转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 14 / 133 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000495 Chr01 NC_080387.1:10098491-10098505promoter 内 2738-2752 bp + 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 10099754-10101707(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTGGATAAGGAGAT
SmilChr02G003732 Chr02 NC_080388.1:58964699-58964713promoter 内 2279-2293 bp - 1708 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 58960737-58962991(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTGGATAAGGAGAT
SmilChr01G000994 Chr01 NC_080387.1:20983792-20983806promoter 内 2076-2090 bp + 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 20985717-20991575(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAGGATAAGGCGTT
SmilChr01G004235 Chr01 NC_080387.1:60710146-60710160promoter 内 1923-1937 bp + 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 60707062-60708082(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTACCCTTATCCCCT
SmilChr01G001431 Chr01 NC_080387.1:27964665-27964679promoter 内 1839-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 27959576-27962517(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGGGATAAGGTCTG
SmilChr02G001374 Chr02 NC_080388.1:25983104-25983118promoter 内 1768-1782 bp - 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 25985337-25988773(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATATCCTTATCCCGA
SmilChr01G004935 Chr01 NC_080387.1:67423479-67423493promoter 内 1535-1549 bp + 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 67425945-67427198(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGAAAAA
SmilChr02G002035 Chr02 NC_080388.1:36635288-36635302promoter 内 995-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 36631646-36632296(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGATACT
SmilChr01G000319 Chr01 NC_080387.1:6221575-6221589promoter 内 286-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 6216030-6217874(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATTCCTTATCCTTA
SmilChr01G000766 Chr01 NC_080387.1:16793787-16793801promoter 内 285-299 bp + 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 16797503-16798633(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATAGATAAGGTGAT
SmilChr02G004810 Chr02 NC_080388.1:70272010-70272024promoter 内 219-233 bp + 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 70266135-70268242(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCCGAA
SmilChr02G005126 Chr02 NC_080388.1:72733534-72733548promoter 内 3603-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 72733932-72743060(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTACCTTATCTAAT
SmilChr01G004238 Chr01 NC_080387.1:60710146-60710160promoter 内 3602-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 60710545-60711123(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGGGATAAGGGTAA
SmilChr01G001247 Chr01 NC_080387.1:24986131-24986145promoter 内 3572-3586 bp - 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 24986560-24987734(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAATCTTATCCGTT
SmilChr01G000936 Chr01 NC_080387.1:19836022-19836036promoter 内 3460-3474 bp + 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 19836563-19837390(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAGGATAAGAATAT
SmilChr01G002814 Chr01 NC_080387.1:46695659-46695673promoter 内 3057-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 46696603-46697667(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCTTCCTTATCCAAA
SmilChr02G002036 Chr02 NC_080388.1:36635288-36635302promoter 内 3008-3022 bp - 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 36632453-36634309(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGATACT
SmilChr02G004651 Chr02 NC_080388.1:68952162-68952176promoter 内 2999-3013 bp + 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 68939557-68951174(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATATCTTATCCATT
SmilChr01G002452 Chr01 NC_080387.1:42124689-42124703promoter 内 2758-2772 bp + 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 42122634-42123460(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTACCTTATCTTTA
SmilChr01G000654 Chr01 NC_080387.1:14543909-14543923promoter 内 2659-2673 bp + 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 14545251-14547409(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAGGGATAAGGTGTT
SmilChr02G000558 Chr02 NC_080388.1:7862433-7862447promoter 内 2539-2553 bp - 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 7863895-7865043(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAACCTTATCCTTG
SmilChr02G000025 Chr02 NC_080388.1:254105-254119promoter 内 2468-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 249842-252586(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGATCAT
SmilChr01G004239 Chr01 NC_080387.1:60710146-60710160promoter 内 2128-2142 bp + 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 60712019-60715266(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGGGATAAGGGTAA
SmilChr01G000582 Chr01 NC_080387.1:12592908-12592922promoter 内 1635-1649 bp + 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 12588195-12590556(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATATCTTATCCAAT
SmilChr01G001268 Chr01 NC_080387.1:25353255-25353269promoter 内 1325-1339 bp + 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 25355931-25363173(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAAGATCAT
SmilChr02G005074 Chr02 NC_080388.1:72382092-72382106promoter 内 1249-1263 bp - 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 72384844-72390199(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGATTCTTATCCACA
SmilChr01G003279 Chr01 NC_080387.1:51494194-51494208promoter 内 642-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 51489904-51490849(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAGCCTTATCCCTT
SmilChr01G002693 Chr01 NC_080387.1:45174968-45174982promoter 内 399-413 bp + 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 45178570-45190535(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTGGATAAGGAGAT
SmilChr01G002229 Chr01 NC_080387.1:38760153-38760167promoter 内 111-125 bp + 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 38751506-38756277(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCTTTCTTATCCTCT
SmilChr01G004234 Chr01 NC_080387.1:60710146-60710160promoter 内 98-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 60704975-60706257(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTACCCTTATCCCCT
SmilChr03G001318 Chr03 NC_080389.1:15454961-15454975promoter 内 2617-2631 bp + 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 4 15452950-15453591(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACACCTTATCTATT
SmilChr03G000502 Chr03 NC_080389.1:5398455-5398469promoter 内 1745-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 4 5400711-5403219(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTATCTTATCCTTT
SmilChr02G000666 Chr02 NC_080388.1:10231831-10231845promoter 内 3905-3919 bp + 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 10231927-10233018(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTAGATAAGGTGGA
SmilChr01G005143 Chr01 NC_080387.1:69223019-69223033promoter 内 3318-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 69223702-69225549(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAGGATAAGGTGCA
SmilChr01G003933 Chr01 NC_080387.1:57625820-57625834promoter 内 3307-3321 bp - 680 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 57626514-57635669(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATATCTTATCCATT
SmilChr02G004670 Chr02 NC_080388.1:69057082-69057096promoter 内 2917-2931 bp + 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 69053031-69056012(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTGGCCTTATCCACA
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