转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 148 / 160 下载 TSV

上一页 148 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G001339 Chr02 NC_080388.1:24905749-24905759promoter 内 3173-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 24903546-24904931(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAC
SmilChr04G000333 Chr04 NC_080390.1:3068335-3068345promoter 内 3173-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3066259-3067517(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAGAC
SmilChr02G004409 Chr02 NC_080388.1:66412826-66412836promoter 内 3153-3163 bp + 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 66408238-66411988(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATCTTACGTGG
SmilChr03G003971 Chr03 NC_080389.1:58748224-58748234promoter 内 3121-3131 bp + 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58743127-58747354(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTCTTACGTGC
SmilChr01G005807 Chr01 NC_080387.1:74111673-74111683promoter 内 3114-3124 bp - 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74109394-74110796(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr03G002908 Chr03 NC_080389.1:45842454-45842464promoter 内 3097-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45837937-45841560(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr05G004112 Chr05 NC_080391.1:54970300-54970310promoter 内 3090-3100 bp - 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54965197-54969399(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr04G000270 Chr04 NC_080390.1:2467337-2467347promoter 内 3089-3099 bp + 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2468249-2469630(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr04G003342 Chr04 NC_080390.1:50086376-50086386promoter 内 3079-3089 bp - 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50087298-50089271(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr03G003921 Chr03 NC_080389.1:58307690-58307700promoter 内 3077-3087 bp + 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58306075-58306776(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr01G003476 Chr01 NC_080387.1:53309032-53309042promoter 内 3068-3078 bp - 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53305459-53308109(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr01G003410 Chr01 NC_080387.1:52758714-52758724promoter 内 3063-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52755441-52757786(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr02G002743 Chr02 NC_080388.1:47415791-47415801promoter 内 3057-3067 bp - 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 47416735-47417279(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTATTACGTGA
SmilChr03G002231 Chr03 NC_080389.1:35217275-35217285promoter 内 3057-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35215797-35216341(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTATTACGTGA
SmilChr01G004677 Chr01 NC_080387.1:64864337-64864347promoter 内 3053-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64860208-64863399(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAC
SmilChr04G000211 Chr04 NC_080390.1:1874560-1874570promoter 内 3042-3052 bp - 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1871736-1873611(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr01G001484 Chr01 NC_080387.1:28627918-28627928promoter 内 3017-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28628902-28631945(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr02G000199 Chr02 NC_080388.1:2558584-2558594promoter 内 2992-3002 bp - 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2553398-2557585(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAAAC
SmilChr01G004172 Chr01 NC_080387.1:60199923-60199933promoter 内 2972-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60200952-60202141(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr01G003692 Chr01 NC_080387.1:55294136-55294146promoter 内 2958-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55288840-55293103(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTATTACGTGA
SmilChr05G002667 Chr05 NC_080391.1:30167487-30167497promoter 内 2910-2920 bp + 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30165094-30166406(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr04G003864 Chr04 NC_080390.1:54566014-54566024promoter 内 2890-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54562327-54564913(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTCTTACGTGA
SmilChr01G002352 Chr01 NC_080387.1:40671040-40671050promoter 内 2883-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40672158-40675127(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAA
SmilChr04G001443 Chr04 NC_080390.1:23722953-23722963promoter 内 2860-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 23724094-23726709(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTATTACGTGA
SmilChr02G001976 Chr02 NC_080388.1:35722395-35722405promoter 内 2858-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35723538-35723879(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTACGTAACAC
SmilChr04G002939 Chr04 NC_080390.1:45623055-45623065promoter 内 2838-2848 bp - 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45618362-45621902(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr03G002306 Chr03 NC_080389.1:36294172-36294182promoter 内 2836-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36291922-36293017(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr01G001456 Chr01 NC_080387.1:28251533-28251543promoter 内 2799-2809 bp - 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28243438-28250341(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr05G002283 Chr05 NC_080391.1:24579839-24579849promoter 内 2790-2800 bp - 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 24581050-24585870(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr05G003411 Chr05 NC_080391.1:45271940-45271950promoter 内 2786-2796 bp - 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45266697-45270735(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr01G004103 Chr01 NC_080387.1:59506942-59506952promoter 内 2752-2762 bp + 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59503982-59505703(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATCTTACGTGG
SmilChr02G002910 Chr02 NC_080388.1:49406399-49406409promoter 内 2712-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49407688-49432281(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAAATC
SmilChr01G003805 Chr01 NC_080387.1:56426789-56426799promoter 内 2711-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56428079-56443511(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr01G003869 Chr01 NC_080387.1:56949791-56949801promoter 内 2711-2721 bp + 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56938006-56948511(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
SmilChr03G001461 Chr03 NC_080389.1:17460744-17460754promoter 内 2709-2719 bp - 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17462036-17467359(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GATTTACGTGG
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