转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 146 / 160 下载 TSV

上一页 146 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr03G002780 Chr03 NC_080389.1:44230564-44230574promoter 内 673-683 bp - 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 44233892-44235338(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATATACGTGT
SmilChr01G006040 Chr01 NC_080387.1:75887901-75887911promoter 内 672-682 bp + 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 75891230-75893857(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATATA
SmilChr05G000966 Chr05 NC_080391.1:7799824-7799834promoter 内 663-673 bp + 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7803162-7805218(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATATA
SmilChr01G001762 Chr01 NC_080387.1:32368060-32368070promoter 内 617-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 32371444-32381250(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATATACGTGT
SmilChr01G001295 Chr01 NC_080387.1:25789916-25789926promoter 内 582-592 bp - 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 25793335-25805075(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATATACGTGT
SmilChr02G004446 Chr02 NC_080388.1:66810382-66810392promoter 内 564-574 bp - 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 66813819-66814358(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATATACGTGT
SmilChr05G004339 Chr05 NC_080391.1:57052936-57052946promoter 内 465-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 57045146-57049410(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATATACGTGT
SmilChr01G004179 Chr01 NC_080387.1:60241202-60241212promoter 内 461-471 bp - 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60228753-60237672(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATATA
SmilChr05G000571 Chr05 NC_080391.1:4301508-4301518promoter 内 457-467 bp + 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4297118-4297974(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATATACGTGT
SmilChr01G000568 Chr01 NC_080387.1:11736825-11736835promoter 内 411-421 bp - 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 11740415-11741377(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATATACGTGT
SmilChr05G002833 Chr05 NC_080391.1:33674060-33674070promoter 内 393-403 bp + 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 33666258-33670462(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTGTTACGTAC
SmilChr01G003893 Chr01 NC_080387.1:57222195-57222205promoter 内 373-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 57225823-57234347(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATATA
SmilChr03G003099 Chr03 NC_080389.1:48040147-48040157promoter 内 367-377 bp - 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48043781-48046009(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATATACGTGT
SmilChr05G001541 Chr05 NC_080391.1:14116154-14116164promoter 内 349-359 bp - 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 14119806-14124876(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGGTTACGTTA
SmilChr01G003711 Chr01 NC_080387.1:55455399-55455409promoter 内 298-308 bp - 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55459102-55462477(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CTCATACGTGT
SmilChr04G001523 Chr04 NC_080390.1:25140082-25140092promoter 内 269-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 25143814-25147459(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATGTTACGTAG
SmilChr02G003196 Chr02 NC_080388.1:53128077-53128087promoter 内 223-233 bp + 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53120288-53124309(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TATATACGTGT
SmilChr05G000902 Chr05 NC_080391.1:7144546-7144556promoter 内 184-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7148363-7150360(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATATA
SmilChr06G000131 Chr06 NC_080392.1:934990-935000promoter 内 35-45 bp - 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 929384-931034(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATAG
SmilChr05G002852 Chr05 NC_080391.1:34020096-34020106promoter 内 3721-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 34020376-34021398(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr05G002716 Chr05 NC_080391.1:31281801-31281811promoter 内 3524-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 31276453-31281334(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr05G004214 Chr05 NC_080391.1:56030017-56030027promoter 内 3296-3306 bp + 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 56027105-56029322(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr01G002710 Chr01 NC_080387.1:45357826-45357836promoter 内 3259-3269 bp + 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 45353277-45357094(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTGTTACGTAA
SmilChr02G005079 Chr02 NC_080388.1:72429068-72429078promoter 内 3162-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 72421915-72428239(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTATTACGTGA
SmilChr04G001831 Chr04 NC_080390.1:29858900-29858910promoter 内 2984-2994 bp + 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 29859917-29862172(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr02G005080 Chr02 NC_080388.1:72429068-72429078promoter 内 2940-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 72430129-72430892(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAA
SmilChr05G000944 Chr05 NC_080391.1:7634195-7634205promoter 内 2448-2458 bp - 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 7635748-7640339(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr02G000659 Chr02 NC_080388.1:9991946-9991956promoter 内 1527-1537 bp + 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 9988220-9989482(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr03G003261 Chr03 NC_080389.1:50514041-50514051promoter 内 1414-1424 bp + 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 50516628-50517259(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr02G001337 Chr02 NC_080388.1:24866010-24866020promoter 内 1199-1209 bp - 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 24861850-24863218(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAA
SmilChr02G000658 Chr02 NC_080388.1:9991946-9991956promoter 内 102-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 9986786-9988057(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr01G003771 Chr01 NC_080387.1:56079411-56079421promoter 内 3980-3990 bp + 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56076342-56079400(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATCTTACGTGG
SmilChr03G003060 Chr03 NC_080389.1:47539569-47539579promoter 内 3972-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 47539598-47543187(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTATTACGTGA
SmilChr04G001670 Chr04 NC_080390.1:27656904-27656914promoter 内 3959-3969 bp + 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27655301-27656872(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr05G000626 Chr05 NC_080391.1:4730115-4730125promoter 内 3934-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4728857-4730058(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAAGG
SmilChr02G001240 Chr02 NC_080388.1:22786901-22786911promoter 内 3915-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22785038-22786825(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
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