACC
SmilChr01G003778 Chr01 NC_080387.1:56178335-56178349promoter 内 3765-3779 bp + 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56177508-56178113(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAAACAACCAACTA
SmilChr03G004214 Chr03 NC_080389.1:60726983-60726997promoter 内 3750-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 60723482-60726746(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCGGGGTAGGTTTG
SmilChr02G001569 Chr02 NC_080388.1:29104769-29104783promoter 内 3726-3740 bp + 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29100652-29104508(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAACCTACCTACTT
SmilChr03G000935 Chr03 NC_080389.1:10658863-10658877promoter 内 3673-3687 bp + 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 10655483-10658549(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCTTCC
SmilChr03G000936 Chr03 NC_080389.1:10666254-10666268promoter 内 3673-3687 bp + 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 10662885-10665940(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCTTCC
SmilChr01G004481 Chr01 NC_080387.1:62914213-62914227promoter 内 3659-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 62910499-62913885(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTAACTACCAAATA
SmilChr04G001610 Chr04 NC_080390.1:26776691-26776705promoter 内 3658-3672 bp - 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26776290-26776362(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGTTAAA
SmilChr05G000509 Chr05 NC_080391.1:3936050-3936064promoter 内 3628-3642 bp + 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3933757-3935691(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTACCTACCTTTTT
SmilChr04G002659 Chr04 NC_080390.1:41982512-41982526promoter 内 3618-3632 bp - 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41982895-41984061(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACAACTACCAATGC
SmilChr02G004649 Chr02 NC_080388.1:68925399-68925413promoter 内 3613-3627 bp + 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 68919785-68925025(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCTCCTACCAAGCC
SmilChr08G002417 Chr08 NC_080394.1:22974563-22974577promoter 内 3591-3605 bp + 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22972195-22974167(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCGACCTACCTTATG
SmilChr05G000168 Chr05 NC_080391.1:1331501-1331515promoter 内 3589-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1331913-1334537(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTTGGTAGTTGAT
SmilChr02G001780 Chr02 NC_080388.1:32581809-32581823promoter 内 3563-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32582247-32585220(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCTTCC
SmilChr07G001936 Chr07 NC_080393.1:16766431-16766445promoter 内 3555-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 16766877-16768734(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGACCTACCTCATT
SmilChr07G002108 Chr07 NC_080393.1:19201548-19201562promoter 内 3550-3564 bp + 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19197946-19201111(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCTCCTACCAAGCC
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SmilChr02G003481 Chr02 NC_080388.1:56090770-56090784promoter 内 3434-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56091337-56093015(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTTGTTAGGTGAT
SmilChr02G000281 Chr02 NC_080388.1:3595958-3595972promoter 内 3406-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3587184-3595377(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATAAAAA
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SmilChr04G000679 Chr04 NC_080390.1:7825393-7825407promoter 内 3366-3380 bp - 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7826028-7828699(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCAAATG
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