转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003404; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027732-RA_Salv SmilChr01G003404 bZIP XP_057773670.1 MP00184 TTGACAGCTGTA

可能结合的靶基因

9840 个结合位点 7147 个候选靶基因 第 143 / 143 下载 TSV

上一页 143 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001158 Chr02 NC_080388.1:21146351-21146362promoter 内 3871-3882 bp - 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 21145507-21146232(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTTCAAGCTGTA
SmilChr05G004026 Chr05 NC_080391.1:54252627-54252638promoter 内 3724-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54252904-54255876(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCCA
SmilChr02G003024 Chr02 NC_080388.1:50921862-50921873promoter 内 3720-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 50918719-50921592(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTGAAA
SmilChr02G001791 Chr02 NC_080388.1:32665421-32665432promoter 内 3678-3689 bp - 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 32662522-32665109(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGGAAAGCTGTA
SmilChr02G001246 Chr02 NC_080388.1:22900879-22900890promoter 内 3520-3531 bp - 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 22897350-22900409(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTTCAAGCTGTA
SmilChr05G002533 Chr05 NC_080391.1:28227576-28227587promoter 内 3511-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 28225291-28227097(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTTCAAGCTGTA
SmilChr04G002148 Chr04 NC_080390.1:34540035-34540046promoter 内 3404-3415 bp - 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 34536550-34539449(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAG
SmilChr07G000487 Chr07 NC_080393.1:3410131-3410142promoter 内 2968-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 3403858-3409109(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGA
SmilChr06G002954 Chr06 NC_080392.1:42356632-42356643promoter 内 2955-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 42355017-42355597(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGGAAAGCTGTA
SmilChr08G001664 Chr08 NC_080394.1:13864024-13864035promoter 内 2905-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 13865120-13868982(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTTCAAGCTGTA
SmilChr08G003629 Chr08 NC_080394.1:39549134-39549145promoter 内 2861-2872 bp + 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 39550274-39551402(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGGAAAGCTGTA
SmilChr03G004587 Chr03 NC_080389.1:63717312-63717323promoter 内 2776-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 63714468-63716098(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTTT
SmilChr02G001824 Chr02 NC_080388.1:33268799-33268810promoter 内 2604-2615 bp + 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 33264556-33267413(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCCA
SmilChr04G000298 Chr04 NC_080390.1:2770375-2770386promoter 内 2510-2521 bp - 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 2771866-2772876(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTGAAA
SmilChr05G002277 Chr05 NC_080391.1:24492715-24492726promoter 内 2499-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 24490441-24491224(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCCA
SmilChr01G003120 Chr01 NC_080387.1:50019539-50019550promoter 内 2479-2490 bp + 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 50021061-50021720(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAG
SmilChr08G001321 Chr08 NC_080394.1:10569736-10569747promoter 内 2396-2407 bp - 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10568070-10568142(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAG
SmilChr02G001310 Chr02 NC_080388.1:24338318-24338329promoter 内 2317-2328 bp - 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 24340002-24340595(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCCA
SmilChr05G003224 Chr05 NC_080391.1:41388111-41388122promoter 内 2182-2193 bp - 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 41389930-41391663(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGA
SmilChr08G001319 Chr08 NC_080394.1:10569736-10569747promoter 内 2165-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10562672-10567911(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAG
SmilChr02G003182 Chr02 NC_080388.1:52985235-52985246promoter 内 2076-2087 bp - 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 52980938-52983321(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTTCAAGCTGTA
SmilChr05G000675 Chr05 NC_080391.1:5157360-5157371promoter 内 2019-2030 bp - 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 5153653-5155389(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGAACAGCTGTT
SmilChr05G004387 Chr05 NC_080391.1:57327133-57327144promoter 内 1988-1999 bp - 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 57329146-57330465(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGA
SmilChr04G002976 Chr04 NC_080390.1:46151482-46151493promoter 内 1932-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 46148245-46149424(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGA
SmilChr02G004550 Chr02 NC_080388.1:68037254-68037265promoter 内 1848-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 68034096-68035112(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGAACAGCTGTT
SmilChr03G004433 Chr03 NC_080389.1:62462508-62462519promoter 内 1794-1805 bp + 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 62464715-62467536(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGGACAGCTGCT
SmilChr08G001197 Chr08 NC_080394.1:9651653-9651664promoter 内 1634-1645 bp - 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 9646306-9649297(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAAACAGCTGTG
SmilChr04G002584 Chr04 NC_080390.1:41243722-41243733promoter 内 1620-1631 bp - 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 41238639-41241352(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTTCAAGCTGTA
SmilChr02G000857 Chr02 NC_080388.1:14641080-14641091promoter 内 1454-1465 bp + 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 14637642-14638544(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGGAGCTGTCGC
SmilChr04G002598 Chr04 NC_080390.1:41402325-41402336promoter 内 1421-1432 bp + 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 41395880-41399756(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTGAAA
SmilChr01G001369 Chr01 NC_080387.1:27037588-27037599promoter 内 1415-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 27040174-27042785(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGA
SmilChr02G001309 Chr02 NC_080388.1:24338318-24338329promoter 内 1263-1274 bp - 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 24321846-24335591(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGGAAAGCTGTA
SmilChr05G004385 Chr05 NC_080391.1:57327133-57327144promoter 内 1177-1188 bp - 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 57323973-57324320(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAG
SmilChr03G003531 Chr03 NC_080389.1:53916492-53916503promoter 内 1072-1083 bp + 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 53912837-53913574(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCCA
SmilChr07G002685 Chr07 NC_080393.1:26246465-26246476promoter 内 938-949 bp + 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 26249528-26251842(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAG
SmilChr07G002166 Chr07 NC_080393.1:19833744-19833755promoter 内 891-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 19827089-19830645(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGGACAGCTGCT
SmilChr07G000489 Chr07 NC_080393.1:3410131-3410142promoter 内 840-851 bp + 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 3413292-3415516(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAG
SmilChr02G001311 Chr02 NC_080388.1:24338318-24338329promoter 内 741-752 bp - 3249 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 24341578-24343361(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCCA
SmilChr04G003449 Chr04 NC_080390.1:50990338-50990349promoter 内 703-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 50993636-50994322(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGGAAAGCTGTA
SmilChr05G003726 Chr05 NC_080391.1:50351931-50351942promoter 内 598-609 bp - 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 50355334-50357596(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCCA
SmilChr02G004325 Chr02 NC_080388.1:65548473-65548484promoter 内 471-482 bp - 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 65542733-65544954(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAG
SmilChr01G001859 Chr01 NC_080387.1:33549484-33549495promoter 内 310-321 bp + 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 33553175-33557522(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAAACAGCTGTG
SmilChr01G003784 Chr01 NC_080387.1:56225158-56225169promoter 内 278-289 bp - 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 56219347-56221446(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTTCAAGCTGTA
SmilChr05G002894 Chr05 NC_080391.1:34738509-34738520promoter 内 247-258 bp + 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 34732505-34734766(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGA
SmilChr01G005926 Chr01 NC_080387.1:75068500-75068511promoter 内 141-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 75063982-75064651(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGGAAAGCTGTA
SmilChr01G002951 Chr01 NC_080387.1:48398731-48398742promoter 内 67-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 48389141-48394808(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAG
SmilChr01G004275 Chr01 NC_080387.1:60988903-60988914promoter 内 2-13 bp + 3988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 60984478-60984915(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AACAGCTGTTTA