转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 142 / 162 下载 TSV

上一页 142 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G000092 Chr04 NC_080390.1:822504-822522promoter 内 2355-2373 bp - 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 824150-826076(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAAAATCATTAAGTCAACG
SmilChr06G002494 Chr06 NC_080392.1:35825987-35826005promoter 内 2345-2363 bp - 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35821989-35824349(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAAATCCTAACC
SmilChr03G003017 Chr03 NC_080389.1:47081971-47081989promoter 内 2342-2360 bp + 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47078899-47080330(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTAGGATTTAGTCAACA
SmilChr07G004048 Chr07 NC_080393.1:51793732-51793750promoter 内 2340-2358 bp + 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51788598-51792089(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACAATCTCACAAGTCAACT
SmilChr06G002489 Chr06 NC_080392.1:35774724-35774742promoter 内 2335-2353 bp - 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35770636-35773076(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAAATCCTAACC
SmilChr07G000681 Chr07 NC_080393.1:4628258-4628276promoter 内 2324-2342 bp - 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4626141-4626599(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAAATCCTAACC
SmilChr03G000569 Chr03 NC_080389.1:6197168-6197186promoter 内 2314-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6198855-6199947(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGCTCTTTTCAAGTCAACA
SmilChr01G004513 Chr01 NC_080387.1:63256558-63256576promoter 内 2302-2320 bp + 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63258257-63262797(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTCAATTGTGGA
SmilChr02G000065 Chr02 NC_080388.1:856373-856391promoter 内 2299-2317 bp + 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 852972-854689(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACTTTCAACGAAGTCAACA
SmilChr07G003405 Chr07 NC_080393.1:36973139-36973157promoter 内 2299-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36964204-36971455(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAAATCCTAACC
SmilChr01G002160 Chr01 NC_080387.1:37602704-37602722promoter 内 2292-2310 bp + 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37604413-37606391(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTATTTTTAAAT
SmilChr02G004272 Chr02 NC_080388.1:64924613-64924631promoter 内 2288-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64921711-64922918(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAAATCCTAACC
SmilChr02G000783 Chr02 NC_080388.1:12870962-12870980promoter 内 2285-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12865618-12869264(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACAATCTCACAAGTCAACT
SmilChr07G002627 Chr07 NC_080393.1:25345711-25345729promoter 内 2284-2302 bp - 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25340173-25344012(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGTGAGATTGT
SmilChr08G001996 Chr08 NC_080394.1:17706680-17706698promoter 内 2273-2291 bp + 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 17700445-17704970(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTTCTTAAAAGAGTCAACT
SmilChr02G002092 Chr02 NC_080388.1:37555915-37555933promoter 内 2267-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37557649-37560198(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAAATCCTAACC
SmilChr02G003276 Chr02 NC_080388.1:54032112-54032130promoter 内 2256-2274 bp + 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54033857-54037471(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTGACCATGTGCA
SmilChr07G001514 Chr07 NC_080393.1:12090598-12090616promoter 内 2240-2258 bp - 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12092359-12099185(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACAATCTCACAAGTCAACT
SmilChr07G004135 Chr07 NC_080393.1:53131075-53131093promoter 内 2240-2258 bp + 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53128345-53129332(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTAGGATTTAGTCAACA
SmilChr02G002317 Chr02 NC_080388.1:40780041-40780059promoter 内 2215-2233 bp - 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40781827-40786616(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTAGGATTTAGTCAACA
SmilChr04G000173 Chr04 NC_080390.1:1553689-1553707promoter 内 2203-2221 bp - 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1555487-1566128(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGCTCTTTTCAAGTCAACA
SmilChr01G002834 Chr01 NC_080387.1:46951730-46951748promoter 内 2198-2216 bp - 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46949846-46949945(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGTTGTCACCT
SmilChr06G002550 Chr06 NC_080392.1:36640158-36640176promoter 内 2193-2211 bp + 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36637430-36638368(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACAATCTTAGCGGTCAACG
SmilChr08G001703 Chr08 NC_080394.1:14247295-14247313promoter 内 2179-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14249117-14251279(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTAATAATGAGTT
SmilChr02G003773 Chr02 NC_080388.1:59428794-59428812promoter 内 2176-2194 bp + 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59430619-59433539(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTATATATATCAA
SmilChr07G001727 Chr07 NC_080393.1:14711694-14711712promoter 内 2176-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14700679-14709887(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAAATCCTAACC
SmilChr05G004312 Chr05 NC_080391.1:56804872-56804890promoter 内 2171-2189 bp + 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56800603-56803060(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTAGGATTTAGTCAACA
SmilChr07G004142 Chr07 NC_080393.1:53225790-53225808promoter 内 2164-2182 bp + 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53220727-53223971(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTAGGATTTAGTCAACA
SmilChr08G000598 Chr08 NC_080394.1:4443518-4443536promoter 内 2149-2167 bp + 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4445370-4447821(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTAACTTATTGC
SmilChr08G000595 Chr08 NC_080394.1:4427542-4427560promoter 内 2145-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4429398-4431847(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTAACTTATTGC
SmilChr03G004134 Chr03 NC_080389.1:60178298-60178316promoter 内 2138-2156 bp - 1845 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 60180161-60183575(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTAGGATTTAGTCAACA
SmilChr08G001465 Chr08 NC_080394.1:11804451-11804469promoter 内 2127-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11795788-11802595(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTAGGATTTAGTCAACA
SmilChr02G002909 Chr02 NC_080388.1:49398469-49398487promoter 内 2116-2134 bp + 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49394295-49396602(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTAGGATTTAGTCAACA
SmilChr05G003061 Chr05 NC_080391.1:38450303-38450321promoter 内 2104-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38452200-38454968(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTTGTGTTTCAG
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