转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 16 / 148 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002404 Chr07 NC_080393.1:22390896-22390909promoter 内 3295-3308 bp - 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 22391602-22394105(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr08G001462 Chr08 NC_080394.1:11780636-11780649promoter 内 3228-3241 bp + 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 11781409-11784643(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACACGCCACGTGG
SmilChr05G003864 Chr05 NC_080391.1:52224035-52224048promoter 内 2513-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 52222487-52222560(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAACGGCACGTGG
SmilChr05G001872 Chr05 NC_080391.1:18897461-18897474promoter 内 2375-2388 bp + 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 18891763-18895848(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGCCGAC
SmilChr07G002254 Chr07 NC_080393.1:20717750-20717763promoter 内 1963-1976 bp - 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 20714064-20715725(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACACGGCACGTGG
SmilChr05G001700 Chr05 NC_080391.1:16205656-16205669promoter 内 1528-1541 bp + 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 16208129-16212518(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAGACGCCACGTGG
SmilChr06G001403 Chr06 NC_080392.1:14728744-14728757promoter 内 1079-1092 bp - 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 14721213-14725835(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACGCGACACGTGG
SmilChr03G001269 Chr03 NC_080389.1:14723741-14723754promoter 内 1042-1055 bp + 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 14726700-14727998(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGAAGGCCACGTGG
SmilChr07G000224 Chr07 NC_080393.1:1432300-1432313promoter 内 650-663 bp - 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 1435651-1439213(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCTTGCT
SmilChr03G003423 Chr03 NC_080389.1:52552429-52552442promoter 内 629-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 52555801-52557613(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCGCGTT
SmilChr08G001356 Chr08 NC_080394.1:10867868-10867881promoter 内 605-618 bp + 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 10871264-10871337(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACACGCCACGTGG
SmilChr08G001357 Chr08 NC_080394.1:10867868-10867881promoter 内 320-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 10871549-10871622(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACACGCCACGTGG
SmilChr01G003964 Chr01 NC_080387.1:58065644-58065657promoter 内 3963-3976 bp - 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 58065682-58068856(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr01G002330 Chr01 NC_080387.1:40456230-40456243promoter 内 3938-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 40456293-40457039(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACACCCC
SmilChr03G002571 Chr03 NC_080389.1:40898994-40899007promoter 内 3880-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 40896814-40898886(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCTCCTC
SmilChr06G000924 Chr06 NC_080392.1:8775157-8775170promoter 内 3657-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 8775501-8781510(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGCT
SmilChr05G003628 Chr05 NC_080391.1:48573894-48573907promoter 内 3614-3627 bp - 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 48570019-48573520(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACGCGACACGTGG
SmilChr07G001630 Chr07 NC_080393.1:13659797-13659810promoter 内 3521-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 13660277-13664255(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACACGCCACGTGG
SmilChr01G003856 Chr01 NC_080387.1:56842377-56842390promoter 内 3486-3499 bp + 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 56839181-56841875(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr08G001449 Chr08 NC_080394.1:11682082-11682095promoter 内 3364-3377 bp + 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 11678887-11681458(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr03G001379 Chr03 NC_080389.1:16314463-16314476promoter 内 3359-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 16315105-16317328(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr08G001174 Chr08 NC_080394.1:9401866-9401879promoter 内 3290-3303 bp + 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 9398670-9401168(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr08G001072 Chr08 NC_080394.1:8253497-8253510promoter 内 3159-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 8254339-8256845(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr07G000305 Chr07 NC_080393.1:2005834-2005847promoter 内 3099-3112 bp - 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 2006736-2009766(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCGCCTT
SmilChr07G000304 Chr07 NC_080393.1:1998005-1998018promoter 内 3095-3108 bp - 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 1998911-2002862(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGAGCC
SmilChr02G001172 Chr02 NC_080388.1:21541742-21541755promoter 内 3057-3070 bp + 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 21542686-21544809(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACGTGACACGTGG
SmilChr05G004329 Chr05 NC_080391.1:56947709-56947722promoter 内 3000-3013 bp + 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 56944503-56946721(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr01G001805 Chr01 NC_080387.1:32976034-32976047promoter 内 2980-2993 bp - 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 32977055-32979274(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr06G000941 Chr06 NC_080392.1:9035128-9035141promoter 内 2954-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 9032293-9034094(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCGTCACACGTGG
SmilChr05G001885 Chr05 NC_080391.1:19133031-19133044promoter 内 2945-2958 bp - 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 19134087-19136375(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr01G003512 Chr01 NC_080387.1:53738190-53738203promoter 内 2928-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 53734992-53737130(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr04G000671 Chr04 NC_080390.1:7606920-7606933promoter 内 2913-2926 bp + 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 7603724-7605845(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr04G002179 Chr04 NC_080390.1:35196641-35196654promoter 内 2889-2902 bp - 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 35197753-35199992(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr03G003738 Chr03 NC_080389.1:56397702-56397715promoter 内 2880-2893 bp - 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 56389572-56396594(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAACGGCACGTGG
SmilChr02G002443 Chr02 NC_080388.1:42683595-42683608promoter 内 2773-2786 bp + 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 42680276-42682380(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCGTTCA
SmilChr07G003040 Chr07 NC_080393.1:31486953-31486966promoter 内 2760-2773 bp + 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 31488194-31489840(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAACGGCACGTGG
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