转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 142 / 149 下载 TSV

上一页 142 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004738 Chr02 NC_080388.1:69591942-69591952promoter 内 2537-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 69587773-69590488(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAA
SmilChr04G000021 Chr04 NC_080390.1:255490-255500promoter 内 2533-2543 bp - 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 253223-254032(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr02G000608 Chr02 NC_080388.1:8878291-8878301promoter 内 2480-2490 bp + 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 8871483-8876780(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAA
SmilChr03G002122 Chr03 NC_080389.1:32989156-32989166promoter 内 2240-2250 bp + 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32990917-32991022(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr05G003531 Chr05 NC_080391.1:47184698-47184708promoter 内 2227-2237 bp + 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47176137-47182934(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr03G001851 Chr03 NC_080389.1:25488321-25488331promoter 内 2190-2200 bp + 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 25490132-25490237(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr05G003253 Chr05 NC_080391.1:41992555-41992565promoter 内 2178-2188 bp - 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41990637-41990742(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr06G002004 Chr06 NC_080392.1:25702306-25702316promoter 内 2177-2187 bp - 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 25700387-25700492(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr03G001852 Chr03 NC_080389.1:25509807-25509817promoter 内 2172-2182 bp - 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 25507883-25507988(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr05G000535 Chr05 NC_080391.1:4101415-4101425promoter 内 2154-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4097265-4099578(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr06G000298 Chr06 NC_080392.1:2127909-2127919promoter 内 2139-2149 bp + 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2121637-2126057(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr05G000632 Chr05 NC_080391.1:4778447-4778457promoter 内 2113-2123 bp - 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4771763-4776569(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr04G002433 Chr04 NC_080390.1:38985213-38985223promoter 内 2093-2103 bp + 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38977216-38983315(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAT
SmilChr02G005307 Chr02 NC_080388.1:73989624-73989634promoter 内 2047-2057 bp + 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 73985367-73987680(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAA
SmilChr01G002255 Chr01 NC_080387.1:39220336-39220346promoter 内 1934-1944 bp - 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 39222403-39223861(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAT
SmilChr05G000883 Chr05 NC_080391.1:6991508-6991518promoter 内 1907-1917 bp - 2084 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 6993602-6997779(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr07G000415 Chr07 NC_080393.1:2866667-2866677promoter 内 1880-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2863061-2864556(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr03G003175 Chr03 NC_080389.1:49199448-49199458promoter 内 1811-1821 bp - 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 49201638-49202376(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAA
SmilChr03G003781 Chr03 NC_080389.1:56938266-56938276promoter 内 1785-1795 bp + 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56932138-56936060(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr03G004322 Chr03 NC_080389.1:61582148-61582158promoter 内 1761-1771 bp - 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 61584388-61587551(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr05G003284 Chr05 NC_080391.1:42853123-42853133promoter 内 1752-1762 bp + 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42847936-42850884(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr03G002806 Chr03 NC_080389.1:44527291-44527301promoter 内 1729-1739 bp - 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 44519219-44525029(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr04G004046 Chr04 NC_080390.1:55676845-55676855promoter 内 1717-1727 bp + 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55679129-55680176(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr07G002305 Chr07 NC_080393.1:21326960-21326970promoter 内 1715-1725 bp + 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21329246-21331388(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr02G003985 Chr02 NC_080388.1:62110951-62110961promoter 内 1678-1688 bp + 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 62105829-62108638(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr01G003629 Chr01 NC_080387.1:54826656-54826666promoter 内 1621-1631 bp + 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54821593-54824286(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr04G002263 Chr04 NC_080390.1:36621482-36621492promoter 内 1598-1608 bp + 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 36616235-36619089(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr02G004259 Chr02 NC_080388.1:64807658-64807668promoter 内 1560-1570 bp + 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 64803428-64805227(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAA
SmilChr05G001522 Chr05 NC_080391.1:13929521-13929531promoter 内 1551-1561 bp + 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 13931971-13933479(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr01G004685 Chr01 NC_080387.1:64926573-64926583promoter 内 1473-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 64921586-64924055(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr06G000433 Chr06 NC_080392.1:3553491-3553501promoter 内 1433-1443 bp + 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3556059-3560733(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAC
SmilChr03G001293 Chr03 NC_080389.1:15130112-15130122promoter 内 1429-1439 bp - 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 15127478-15127550(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr02G003031 Chr02 NC_080388.1:51017776-51017786promoter 内 1366-1376 bp - 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51009806-51015151(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr05G000634 Chr05 NC_080391.1:4775462-4775472promoter 内 1324-1334 bp + 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 4778139-4779331(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr06G000431 Chr06 NC_080392.1:3553491-3553501promoter 内 1316-1326 bp + 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3548153-3550816(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAT
SmilChr06G002017 Chr06 NC_080392.1:25955630-25955640promoter 内 1196-1206 bp + 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 25949849-25952835(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr02G001208 Chr02 NC_080388.1:22252155-22252165promoter 内 1172-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22245375-22249336(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr01G005704 Chr01 NC_080387.1:73277410-73277420promoter 内 1135-1145 bp + 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 73280276-73283307(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCC
SmilChr05G002288 Chr05 NC_080391.1:24679955-24679965promoter 内 1127-1137 bp - 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 24664322-24677091(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr05G002698 Chr05 NC_080391.1:30925838-30925848promoter 内 971-981 bp - 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30928868-30930991(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAA
SmilChr02G001008 Chr02 NC_080388.1:17832833-17832843promoter 内 943-953 bp + 3048 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 17826297-17829785(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr03G003080 Chr03 NC_080389.1:47835172-47835182promoter 内 936-946 bp - 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47829385-47832117(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAC
SmilChr04G001195 Chr04 NC_080390.1:18305856-18305866promoter 内 899-909 bp + 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 18300691-18302764(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr05G004081 Chr05 NC_080391.1:54673581-54673591promoter 内 872-882 bp + 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54676710-54676781(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr01G001347 Chr01 NC_080387.1:26740181-26740191promoter 内 793-803 bp + 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 26733442-26736983(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAT
SmilChr07G000775 Chr07 NC_080393.1:5429480-5429490promoter 内 793-803 bp + 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5424843-5426282(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAT
SmilChr03G004321 Chr03 NC_080389.1:61582148-61582158promoter 内 752-762 bp - 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 61575799-61578909(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr01G002272 Chr01 NC_080387.1:39492849-39492859promoter 内 744-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 39488234-39489602(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCC
SmilChr03G000884 Chr03 NC_080389.1:10032169-10032179promoter 内 711-721 bp - 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 10025259-10028889(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr06G001400 Chr06 NC_080392.1:14627982-14627992promoter 内 671-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 14631312-14634331(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT