转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 142 / 152 下载 TSV

上一页 142 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002502 Chr05 NC_080391.1:27754198-27754216promoter 内 2954-2972 bp - 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 27749861-27753169(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAGCCCAACCAATGCCTC
SmilChr04G000243 Chr04 NC_080390.1:2208860-2208878promoter 内 2953-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2204094-2207830(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAGCCCAACCAATGCCTC
SmilChr03G004189 Chr03 NC_080389.1:60568765-60568783promoter 内 2939-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60569827-60572512(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAACCAGTGGTTGCAGGTG
SmilChr01G003799 Chr01 NC_080387.1:56374308-56374326promoter 内 2937-2955 bp - 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56370038-56373262(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAGCCCAACCAATGCCTC
SmilChr01G003990 Chr01 NC_080387.1:58324602-58324620promoter 内 2915-2933 bp - 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58320695-58323534(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAATCCAACCACATAATT
SmilChr04G000426 Chr04 NC_080390.1:4520406-4520424promoter 内 2914-2932 bp - 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4521493-4527189(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTTGTGGTTGCTGCTG
SmilChr03G000832 Chr03 NC_080389.1:9556670-9556688promoter 内 2909-2927 bp + 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9548359-9555596(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCATGGTGGTTGTGTGTT
SmilChr02G003674 Chr02 NC_080388.1:58126693-58126711promoter 内 2903-2921 bp + 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58127791-58131837(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATTTCAACCACACATCT
SmilChr03G002781 Chr03 NC_080389.1:44268608-44268626promoter 内 2867-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44264021-44267492(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAACATGTGGTTGAATACG
SmilChr03G002782 Chr03 NC_080389.1:44274454-44274472promoter 内 2867-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44269927-44273338(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAACATGTGGTTGAATACG
SmilChr02G002386 Chr02 NC_080388.1:41793094-41793112promoter 内 2849-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41794246-41799827(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTACCCAACCACACGTGT
SmilChr05G001884 Chr05 NC_080391.1:19119288-19119306promoter 内 2844-2862 bp - 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19114101-19118149(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTGCACAACCACCCTTTA
SmilChr04G003319 Chr04 NC_080390.1:49937860-49937878promoter 内 2833-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49935395-49936710(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCCTACAACCACTTGATT
SmilChr04G000081 Chr04 NC_080390.1:726846-726864promoter 内 2754-2772 bp + 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 728093-728637(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAACATCAACCACAAACCC
SmilChr04G003995 Chr04 NC_080390.1:55334210-55334228promoter 内 2709-2727 bp - 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55330438-55332936(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATTTCAACCACACATCT
SmilChr04G000669 Chr04 NC_080390.1:7562438-7562456promoter 内 2705-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7563734-7569405(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTTCAACCACACACTT
SmilChr02G002385 Chr02 NC_080388.1:41793094-41793112promoter 内 2686-2704 bp + 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41790946-41791797(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACACGTGTGGTTGGGTAGT
SmilChr01G001775 Chr01 NC_080387.1:32657434-32657452promoter 内 2678-2696 bp - 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32658757-32659365(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGACAGCAGTTGGAAAAG
SmilChr01G005980 Chr01 NC_080387.1:75459496-75459514promoter 内 2655-2673 bp + 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75453629-75458168(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGCATTGGTTGGGCTTC
SmilChr05G002170 Chr05 NC_080391.1:23049679-23049697promoter 内 2651-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23051029-23054239(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGAGGTGGTGGGCGAGA
SmilChr04G002670 Chr04 NC_080390.1:42088847-42088865promoter 内 2646-2664 bp + 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42086115-42087510(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTATGGTGG
SmilChr01G005373 Chr01 NC_080387.1:70955425-70955443promoter 内 2637-2655 bp - 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70956789-70962209(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGTGTGGTTGAAATTG
SmilChr01G005742 Chr01 NC_080387.1:73522299-73522317promoter 内 2619-2637 bp - 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73523681-73524864(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATCAGTGGTTGAATACG
SmilChr02G002277 Chr02 NC_080388.1:40259822-40259840promoter 内 2584-2602 bp + 1399 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40253801-40258423(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGTTGTGGTTGGTTCTT
SmilChr01G000953 Chr01 NC_080387.1:20170469-20170487promoter 内 2554-2572 bp + 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20171916-20171987(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGACAACAACCACCTGCTG
SmilChr02G003183 Chr02 NC_080388.1:52987550-52987568promoter 内 2545-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52983766-52986112(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTACACTAACCACCTCCTA
SmilChr05G001608 Chr05 NC_080391.1:14817051-14817069promoter 内 2522-2540 bp + 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14818530-14820152(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTCCACCACCACCTTCCC
SmilChr04G000271 Chr04 NC_080390.1:2509738-2509756promoter 内 2478-2496 bp - 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2511261-2513123(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGGAGGTGGTGGCGGCTG
SmilChr02G005422 Chr02 NC_080388.1:74684822-74684840promoter 内 2458-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74681555-74683297(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAATTCCAACTAATTACAC
SmilChr02G004774 Chr02 NC_080388.1:69901067-69901085promoter 内 2452-2470 bp + 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69902616-69903537(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGTACCAACCAACATCTT
SmilChr03G000502 Chr03 NC_080389.1:5399113-5399131promoter 内 2403-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5400711-5403219(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCATAACCACCACCAC
SmilChr02G003990 Chr02 NC_080388.1:62194993-62195011promoter 内 2374-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62191665-62193384(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGAGGTGGTGGGCGAGA
SmilChr04G002457 Chr04 NC_080390.1:39368109-39368127promoter 内 2342-2360 bp - 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39369768-39372681(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTAATTTGGTTGGAAAAG
SmilChr01G001526 Chr01 NC_080387.1:29225253-29225271promoter 内 2292-2310 bp - 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29220885-29223562(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATATCCCAACCAATCATCC
SmilChr05G000931 Chr05 NC_080391.1:7460202-7460220promoter 内 2287-2305 bp - 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7461916-7463379(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACGCTGTGGTTGCGGTAG
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SmilChr05G000635 Chr05 NC_080391.1:4788931-4788949promoter 内 1930-1948 bp - 2053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4781932-4786878(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGCACCAACCATCTCCAA