转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 148 / 156 下载 TSV

上一页 148 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000513 Chr05 NC_080391.1:3956336-3956345promoter 内 3375-3384 bp - 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3952999-3955719(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr03G002680 Chr03 NC_080389.1:42591548-42591557promoter 内 3371-3380 bp - 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42592178-42593079(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCTCGTCACT
SmilChr03G002668 Chr03 NC_080389.1:42366620-42366629promoter 内 3364-3373 bp - 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42367257-42368166(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCTCGTCACT
SmilChr02G001503 Chr02 NC_080388.1:28078118-28078127promoter 内 3357-3366 bp - 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28074760-28077483(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr01G000588 Chr01 NC_080387.1:12742884-12742893promoter 内 3356-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 12743529-12746523(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGG
SmilChr01G000604 Chr01 NC_080387.1:13152352-13152361promoter 内 3339-3348 bp - 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 13148705-13151699(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGG
SmilChr03G003171 Chr03 NC_080389.1:49082540-49082549promoter 内 3296-3305 bp - 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49083245-49091468(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCTCGTCACT
SmilChr05G004266 Chr05 NC_080391.1:56446447-56446456promoter 内 3280-3289 bp - 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56447168-56448442(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCTCGTCACT
SmilChr02G001431 Chr02 NC_080388.1:27013103-27013112promoter 内 3279-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 27008909-27012390(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr06G000714 Chr06 NC_080392.1:6469923-6469932promoter 内 3275-3284 bp - 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6466654-6469206(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr06G001544 Chr06 NC_080392.1:16740321-16740330promoter 内 3271-3280 bp + 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 16741051-16744523(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr04G003527 Chr04 NC_080390.1:51646048-51646057promoter 内 3238-3247 bp + 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 51646811-51648140(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr05G002367 Chr05 NC_080391.1:25839474-25839483promoter 内 3237-3246 bp - 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 25837202-25838719(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr05G003536 Chr05 NC_080391.1:47221520-47221529promoter 内 3235-3244 bp + 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47222286-47227239(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr03G000569 Chr03 NC_080389.1:6198074-6198083promoter 内 3220-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6198855-6199947(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCTCGTCACT
SmilChr01G000151 Chr01 NC_080387.1:2583152-2583161promoter 内 3176-3185 bp + 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2583977-2585591(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr04G000336 Chr04 NC_080390.1:3112012-3112021promoter 内 3167-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3106857-3111187(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr03G002151 Chr03 NC_080389.1:33458776-33458785promoter 内 3166-3175 bp + 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 33449488-33457950(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCTCGTCACT
SmilChr01G005769 Chr01 NC_080387.1:73768116-73768125promoter 内 3136-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 73768981-73771115(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr02G004292 Chr02 NC_080388.1:65271692-65271701promoter 内 3131-3140 bp - 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 65269765-65270831(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr01G001633 Chr01 NC_080387.1:30390539-30390548promoter 内 3048-3057 bp + 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30391492-30392433(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr03G002367 Chr03 NC_080389.1:37304160-37304169promoter 内 3040-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 37305121-37308544(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCTCGTCACT
SmilChr02G003588 Chr02 NC_080388.1:57086034-57086043promoter 内 3039-3048 bp - 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 57086996-57088465(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCTCGTCACT
SmilChr03G004280 Chr03 NC_080389.1:61232251-61232260promoter 内 3032-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 61233220-61236207(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CCTCGTCACT
SmilChr01G002078 Chr01 NC_080387.1:36739480-36739489promoter 内 3006-3015 bp + 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 36740475-36742331(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr05G003775 Chr05 NC_080391.1:51112960-51112969promoter 内 2997-3006 bp + 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 51113964-51118697(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr05G001881 Chr05 NC_080391.1:19078151-19078160promoter 内 2981-2990 bp - 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19079171-19080733(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCTCGTCACT
SmilChr03G001193 Chr03 NC_080389.1:13749266-13749275promoter 内 2920-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 13750347-13751267(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr05G004330 Chr05 NC_080391.1:56984486-56984495promoter 内 2896-2905 bp + 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56985591-56986052(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGC
SmilChr03G002418 Chr03 NC_080389.1:38417247-38417256promoter 内 2870-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38418378-38421909(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGG
SmilChr05G002912 Chr05 NC_080391.1:35088075-35088084promoter 内 2867-2876 bp + 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 35085275-35086950(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCTCGTCACT
SmilChr04G003498 Chr04 NC_080390.1:51401466-51401475promoter 内 2866-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 51393355-51400340(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGAGG
SmilChr01G001972 Chr01 NC_080387.1:35104325-35104334promoter 内 2847-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 35105479-35107663(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCTCGTCACT
SmilChr02G001474 Chr02 NC_080388.1:27525715-27525724promoter 内 2835-2844 bp + 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 27518785-27524558(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCTCGTCACT
SmilChr03G002672 Chr03 NC_080389.1:42443075-42443084promoter 内 2824-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42440658-42441907(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCTCGTCACT
SmilChr01G000812 Chr01 NC_080387.1:17541306-17541315promoter 内 2815-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17538360-17540129(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GCTCGTCACT
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