转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 142 / 161 下载 TSV

上一页 142 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003606 Chr04 NC_080390.1:52534644-52534655promoter 内 3344-3355 bp - 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52535301-52536840(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr05G002567 Chr05 NC_080391.1:28848142-28848153promoter 内 3325-3336 bp - 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28848818-28849794(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr07G002082 Chr07 NC_080393.1:18924871-18924882promoter 内 3312-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 18925560-18928273(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGAGAA
SmilChr01G004796 Chr01 NC_080387.1:66189122-66189133promoter 内 3303-3314 bp + 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 66186585-66188435(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr06G003016 Chr06 NC_080392.1:43012208-43012219promoter 内 3303-3314 bp - 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43012906-43017018(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr05G000355 Chr05 NC_080391.1:2670674-2670685promoter 内 3293-3304 bp - 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2667742-2669977(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGAGAA
SmilChr06G003129 Chr06 NC_080392.1:44174073-44174084promoter 内 3285-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44170717-44173368(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr05G000711 Chr05 NC_080391.1:5374405-5374416promoter 内 3283-3294 bp + 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5375123-5377597(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGAT
SmilChr04G002242 Chr04 NC_080390.1:36209652-36209663promoter 内 3247-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36210406-36218365(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr07G001535 Chr07 NC_080393.1:12449742-12449753promoter 内 3240-3251 bp - 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 12450503-12458543(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr08G000688 Chr08 NC_080394.1:5107722-5107733promoter 内 3235-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5108488-5121556(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGAT
SmilChr01G001451 Chr01 NC_080387.1:28209549-28209560promoter 内 3218-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28205401-28208777(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr01G003671 Chr01 NC_080387.1:55156151-55156162promoter 内 3217-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55153174-55155378(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr01G000273 Chr01 NC_080387.1:5442267-5442278promoter 内 3210-3221 bp + 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5443058-5444817(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGAT
SmilChr03G002770 Chr03 NC_080389.1:44066710-44066721promoter 内 3210-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44067501-44069366(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTCTTTTTGG
SmilChr05G001932 Chr05 NC_080391.1:19649374-19649385promoter 内 3206-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19650169-19651224(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr08G000117 Chr08 NC_080394.1:727330-727341promoter 内 3200-3211 bp + 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 725782-726540(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr05G002619 Chr05 NC_080391.1:29501979-29501990promoter 内 3192-3203 bp + 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29502788-29505943(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGAT
SmilChr02G004975 Chr02 NC_080388.1:71639140-71639151promoter 内 3179-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71632567-71638329(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGAT
SmilChr01G004747 Chr01 NC_080387.1:65638537-65638548promoter 内 3152-3163 bp - 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 65639386-65639457(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTCTTTTTGG
SmilChr03G004035 Chr03 NC_080389.1:59350459-59350470promoter 内 3142-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59347460-59349611(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr01G003622 Chr01 NC_080387.1:54785358-54785369promoter 内 3139-3150 bp + 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54783125-54784507(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr02G004877 Chr02 NC_080388.1:70853133-70853144promoter 内 3128-3139 bp + 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 70842455-70852271(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTCTTTTTGG
SmilChr01G005542 Chr01 NC_080387.1:72240568-72240579promoter 内 3119-3130 bp - 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 72239299-72239697(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGAT
SmilChr08G001215 Chr08 NC_080394.1:9808802-9808813promoter 内 3119-3130 bp - 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9809684-9817763(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTCTTTTTGG
SmilChr05G001931 Chr05 NC_080391.1:19649374-19649385promoter 内 3116-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19644143-19648500(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGAT
SmilChr07G001403 Chr07 NC_080393.1:10910277-10910288promoter 内 3096-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10907067-10909383(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGAT
SmilChr04G003350 Chr04 NC_080390.1:50119151-50119162promoter 内 3082-3093 bp + 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50120070-50121412(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGAGAA
SmilChr01G005675 Chr01 NC_080387.1:73025351-73025362promoter 内 3072-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 73026280-73029333(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGAT
SmilChr02G004989 Chr02 NC_080388.1:71761696-71761707promoter 内 3068-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71756251-71760774(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr05G002961 Chr05 NC_080391.1:35800789-35800800promoter 内 3052-3063 bp + 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35801738-35803498(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGAT
SmilChr02G001041 Chr02 NC_080388.1:18490264-18490275promoter 内 3045-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 18491220-18493750(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
SmilChr05G000827 Chr05 NC_080391.1:6487980-6487991promoter 内 3019-3030 bp - 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6485898-6487009(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CTAAAAATGGAT
SmilChr07G003918 Chr07 NC_080393.1:49464471-49464482promoter 内 3019-3030 bp + 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49460715-49463500(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCTCTTTTTGG
SmilChr03G004181 Chr03 NC_080389.1:60533461-60533472promoter 内 3002-3013 bp - 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60534460-60538815(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCATTTTTAG
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