转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 17 / 161 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002090 Chr01 NC_080387.1:36932924-36932937promoter 内 2102-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 36929651-36931038(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAACTCT
SmilChr04G002224 Chr04 NC_080390.1:35963106-35963119promoter 内 2059-2072 bp + 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 35965048-35967050(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTTATC
SmilChr02G001637 Chr02 NC_080388.1:30375638-30375651promoter 内 2039-2052 bp + 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 30377600-30380213(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTTATC
SmilChr07G001710 Chr07 NC_080393.1:14490480-14490493promoter 内 1574-1587 bp - 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 14492907-14495349(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAACTTT
SmilChr03G001984 Chr03 NC_080389.1:28990485-28990498promoter 内 1353-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 28993133-28994051(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGGTTGACTTTGT
SmilChr04G000755 Chr04 NC_080390.1:9239465-9239478promoter 内 1299-1312 bp - 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 9242167-9242768(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACTTA
SmilChr03G004068 Chr03 NC_080389.1:59664743-59664756promoter 内 1293-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 59658877-59662048(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGGTTGACTTTTT
SmilChr01G003248 Chr01 NC_080387.1:51210929-51210942promoter 内 1140-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 51205715-51208081(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAACTTC
SmilChr02G002176 Chr02 NC_080388.1:38987114-38987127promoter 内 1059-1072 bp - 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 38980129-38984185(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTTATC
SmilChr02G004667 Chr02 NC_080388.1:69042807-69042820promoter 内 1040-1053 bp - 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 69038716-69039859(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAGTTGACTTTTT
SmilChr03G003909 Chr03 NC_080389.1:58186052-58186065promoter 内 935-948 bp - 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 58174378-58182999(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTTATC
SmilChr07G000323 Chr07 NC_080393.1:2166521-2166534promoter 内 867-880 bp + 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2169655-2173576(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCGTTGACTTCGA
SmilChr02G000565 Chr02 NC_080388.1:7959292-7959305promoter 内 790-803 bp - 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 7962503-7964742(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAACTTT
SmilChr04G003102 Chr04 NC_080390.1:47609892-47609905promoter 内 715-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 47606548-47606619(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCGAAGTCAACGCC
SmilChr03G002698 Chr03 NC_080389.1:42958915-42958928promoter 内 676-689 bp - 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42955507-42955603(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGGTTGACTTTGT
SmilChr02G000848 Chr02 NC_080388.1:14415025-14415038promoter 内 647-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 14410321-14411684(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCTTTGACTTTTG
SmilChr03G001549 Chr03 NC_080389.1:19542628-19542641promoter 内 505-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 19536479-19539145(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GATAAGTCAACGCT
SmilChr02G003577 Chr02 NC_080388.1:56943831-56943844promoter 内 486-499 bp - 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 56939348-56940329(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTTATC
SmilChr02G004520 Chr02 NC_080388.1:67719604-67719617promoter 内 460-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 67712220-67716076(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAAGGC
SmilChr03G002697 Chr03 NC_080389.1:42958915-42958928promoter 内 433-446 bp - 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 42955283-42955360(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGGTTGACTTTGT
SmilChr01G004731 Chr01 NC_080387.1:65489101-65489114promoter 内 356-369 bp + 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 65492746-65494127(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGTTGACTTTTC
SmilChr01G001094 Chr01 NC_080387.1:22390271-22390284promoter 内 253-266 bp - 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 22386464-22386536(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAGTTGACTTTGT
SmilChr02G002768 Chr02 NC_080388.1:47743581-47743594promoter 内 3251-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 47744331-47750293(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAACCCG
SmilChr03G001265 Chr03 NC_080389.1:14646730-14646743promoter 内 3782-3795 bp - 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 14645299-14646524(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTTGTTGACTTTTT
SmilChr07G002386 Chr07 NC_080393.1:22269068-22269081promoter 内 3564-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 22267402-22268644(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAAAGTCAACCAT
SmilChr07G002547 Chr07 NC_080393.1:24163978-24163991promoter 内 3409-3422 bp + 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 24159153-24163399(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAAAGTCAACTAT
SmilChr02G000298 Chr02 NC_080388.1:3765001-3765014promoter 内 2718-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 3762820-3763731(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAGTTGACTTTTG
SmilChr04G000611 Chr04 NC_080390.1:6900583-6900596promoter 内 2698-2711 bp + 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 6897804-6899293(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCTAAGTCAACGCC
SmilChr03G004066 Chr03 NC_080389.1:59621853-59621866promoter 内 2143-2156 bp - 1845 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 59612079-59620008(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGTGTTGACTTTTA
SmilChr02G000297 Chr02 NC_080388.1:3765001-3765014promoter 内 1675-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 3759534-3762688(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAGTTGACTTTTG
SmilChr05G002867 Chr05 NC_080391.1:34275249-34275262promoter 内 1624-1637 bp - 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 34266991-34272885(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGGTTGACTTTTC
SmilChr07G000078 Chr07 NC_080393.1:424930-424943promoter 内 495-508 bp - 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 364181-421437(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCGGTTGACTTTGA
SmilChr06G000192 Chr06 NC_080392.1:1330379-1330392promoter 内 3943-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1326955-1330334(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAGCG
SmilChr05G002989 Chr05 NC_080391.1:36610741-36610754promoter 内 3939-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 36610134-36610692(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAACCAC
SmilChr06G002308 Chr06 NC_080392.1:33327401-33327414promoter 内 3935-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 33326794-33327348(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAACTAC
SmilChr05G002256 Chr05 NC_080391.1:24270531-24270544promoter 内 3885-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 24270647-24276749(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAACAAC
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