转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 149 / 151 下载 TSV

上一页 149 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G005121 Chr02 NC_080388.1:72702264-72702276promoter 内 593-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72698374-72698868(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTCTA
SmilChr04G004079 Chr04 NC_080390.1:55858081-55858093promoter 内 574-586 bp + 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55848981-55854666(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGATTTAGGTAAT
SmilChr01G005748 Chr01 NC_080387.1:73557277-73557289promoter 内 573-585 bp + 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73560705-73564959(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr02G002032 Chr02 NC_080388.1:36617361-36617373promoter 内 572-584 bp - 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36620790-36622199(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGTGGTAGGTATT
SmilChr03G003551 Chr03 NC_080389.1:54163789-54163801promoter 内 531-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54159094-54160331(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAGAATAGGTAAA
SmilChr01G006130 Chr01 NC_080387.1:76818643-76818655promoter 内 530-542 bp + 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76822114-76825762(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G005857 Chr01 NC_080387.1:74510190-74510202promoter 内 523-535 bp - 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74497938-74506724(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr03G002977 Chr03 NC_080389.1:46602949-46602961promoter 内 509-521 bp - 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46606441-46609044(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TAGAATAGGTAAA
SmilChr01G006096 Chr01 NC_080387.1:76425758-76425770promoter 内 445-457 bp + 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76429314-76437730(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTATG
SmilChr01G006164 Chr01 NC_080387.1:77070607-77070619promoter 内 435-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 77064432-77067053(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr03G003911 Chr03 NC_080389.1:58205021-58205033promoter 内 433-445 bp - 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58195779-58201465(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTCTA
SmilChr03G003251 Chr03 NC_080389.1:50395305-50395317promoter 内 420-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50387876-50391736(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTGCT
SmilChr03G001029 Chr03 NC_080389.1:12013316-12013328promoter 内 409-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12008590-12009736(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAATTTAGGTAAT
SmilChr04G002753 Chr04 NC_080390.1:43243029-43243041promoter 内 367-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43228900-43239407(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGTGGTAGGTATT
SmilChr01G003519 Chr01 NC_080387.1:53841612-53841624promoter 内 356-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53836766-53837979(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTGTT
SmilChr02G000850 Chr02 NC_080388.1:14415391-14415403promoter 内 332-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14419060-14422020(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTTTG
SmilChr03G003178 Chr03 NC_080389.1:49236326-49236338promoter 内 318-330 bp - 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49240009-49241631(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACGTTTAGGTAAC
SmilChr02G004772 Chr02 NC_080388.1:69888393-69888405promoter 内 259-271 bp - 3730 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69892135-69895808(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAGGTAGGTTTG
SmilChr02G004309 Chr02 NC_080388.1:65457797-65457809promoter 内 219-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 65461579-65465385(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCGGGTAGGTGTT
SmilChr02G002131 Chr02 NC_080388.1:38149407-38149419promoter 内 209-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38153199-38200690(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAAATC
SmilChr01G001676 Chr01 NC_080387.1:30959242-30959254promoter 内 200-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30953499-30955453(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAACCTACCAGT
SmilChr01G005739 Chr01 NC_080387.1:73506976-73506988promoter 内 128-140 bp + 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73510849-73513232(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr05G002027 Chr05 NC_080391.1:21036594-21036606promoter 内 127-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21027861-21032732(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATTC
SmilChr01G006099 Chr01 NC_080387.1:76480242-76480254promoter 内 89-101 bp + 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76484154-76486020(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr04G003764 Chr04 NC_080390.1:53890881-53890893promoter 内 72-84 bp - 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53883021-53886964(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTGTT
SmilChr03G001915 Chr03 NC_080389.1:26802260-26802272promoter 内 3811-3823 bp + 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26802450-26806550(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAACCTACCCAA
SmilChr04G001967 Chr04 NC_080390.1:31893638-31893650promoter 内 3801-3813 bp - 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31892032-31893450(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCATTTT
SmilChr04G003315 Chr04 NC_080390.1:49887414-49887426promoter 内 3733-3745 bp - 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49885196-49887158(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACACAT
SmilChr02G004845 Chr02 NC_080388.1:70587411-70587423promoter 内 3730-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 70575749-70587152(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCAATAGGTAAG
SmilChr03G001423 Chr03 NC_080389.1:16858941-16858953promoter 内 3675-3687 bp + 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16857776-16858627(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAATGAGGTAAA
SmilChr03G003033 Chr03 NC_080389.1:47238931-47238943promoter 内 3659-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47239273-47243559(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACACAT
SmilChr01G005358 Chr01 NC_080387.1:70801328-70801340promoter 内 3521-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 70801808-70804098(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGGTAGGTTTG
SmilChr03G003021 Chr03 NC_080389.1:47111779-47111791promoter 内 3476-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47112304-47113024(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATACCTACTTTC
SmilChr01G000865 Chr01 NC_080387.1:18543592-18543604promoter 内 3389-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18544204-18546483(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGGTAGGTTTG
SmilChr01G000867 Chr01 NC_080387.1:18547443-18547455promoter 内 3389-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18548055-18550334(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGGTAGGTTTG
SmilChr01G001834 Chr01 NC_080387.1:33280527-33280539promoter 内 3350-3362 bp - 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 33281178-33283356(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCGAATAGGTAAG
SmilChr03G003219 Chr03 NC_080389.1:49832206-49832218promoter 内 3331-3343 bp + 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49829443-49831548(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGGTAGGTTTG
SmilChr04G003690 Chr04 NC_080390.1:53298501-53298513promoter 内 3290-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53294673-53297802(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTGTTTAGGTAAC
SmilChr01G000863 Chr01 NC_080387.1:18539771-18539783promoter 内 3191-3203 bp - 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 18540581-18542632(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGGTAGGTTTG
SmilChr04G002137 Chr04 NC_080390.1:34376600-34376612promoter 内 3172-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34377429-34381494(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAATGAGGTAAA
SmilChr04G003860 Chr04 NC_080390.1:54548994-54549006promoter 内 3135-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54544578-54548140(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACACAT
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SmilChr04G000575 Chr04 NC_080390.1:6417404-6417416promoter 内 3104-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6418301-6419386(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGTGTAGGTAAT
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SmilChr01G002603 Chr01 NC_080387.1:44234255-44234267promoter 内 2595-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44231924-44232861(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGGTAGGTTTG
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SmilChr01G004217 Chr01 NC_080387.1:60570277-60570289promoter 内 2377-2389 bp + 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60565055-60568665(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGTGTAGGTAAT