转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 17 / 162 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002436 Chr06 NC_080392.1:35092603-35092617promoter 内 314-328 bp - 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35096290-35096410(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCCAAAAGCCACCA
SmilChr01G000718 Chr01 NC_080387.1:16072690-16072704promoter 内 300-314 bp - 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 16068089-16069003(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTGAGC
SmilChr01G004449 Chr01 NC_080387.1:62602062-62602076promoter 内 234-248 bp - 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 62597685-62598309(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTCGTT
SmilChr04G002878 Chr04 NC_080390.1:44951727-44951741promoter 内 95-109 bp + 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44955633-44956343(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACTTGGCTTTTGAAG
SmilChr08G000883 Chr08 NC_080394.1:6536770-6536784promoter 内 30-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 6527828-6532813(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGACTTTTCGCA
SmilChr01G000441 Chr01 NC_080387.1:8923119-8923133promoter 内 1356-1370 bp + 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 8925764-8930684(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTCTGGCTTTTCGGC
SmilChr08G000030 Chr08 NC_080394.1:237931-237945promoter 内 1079-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 192477-235023(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGCCAAAAGCCAACT
SmilChr04G000375 Chr04 NC_080390.1:3784191-3784205promoter 内 2584-2598 bp - 1403 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 3785608-3786108(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTCAAAAGCCAATA
SmilChr02G001334 Chr02 NC_080388.1:24802306-24802320promoter 内 1036-1050 bp + 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 24805271-24808516(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTGCGGCTTTTCGGC
SmilChr08G004001 Chr08 NC_080394.1:48332957-48332971promoter 内 979-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 48328565-48329949(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACATGGCTTTTCGAC
SmilChr01G002600 Chr01 NC_080387.1:44178155-44178169promoter 内 661-675 bp + 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 44170440-44174829(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTCAAAAGCCAATA
SmilChr03G004504 Chr03 NC_080389.1:63156970-63156984promoter 内 93-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 63150076-63153076(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTCAAAAGCCACAC
SmilChr03G004490 Chr03 NC_080389.1:63021116-63021130promoter 内 3870-3884 bp + 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 63017297-63020999(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTCAAAAGCCACAC
SmilChr03G004506 Chr03 NC_080389.1:63156970-63156984promoter 内 3870-3884 bp + 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 63156382-63156853(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTCAAAAGCCACAC
SmilChr01G003653 Chr01 NC_080387.1:54991245-54991259promoter 内 3862-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 54991384-54993922(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACTGAAAAGCCAATG
SmilChr01G005552 Chr01 NC_080387.1:72353533-72353547promoter 内 3796-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 72353738-72354907(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TATTGGCTTTTGAAG
SmilChr01G002038 Chr01 NC_080387.1:36007768-36007782promoter 内 3517-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 36008252-36008563(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGGCTTTTGATG
SmilChr08G004395 Chr08 NC_080394.1:53680786-53680800promoter 内 3473-3487 bp + 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 53681314-53685070(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGACGGCTTTTGAGG
SmilChr08G004394 Chr08 NC_080394.1:53684733-53684747promoter 内 3372-3386 bp - 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 53680657-53684118(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGACGGCTTTTGAGG
SmilChr02G000875 Chr02 NC_080388.1:15078725-15078739promoter 内 3347-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 15075885-15078085(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTCAAAAGCCAATA
SmilChr03G004505 Chr03 NC_080389.1:63156970-63156984promoter 内 3182-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 63153581-63156165(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTCAAAAGCCACAC
SmilChr02G001929 Chr02 NC_080388.1:34701732-34701746promoter 内 3135-3149 bp - 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 34697622-34700880(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGGCTTTTCACA
SmilChr04G002959 Chr04 NC_080390.1:45953581-45953595promoter 内 3127-3141 bp + 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 45952070-45952721(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGCCAAAAGCCAACA
SmilChr08G004459 Chr08 NC_080394.1:54287252-54287266promoter 内 3126-3140 bp - 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 54285528-54286391(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGACGGCTTTTGAGG
SmilChr05G001554 Chr05 NC_080391.1:14271139-14271153promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 14264408-14270176(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGTGAAAAGCCAATT
SmilChr08G003955 Chr08 NC_080394.1:47344705-47344719promoter 内 2952-2966 bp + 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 47345754-47348464(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTGCGGCTTTTCGGC
SmilChr03G003651 Chr03 NC_080389.1:55274313-55274327promoter 内 2945-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 55271835-55273271(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AACCAAGAGCCAAAA
SmilChr02G000876 Chr02 NC_080388.1:15082462-15082476promoter 内 2903-2917 bp + 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 15080626-15081378(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTCAAAAGCCAATA
SmilChr04G002960 Chr04 NC_080390.1:45953581-45953595promoter 内 2846-2860 bp + 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 45954736-45964470(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGTTGGCTTTTGGCA
SmilChr05G002851 Chr05 NC_080391.1:34004891-34004905promoter 内 2810-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 34006082-34007875(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TATTGGCTTTTCGTC
SmilChr05G003678 Chr05 NC_080391.1:49830375-49830389promoter 内 2763-2777 bp - 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 49828501-49829151(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTCTCGGG
SmilChr06G002933 Chr06 NC_080392.1:42174464-42174478promoter 内 2741-2755 bp - 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 42170249-42173218(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGTCTTTTCGAG
SmilChr02G005586 Chr02 NC_080388.1:75668774-75668788promoter 内 2694-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 75664446-75667481(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTCCAAAAGCCAAGA
SmilChr03G000709 Chr03 NC_080389.1:7886979-7886993promoter 内 2612-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 7878409-7885604(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAATGGCTTTTCAAG
SmilChr01G000991 Chr01 NC_080387.1:20929786-20929800promoter 内 2607-2621 bp - 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 20931180-20931512(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTCAAAAGCCATTA
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